1949年7月29日，吴有训担任了上海交大校务委员会主任(即校长)；12月2日，又被任命为华东军政委员会委员；1950年4月11日，他又被任命为华东文教委员会副主任和华东教育部副部长。从此他又全身心地投入了交大的整顿工作。到12月四个月间，共召开了十七次校务委员会会议，制定出了《国立交通大学校务委员会组织章程》、《交通大学行政系统组织条例》、《本校会议制度》、《国立交通大学学生学籍规则》等一系列规章制度，使学校的各方面工作按党的要求迅速走上了正轨。

1949年10月23日，竺可桢、严济慈和党内的恽子强极力请吴有训来中科院担任研究计划局局长兼科学委员会秘书长，但吴有训没有答应。接着钱三强以中科院研究计划局名义邀请他以专家身份参加讨论中国物理学研究机构的设立问题，他反而欣然莅会，并以高屋建瓴的科学战略眼光，提出了一些非常有价值的建设性意见。1950年12月26日中央人民政府正式任命吴有训为中科院副院长兼办公厅主任。

1951年4月，由吴有训牵头组成了一个东北考察团。他率团不仅详细考察了沈阳、长春、大连、鞍山等六个市的工业企业，而且特别着重考察了东北已有的几个主要科研机构的分布、研究人员水平和设备条件等情况。随后，他主持起草了关于建议在沈阳筹建中国科学院东北分院的报告，报告可行性论证透彻，规划具体，措施得力，得到中科院领导层的一致通过。后来的历史证明，东北分院的建立，及时配合了东北及全国大规模经济建设的发展，也有力地推动了东北科学事业和整个科学院的全面发展，为科学院在各地建立分院创造了第一个成功范例，形成科学院早期发展史上组织创新的一个高潮。这件事，充分体现了吴有训的远见卓识和非凡的组织领导才能及协调能力，受到了郭沫若的特别关注。1952年2月，吴有训被指定担任中科院建筑委员会主任委员。现在位于中关村的北京高科技园区，就是从当年吴有训等人选址论证和筹划建设的中科院的基础上发展起来的。吴有训就任副院长后，还筹建了金属研究所筹备处、仪器馆筹备处和电子学研究筹备处，并在规划中科院的长远发展、求才纳贤、指导各学科各领域的研究方向、调集全国科研力量组织攻关等方面做出了积极的努力，取得了显著的成绩。

7．历经风雨

在这期间，吴有训并非始终一帆风顺。首先是1951年的强制性政治学习，这是知识分子思想改造的第一个阶段。起初，吴有训并没有从心里抵制政治学习，相反，由于他对共产党的敬佩而连带着向往起了马列主义，他不但买下成套的马恩列斯全集和毛泽东的许多著作，还利用业余时间自觉进行研读。可后来，政治学习竟变成了强制性的政治运动，有些研究所的党组织为了表现积极，就停下或半停下工作来搞政治学习，有的年轻知识分子拼命写心得笔记，甚至个别人竞把政治学习与业务工作对立起来。对此，吴有训心里很有看法，但鉴于当时的政治气候，又不能提反对意见，在公开场合下还要发表一些违心的讲话，使他感到非常痛苦。另一个让吴有训感到想不通的是，学术研究的政治化，以政治全面干预学术，给一切学术活动贴上政治标签。自然科学不同于社会科学，特别是吴有训所分管的数学、物理、化学、工程、和天文科学，是没有什么阶级性和政治倾向的，硬要把这些学科往政治上扯，而且还要把所有学术刊物改头换面冠以"政治化"、"革命化"的色彩，实在让令吴有训苦笑不得、左右为难。尽管如此，吴有训仍极力尽一个科学家的最大努力，使自己和自己分管的工作，既符合"政治要求"，又不至于受到太大的冲击。比如，在他的斡旋下，终于使《科学记录》有幸成为一份纯学术性的外文版自然科学专刊、一个向世界展示中国的最新科研成果和最高科研水平的窗口保留下来。

1953年元旦前夕，中央调非科技人员张稼夫任中科院副院长兼党组书记，旨在加强党对中科院的领导，以扭转过去党组书记行政地位太低造成的被动局面。新党组成员上任不久，便指出了过去院领导诸如工作上不了解下情，对各研究单位的业务领导指导不力，存在着泄密问题；对人民革命事业缺乏责任心，使国家财产遭受损失；缺乏组织力量，对各种学科的专门委员没有很好地发挥他们的作用等一系列问题，还做出了"办公厅的职责是掌握全院行政"的决定，这在很大程度上取消了院长、副院长的行政权力。吴有训作为一名从旧社会过来的、而且与国民党有关系的人，自然而然地被划入嫌疑分子列入"另册"，并受到了不同程度的暗中监控。尽管政治歧视如此令人痛心，但吴有训仍然十分清醒：中国的事情谁也不可能比共产党办得更好，不能因为自己一时身受歧视而反过来否定共产党的伟大与英明，他坚定不移地相信，自己和共产党有着一个发展中国科学事业，建设繁荣富强的新中国的共同目标。他就是抱着这种委曲求全的精神，全身心地投入了中国发展国民经济的第一个五年计划的科学筹划工作。在整个"一五"期问，吴有训的贡献是巨大的。其一，带队下各研究所等基层单位调查研究，纠正了不少问题，为制定中科院年度工作计划和五年科研计划奠定了坚实的基础；其二，亲自挂帅，主持了大冶、白云鄂两大铁矿的综合研究任务，有力地保证了国家这一重点建设项目的顺利进展；其三，领导和推动了全国的抗生素制备方法的研究和应用推广。除此之外，吴有训还于1953年10月开始，领导了在北京筹建的中科院化学研究所的工作，1955年8月，他出任中科院干部培养部和研究生招生委员会主任委员，从研究生的招收、培养，到毕业考试、论文答辩，每个环节都亲自过问指导，同时他还主持了对后来成为中国的"导弹之父"和航天事业的开拓者钱学森的工作安排等重大事宜。其实，被吴有训从国外热切争取到中科院工作的科学家不只是钱学森一人，还有著名核物理学家谢家麟、张家骅、郑林生、李整武、张文裕、王承书以及著名力学家郭永怀等，这些人后来全成了中国的核元勋。

为使自己能成为"工人阶级的一分子"，从共产党的同路人成为"自家人"，1958年3月和6月，吴有训曾两次提出加入中国共产党的口头申请，1960年8月，他又正式提出了入党申请，得到的答复是：党是信任你的，但请继续留在党外，这样比入了党发挥作用还大，今后可以不考虑这个问题了。

8．老牛奋蹄

尽管组织的不接纳使他心情沉重，并因此决定了他不能参加诸如核武器研究等保密性强的工作，但他丝毫没有动摇为党为国家兢兢业业工作的信念，何况中国的数理化和天文科学领域，还有许多工作需要他去奔忙，核技术研究也不是全部对他保密。1958年8月，他出任新成立的原子核委员会同位素委员会主任委员，负责领导我国的同位素分离、制备、应用及进出口安全保管运输等工作，在他的倡导下，举办了七期放射性同位素应用技术培训班，培养了一千多名中级技术人员，并出版了《放射性同位素应用知识》一书向全民普及。为了改变我国现代天文科学薄弱的现状，他组织人员修复和添置了一批天文望远镜等设备，并在昆明、青岛等地增设了天文观测站。1957年，他又倡议成立北京天文台，并克服重重阻力，力劝旅居法国的世界著名天文学家、法国骑士勋章获得者程茂兰博士，回国出任该天文台筹备委员会主任(台