1939年之后，由于日寇的掠夺，加上国民党政府的全面腐败，蒋、宋、孔、陈四大家族趁乱聚敛，导致市场物资日益匮乏，物价一日三涨。当时吴有训的工资是六百元，只够三十斤米钱，很难维持一家人的基本生活，没办法只得卖一点家当接济，到最后每人只剩下几件最基本的洗换衣服还要加上补丁。吴有训走到大街上经常被看成是叫花子。在这期间，国民党政府为拉拢吴有训这样的高级知识分子，时常发发"善心"给一点儿"恩赐"和馈赠，但每次都遭到回绝。尽管日子过得艰难，但吴有训为国育才的热情却丝毫未减。1938年学校在昆明刚立足，他就急聘华罗庚、张文裕等留英学者到理学院任教授。1939年，他力主恢复清华大学研究生院并开始招生。1940年4月，他总结西南联大理学院的工作，写出了至今颇具参考价值的重要论文《理学院》。当年8月，他又积极主张恢复清华留美公费生考试，速送学子出国深造，并担任了第五届和1943年的第六届留美生考试委员会委员。他是整个八年抗战期间的中国物理学会会长和常务理事，作为中国物理学界的领头雁，他巧妙地将被战争打散和分隔的物理学科研力量重新组织起来，在全国分六个区域，分别举行每年一度的物理学学术年会，连开了七年从未间断，其中有五次担任了区分会主席，发展新会员一百零二人。并且在他的提议下，吸收了多名国外著名物理学家作为中国物理学会的外国名誉会员，有力地促进了中国与国外的学术交流。

在学术研究方面，吴有训一直关注物理学的两个主学科--核科学和固体物理。后来对金属物理进行了卓有成效的研究，并且为中国金属物理学科培养了诸如葛庭燧、余瑞璜、王遵明、黄培云、孙珍宝等多名优秀骨干人才。1940年，吴有训当选为中央研究院物理数学评议员，又受聘为教育部学术审评委员会委员。他是一个对工作极端严谨负责的人，对每年收到的百余篇数理两科的学术论文，他篇篇都要精读细审，并分别推荐到相应的杂志发表，或推荐评奖。在这一期间他推荐奖励的周培源、华罗庚、苏步青、王淦昌等人，后来都为新中国的数、理科学发展和国防、经济建设做出了杰出贡献。作为中央研究院的学术带头人，他还受托创办了中央研究院院刊--英、德、法文版的《科学纪录》，并担任总编辑。该杂志发行到了美国和欧洲大陆，是展示中国战时纯粹科学研究成果的一个窗口，在国际上产生了良好的影响，许多位原在国际上尚无影响的中国科学家，通过这个窗口被国外同行所认识。

5．出任校长

早在1940年中正大学成立时，"国府"教育部就动员吴有训出任该校校长，他却推荐江西著名植物学家胡先辅先生上了任。到了1945年，教育部又动员他去任中央大学校长，他在审时度势一番后终于答应了。中央大学是国民党政府的门面大学，有四十多个系科，教学人员六百余人，各方面条件比起一般大学都有一定的优势。因而，中央大学校长的职位是比较显要的。但吴有训心里也清楚，中大曾经是"蒋总裁"亲自掌管，这个校长不好当，八年换了四位。但他并不看中这个官职，最大的诱惑力和刺激在于，有可能成就他科教救国和兴国的宏愿。当然，他也做好了随时撤退的准备。

