1938年7月，吴玉章回国参加在武汉召开的国民参政会第一次会议。在会上，吴玉章根据具体形势的变化与国民党的排共政策和汪精卫对德意法西斯的妥协意图进行了坚决斗争。同年10月1 日，吴玉章赴延安参加了中共中央六届六中全会扩大会议，在此次会上，吴玉章被选为中央委员，并汇报了国际宣传工作的情况。10月28日，吴玉章又赶赴重庆，参加了第二次国民参政会。会议期间，蒋介石曾亲自出面请求吴玉章回到国民党中，被吴玉章严词拒绝。此间，吴玉章又以中共南方局委员的身份，参与了以周恩来为书记的南方局的领导工作。他常以自己在国民党中的声望与国民党军政要员及在渝社会贤达广泛接触，并时常参与报界、学界、商界等组织的各种集会，发表演说，宣传共产党的政策，扩大共产党的影响，巩固抗日民族统一战线。

1939年11月到1945年，吴玉章一度回到延安，此间，他以极大的热情投入到陕甘宁边区新文字运动中，担任鲁迅艺术学院院长、新文字干部学校校长和延安大学校长，为培养建国人才而奔走。与此同时，他还与中央其他领导同志一起参加了党的整风运动。1945年4～6月，吴玉章出席了中国共产党第七次全国代表大会。他被大会继续选为中央委员。

1945年8月15日，日本宣布无条件投降。中国抗日战争和世界反法西斯战争胜利结束。1945年12月16日，按照"双十协定"的规定，吴玉章与周恩来、董必武、王若飞、邓颖超等共七人一起，飞赴重庆参加政协会议。吴玉章在1960年的回忆中对这次重返重庆表达了无限感慨。鉴于国民党要还都南京，党中央决定成立四川省委，以便加强统战工作和敌后斗争，4月30日，周恩来在离渝前的记者招待会上正式宣布公开了省委会成员：由吴玉章担任省委书记，王维舟担任副书记。吴玉章又投入到了重庆的新斗争中。

《新华日报》作为国共统一战线的产物，自1938年在武汉创刊后，始终作为人民的喉舌，宣传党的纲领和政策，宣传马克思列宁主义和毛泽东思想，推动抗日民族统一战线和人民民主统一战线的扩大和发展。但是，正因如此，它不断遭到国民党千方百计的压制和破坏。吴玉章担任四省委书记后，直接领导了《新华日报》的工作，在国民党发动内战后，在险恶的环境下，冲破国民党的种种阻挠，坚持揭露国民党的内战阴谋，揭露国民党控制下特务的暴行，同时，及时报道解放军的胜利，鼓足国统区民众对抗战胜利的勇气。使国统区人民反内战的运动蓬勃开展，它像解放战争的第二战场，对解放军的作战，起了极好的配合作用。国民党越来越不能容忍《新华日报》的存在，于1947年2月28151突然冲进曾家岩二十三号。查封了报馆。次日，吴玉章得知了情况，他鼓励报社负责同志：保持共产党员的人格，不怕压力，团结一致，共同对敌。但报纸显然是无法办下去了。《新华日报》从创刊到被迫停刊，历时九年多，代表了人民的利益，传达了人民的心声，坚持了正义的斗争，很好地完成了党赋予他的光荣使命。

与此同时，吴玉章领导省委的同志，对美国和蒋介石的相互勾结与内战阴谋展开了针锋相对的斗争。1946年6月，上海的工人、学生及其他各界人民十万余人为反对和抗议美蒋勾结和蒋介石一手挑起内战，举行了声势浩大的游行示威，并推出马叙伦等十人为代表赴南京请愿。马叙伦等人行抵下关车站时，遭到特务的殴辱，多人受伤，造成了"下关惨案"。惨案发生后，省委在重庆发动了一次有许多著名人士参加的广泛的反内战签名运动，以声援宁沪人民反对内战的斗争。

