定州败后，李自成收集残部于真定(今河北正定)与吴军决战，死伤万余人，李自成中箭受伤。随后农民军出固关，退入山西境内。李自成设置兵力固守山西，自己过太原，回到西安，准备东山再起。吴三桂与清军追至固关城下，此时不仅是士兵甚至连马匹也十分疲乏，因此不愿再战，就班师回京了。多尔衮虽对吴军厚加赏赐，但对吴三桂想封藩齐鲁一事，却不加理会，他需要吴三桂为其继续消灭农民军冲锋陷阵。

吴三桂回京之时，南明弘光政权派人来与其联系，并带来黄金一千两，白银十万两。而吴三桂此时，已一心一意投降清朝，不但不受金银，不受封赠，也不见来使。他已甘心为清朝鹰犬，什么效忠大明，只是他为自己降清寻找的借口。

农历10月1日清顺治帝在北京即皇位，开辟了清朝的新纪元。接着，多尔衮使命令英王阿济格为靖远大将军，出征陕西，继续追剿李自成农民军；命和硕豫亲王多铎为定国大将军征讨南明弘光政权。两路大军均有降将随征，吴三桂军受命于阿济格麾下效力。但因为大顺军对河南怀庆地区的进攻，改变了多尔衮的初衷，他决定两路大军夹击陕西，会师西安，先消灭农民军再去对付南明政权。

攻打农民军的战斗进行得非常顺利。清顺治二年(公元1645年)农历5月13日，多铎军占领陕西门户潼关，守将马世耀投降。两天后，多铎军便进入了西安，李自成奔向商州。阿济格、吴三桂部首先征服了宣府、大同，接着攻下了榆林、延安，又紧迫李自成军至河南、湖北。武昌一战，大顺军再败。农历4月下旬，李自成军在江西九江被多铎部完全击败，全军覆没，大将刘宗敏、左光先被俘，李自成的两位叔父及军师宋献策也被俘。李自成独自逃走时，在湖北通山县九宫山下李家铺河滩，被当地源口寨乡勇头目程九百等杀死，时当清顺治二年(公元1645年)农历5月2日。一代农民英雄虽然推翻了明朝政权，但因为政策失当，不仅未能建立统一的大顺政权，反而倒在清军及吴三桂军的屠刀下，真是千古遗恨。

在阿济格麾下，充当主力军的便是吴三桂的部队。这次追击大顺军，历时八个月，穷追万里，将农民军彻底击败，并导致李自成之死，吴三桂对清朝的贡献可谓大矣。顺治帝特进封吴三桂为亲王，并受到优厚的赏赐。多尔衮觉得大量军队驻扎北京有所不便，便命令吴三桂率本部人马返回锦州驻防。从清顺治二年(公元1645年)8月到清顺治五年(公元1648年)这段日子，吴三桂过着悠游生活，没有打战，没有做大事，十分悠闲自在，但命运并不让他就此退出历史舞台，他注定要成为一个乱世枭雄，他还要在全国引起波澜。