(2)主持《资治通鉴》的标点和《历代舆地图》的改绘

1954年第一次全国人民代表大会期间，吴晗应毛泽东的要求，主持改绘杨守敬的《历代舆地图》和标点《资治通鉴》。吴晗接受任务后，立即主持成立了由范文澜、翦伯赞、侯外庐、顾颉刚、谭其骧等知名学者参加的委员会和工作小组。《资治通鉴》的标点工作进展极为顺利，经过两年的努力，于1956年正式由古籍出版社出版。在杨守敬《历代舆地图》基础上改绘的《中国历史舆地图》，是以我国历代疆域政区和民族分布为主的古今对照的大型历史地图集，历代疆域的变迁，新旧地名的印证，都需要进行大量的考证核对工作，任务十分艰巨繁重，即便如此，在吴晗的亲自过问和组织下，经过以谭其骧为首的全体改绘工作组成员的共同努力，到1965年，地图已大部绘制完毕(除西北一部分和青藏高原)，并且，借助于地图绘制工作，还在复旦大学成立了历史地理研究室，在国家测绘局成立了历史地图编绘室，初步形成了一支新中国历史地理学科的研究队伍。

(3)关心和参与定陵发掘

二十世纪二、三十年代我国集中出土的大批考古资料，特别是王国维研究考古资料总结出的新的历史研究方法"二重证据法"的提出，极大地改变了中国历史的面貌，推动了中国历史，特别是中国古代史的研究。吴晗作为明史专家，特别关注明代历史遗迹的发现和发掘。发掘明十三陵是吴晗多年梦寐以求的愿望。1956年，他与范文澜、郭沫若等共同向国务院递交了一个报告，请求批准发掘十三陵中的长陵。当时主管全国文物工作的郑振铎和考古研究所副所长夏鼐都不赞成，认为国家刚建立，一方面考古技术、设备等条件较差，另一方面伴随新中国成立后大规模经济建设而发掘、出土的文物很多，考古力量紧张，明十三陵可以延缓挖掘。后来经过协商并经周总理同意，决定先发掘定陵。挖掘工作开始后，吴晗对这项工作一直十分关心，不仅亲自过问人员、经费等各项问题，而且经常亲自到工地察看。定陵发掘的成功，与吴晗的关心和努力是分不开的。(4)加入中国共产党自1948年吴晗向党组织正式递交入党申请书以来，吴晗始终以这个信念为动力，勤奋工作，孜孜以求。六年之后(1954)，他在给彭真的一封信中曾吐露心声："我没有放弃要求参加党的想法，我想以努力工作来争取，今年不成，到明年，五年不成，十年，二十年，只要不死，总有一天会达到。目的没有什么，只是要求得到教育，做好工作。"他的这一愿望在三年之后终于实现了。1957年3月，经刘仁(时任北京市委第二书记)、张友渔(时任北京市副市长)介绍，党中央正式批准吴晗加人中国共产党。多年的愿望实现了，吴晗非常激动，为此，他立即写了一份《自传》，以便使党组织更好地了解他的一切。从此，在吴晗的政治生涯中，又揭开了新的一页。

(5)关心普及历史知识

吴晗始终认为，作为一个拥有悠久历史的大国，应该做好历史知识的普及工作。早在1935年，他就和张荫麟筹划编纂一套通俗易懂的《中国历史小丛书》。但由于时局不稳，这个宿愿一直不能实现。1958年秋，在一次中学历史教师大会上，吴晗再次提出自己的想法，得到了与会教师的赞同。吴晗即亲自约请有关专家组成编委会，由自己担任主编。1959年，《中国历史小丛书》第一批选题就由中华书局正式出版了。以此为基点，他又陆续主持和参加编写了《外国历史小丛书》、《语文小丛书》、《地理小丛书》等普及性读物，对于普及各类知识和进行历史唯物主义、爱国主义教育发挥了积极作用。

(6)筹备建立北京市历史学会并担任会长

1960年秋，北京市委根据毛泽东提出的学术界要利用各种学会，采取学术讨论会的形式开展百家争鸣的精神，委托吴晗负责筹备成立北京市历史学会。吴晗接到任务后，积极行动起来。同年12月24日，北京市历史学会正式成立，吴晗被推选为会长，北京市委党校校长赵征夫和北京大学历史系教授邵循当选为副会长。学会成立后：本着百家争鸣的方针，每年都召开一次年会，举办几次大型学术讨论会。先后对关于中国古代土地所有制问题、历史人物评价问题、农民战争问题等重大的史学问题进行了卓有成效的讨论，对繁荣学术，推动北京市历史科学研究的发展做出了贡献。

(7)完成代表作《朱元璋传》

《由僧钵到皇权》在特殊历史情况下完成了，此后，吴晗决定以此为底本，写一部内容、材料更严谨的《朱元璋传》。为实现这一愿望，他从1947年起，便利用工作间隙，重新搜集材料、整理体系，进行改写。毛泽东对吴晗《朱元璋传》的写作表现出了极大的热情和关注，几乎对每一次修改稿都亲自审阅，提出意见。这些意见也成了吴晗不断修改其底稿的依据和准则，从1949年、1955年到1965年，《朱元璋传》三易其稿，每一次修改，都仔细领会毛泽东对旧稿的意见，在历史事实、指导思想上进行了较大的调整。但是，在对朱元璋诛杀功臣、大兴文字狱等问题的评价上，吴晗似乎对毛泽东关于"朱元璋是农民起义领袖，是该肯定的，应该写得好点，不要写得那么坏"的指示精神领会得并不彻底，仍然从一个历史学家忠于史实的立场出发，对朱元璋的一生功过进行了客观评价，而不是从政治需要出发抬高对朱元璋的评价。因而，新版《朱元璋传》出版后，以其严谨准确的史料运用、生动简练的文笔受到学者和普通读者的好评，但也因而受到江青的批判和否定。

(8)《三家村札记》与《海瑞罢官》

1961年9月，吴晗应北京市委机关刊物《前线》编辑部的约请，与北京市委书记邓拓(笔名"马南郇")、市委统战部长廖沫沙(笔名"繁星")合作，以从姓或笔名中各取一字组成的"马南星"为笔名，开辟了《三家村札记》专栏，目的是通过对现实问题发表一些看法，提出一些见解和方法，提高机关干部和普通群众的思想和知识水平。《三家村札记》专栏从1961年10月开始到1964年7月结束，共发表文章六十多篇