1946年7月11日和15日，民盟领袖李公朴、闻一多在昆明先后遭到国民党特务的暗杀。省委为反击国民党特务的嚣张气焰，又利用国民党的内部矛盾，以张群的名义发起了一个隆重的追悼大会，使重庆反内战，反暗杀的政治空气更加浓厚。

1946年12月下旬，北平发生了美军强奸北大女学生的暴行，消息传到重庆，引起驻渝学生的强烈激愤。四川省委顺应形势，于1947年1月6日，成功地组织了一次有一万五千余人参加的规模盛大的游行示威。示威活动遭到了国民党军警的镇压，愤怒的学生接着举行了总罢课，各界群众纷起支援，一个轰轰烈烈的抗暴运动兴起。国民党重庆警务司令孙元良和市长张笃伦找到吴玉章，认为学生运动是共产党鼓动起来的，共产党四川省委有责任平"动乱"，遭到吴玉章的严正反驳："学生们的'抗暴运动'，出于爱国至诚，绝非哪个人鼓动起来的。他们的行动是正义的，谁也不该去制止，而且，制止也是不行的"，"你们只有依法惩办特务，才能平息学生们的愤怒。"孙元良．陕快而去，这并不表示国民党的退步，相反它预示着更大规模的对抗和镇压即将开始，1947年2月28日重庆《新华日报》馆的查封即是信号。

1947年2月下旬，司徒雷登首先发表声明，透露了国民党关于勒令国统区的共产党机关撤退的消息。1947年2月28日凌晨，国民党在包围中共四川省委驻地--重庆曾家岩二十三号和红岩村《新华日报》馆拘留所有工作人员的同时，闯入楼上吴玉章的卧室，将吴玉章隔离监视。为防止类似"皖南事变"的事件再次发生，吴玉章率全体驻渝人员与国民党进行了英勇机智的周旋和抗争，再加上我党驻宁代表团和国民党的严正交涉和全国各界人士的声援，国民党被迫同意"护送"吴玉章及其他驻渝工作人员返回延安。

1947年3月8日、9日，吴玉章和全体驻渝同志顺利回到了延安。吴玉章结束了他在重庆战斗的日子，投入到迎接全国解放和建设新中国的新工作中。

8．筹建华北大学和中国人民大学

1948年，国民党失败的命运已经注定，为适应新中国建国后对人才的需要，中共中央决定把华北联合大学和北方大学合并，成立华北大学，任命吴玉章为校长，范文澜、成仿吾为副校长。从参加革命的那天起，吴玉章就把教育当作立国之本，矢志办教育。但动荡的年代迫使他割舍对教育的衷情，始终没有为他在教育上一显身手提供适当的舞台。现在，他的这个愿望终于实现了。

经过紧张筹备，华北大学于1948年8月24日正式举行开学典礼，在开学典礼上，吴玉章作了《建立新民主主义的文化中心》的报告，为刚刚成立的华北大学的发展目标、学习内容、学制等进行了细致规划，他说：华北大学是一个革命的大学，它要培养新民主主义的革命与建设的干部，为完成中国新民主主义而奋斗。关于学习内容，最主要的是要学习马恩列斯的理论和毛泽东思想。华北大学的学制分四个部，分别是：政治训练速成班；教育学院；文艺学院；研究部。吴玉章还为刚刚成立的华北大学规定了校训：忠诚、团结、朴实、虚心。

1949年4月4日，吴玉章率华大校部全体人员进入北平。

中华人民共和国成立后，1949年12月，中共中央和中华人民共和国政务院决定：为适应新中国经济建设的需要，以"华大"为基础成立中国人民大学，任命吴玉章为校长，胡锡奎、成仿吾为副校长。此时的中国，正是百废待兴，作为新中国创建者之一的吴玉章更是身兼数任，工作繁忙：先后兼任中央社会主义学院院长、中央人民政府委员和全国政治协商会议常务委员、全国人民代表大会代表和常务委员会委员、政务院文教委员会中国文字改革研究委员会副主任、中国文字改革协会会长、国务院中国文字改革委员会主任、中央推广普通话工作委员会副主任