桂系广州军政府政治上的被动更因孙中山与段祺瑞联合的日趋紧密而益形严峻。到1919年下半年，为适应护法斗争的实际需要，孙中山适时调整了解决南北时局的方式与主张，对和平解决纷争的态度由反对到有条件地认同，进而希望掌控南北议和的发展进程。1920年3月，就南北议和之事“以段祺瑞为一方，以孙中山、唐继尧、唐绍仪、伍廷芳为另一方已达成了初步协议”。I4l3％孙中山此举的政治意图非常明显，既有确保国民党政治利益的安全考虑，也有要成为南方议和主体以挑战桂系在南北议和中的主导地位，确有釜底抽薪之效。它使桂系广州军政府从事的谋和活动受到严重挑战，桂系的议和代表身份受到普遍质疑，在南北对峙中的地位及发言权明显弱化。这说明，桂系自身无法阻止和应对国民党的和平攻势。

军事上，主导广州军政府的桂系同样潜伏着巨大危险。第一次护法运动失败后，孙中山一直致力于讨桂斗争，将回粤驱桂视为实现护法宗旨的第一步，不断策划武装伐桂。1920年春天，为配合援闽粤军的回粤讨桂计划，他指示湖南的国民党将领主动秘密联络张敬尧，拟彼此合作，借助北洋实力在湘西南至桂北一带开辟辅助战场牵制桂军以策应陈炯明。为此，孙中山与张敬尧文电往还不断。

由此可见，直军撤防前，居于各种矛盾冲突焦点的桂系及广州军政府正承受着多重危机交互迭至的强烈冲击，穷于应对排解，陷入严重的生存困境。这种全面被动局面却因直军撤防聚然出现转机。受其影响，南方政局在多个方面呈现新态势。