上任后，吴有训有着自己的一套治校主张和目标，即如下三条：民主政治、教授治校、学术自由。但实行起来并非容易。不要说蒋介石亲任校长时，师生全无发言权，就是另几位校长当权时，学校权力究竟操在何人之手也不是那么能说清楚的。但为了实现他振兴中大的目标，他开始了对中大的艰难整顿。他首先声明自己决不当"学府皇帝"，坚决摒弃"听差制度"和学校行政机关化的倾向，实行学校决策民主化，强化教授会的作用，吸收教授代表参加校务会议和行政会议，校长和别人一样只能一人一票，以服从大多数为原则。同时，开放社禁，允许师生自由组织社团，支持学生民主选举学生自治会，废除过去由训导处包办"选举"的办法。同时，他严格自律，穿着朴素，学校在重庆时，安排给他一套共有八九间的西式平房作为校长官邸，他只肯住一间约十三四平方米的卧室。学校迁回南京时，安排他带全家乘飞机前往，但他坚决不让家属乘机，而让其夫人孩子和其他教授家属一道乘船东下。来到南京后，他仍不肯住进学校安排的小洋楼校长官邸，而是挤进了中央研究院宿舍，与他人合住一栋上下各三居室的小楼，由于房子住不下，两名男孩搬进就读的学校，与其他同学一起住集体宿舍，吃大锅饭。在人事方面，他严把进人关，不进闲杂人员，只进教学科研上亟需的高水平人才，同时进一步健全了学校民主决策制度，颁布了《中央大学教员新聘及升等资格审查办法》等一系列规章，中央大学终于出现了前所未有的师生团结、思想活跃的良好局面和浓厚的学术空气。

吴有训一向对原子物理学比较关注，特别是1945年美国在日本广岛投下两颗原子弹后，更加注重了对核物理学的研究应用。利用中央大学的有利条件开展原子能应用研究，是他答应担任中大校长的一个重要原因。他实施自己计划的第一个步骤，便是恳请梅贻琦让他将赵忠尧带往中大。因为赵忠尧是核物理学方面的专家，也是最早在核物理学方面做出成绩的中国人。正是因为吴有训，赵忠尧才有幸成为中国第一颗原子弹研制工作由最初的探索到最终成功整个过程的惟一一名直接参研人员。接下来的第二步，是吴有训与人研究了一个开展核武器预研工作的粗略计划，打算让中大与中研院合建一个核研究机构，调集全国核物理科研人才集体攻关，还包括派人出国深造、考察研究、购买有关设备等，并将这项计划代号为"数理化中山计划"报给了国民党中央政府。但蒋介石嫌这个计划一是费时太长，二是财政承担不起。还是在陈布雷的劝说下，拨给了五万美元作为专项经费。吴有训立即派赵忠尧和毕德显赴美国研究考察加速器技术，并购买了一台质子静电加速器。由于国民党政府腐败无能，中山计划设想的绝大部分核研工作无法实施，惟一收获就是购置了这台加速器。它在五十年代新中国的核物理学研究中发挥了重要作用。不问政治、远离党派是吴有训一贯奉行的防身之法。但自从当上中大校长后，激烈的党派斗争和政治漩涡使他无法回避，尤其是国民党对中大控制严密，并安插了一些陈氏CC特务，他的一举一动都在特务的监视下，他感到随时都有身陷漩涡的危险。为此，他一次又一次要求辞职，两年间共递交了十四份辞呈，终于在1948年9月获批，辞去了中大校长职务。

6．一展才华

1949年初，吴有训以一个科学家的身份与中共进行了实质性接触，从此，如多年游子回到母亲怀抱，吴有训成为跟随共产党的坚定分子。1949年6月，吴有训在上海接到一份到北京参加并主持中华全国第一次科学会议的电报。7月13日，他和竺可桢率上海代表团到达北京。下车伊始，即获悉他们二人已被推选为大会主席团成员。接着，他又被大会选为全国自然科学工作者联合会筹委会常委，并被推举为出席中国人民政治协商会议第一届全体会议的科学代表。7月19日下午，应邀与周恩来共进晚餐。从周恩来在科学大会上的报告和晚餐后的交谈中，他清楚地感到中共高层对科学以及对包括自己在内的科学家的重视，受到了极大的鼓舞。7月下旬回到上海交大工作了一个月，又被上海科学界推选为