康熙二十一年（1682年）正月十九日，圣祖和他的议政王大臣们又讨论对耿精忠及其骨干分子的处理。议政王大臣们先拟了一个处分意见：将耿精忠包括他的儿子在内共十人应凌迟处死，同党黄国瑞等十九人应予斩首。

圣祖表示意见说：“耿精忠身造罪孽，应当极刑。其子等都处以凌迟，亦有可怜悯之处，可否改为斩首？”凌迟之法，将使受刑者在极度痛苦中慢慢死去，而斩首却来得痛快，一刀下去，人头落地，几无痛苦。这种死法当然比“凌迟”要好得多。皇帝毕竟与众不同，在此表示了他的大慈大悲，对手无缚鸡之力而待死的人给予了怜悯之情，将凌迟改为斩首。

可是，他的臣子们却不这样考虑。大学士明珠说：“耿精忠之罪，较尚之信尤为重大。尚之信不过纵酒行凶，口出妄言，耿精忠负恩谋反，且与安亲王书内，多有狂悖之语，甚为可恶。”他的意思很明白，仍维持原议。

圣祖持慎重态度，说“耿精忠等人，事关重大，着议政王大臣会同九卿、詹事、科道各部门官员共议”。

这种大范围地动员朝廷各部门官员议耿精忠罪，徒具形式。因为罪名已定，皇帝意图已是明显，谁敢给精忠说情？更没有人敢提出减刑。二十日，议政王等大臣会议，还是照圣祖已表示的意见做出判决：将耿精忠等分别“凌迟”或处斩。圣祖当即批准。名单如下：

革去耿精忠王爵，凌迟处死；其子耿显祚革去散佚大臣，处斩；

精忠部属徐文耀、王世瑜、白显中、江元勋、曾养性、王振帮、蒋得、刘进忠等均凌迟处死；

判处黄国瑞、林芳孙、廖廷云、李似桂、夏季旺、吕应斗、武灏、司定猷、沈伟、郭景汾、罗万里、祖弘勋、陈仪、陈斌、吕八斩首。

以上各犯，立即行刑处决。

其中，耿精忠、刘进忠两人在处死后，割下首级示众。

在处理这一“逆案”中，仅赦免了田起蛟、金镜、李学诗、陈梦雷等四人的死刑，他们中有的是旗人，给予他的本主为奴；系民人的，要入官，给披甲新满洲为奴。以上见《清圣祖实录》，卷100，11~13页。

由撤藩而引起的一场战争，使撤藩不得进行，迫使朝廷宣布停撤。经过八年血战，才一劳永逸地解决了问题：吴藩在战争中被武力消灭，耿尚两藩也是通过武力，被强行撤去。其撤藩手段，不过是“擒贼先擒王”，分别把耿精忠、尚之信及其心腹逮捕处死，问题马上就解决了。

从已揭示的史料来看，我们有理由认为，圣祖对耿精忠、尚之信的处置，是一场有组织、有计划、有预谋的政治谋杀。圣祖撤藩，是既定国策，体现了满族统治者的根本利益和要求，当然也符合封建中央集权的要求。耿、尚连同吴三桂及其子孙，再推而扩之，累及他们的部众，都成了撤藩的牺牲品。

圣祖对他们采取的政策，前赦而后治，不能不认为是言行不一，背信弃义。在战争进行中，圣祖千方百计地招抚，许以种种诺言，无论有多大“罪过”，概行宽免，一律不究，官复原职，待遇不变，甚至稍有微劳，即加官晋爵，极尽笼络之能事。他的目的，就是最大限度地孤立分化吴三桂，并借用他们的力量来消灭吴三桂。当他大功告成时，这些人已无使用价值；相反，又视此等曾从叛的人为心腹之患，痛恨起他们曾从恶反对朝廷，尤其对其首要分子和骨干不肯放过，必罗致罪名予以彻底消灭掉，才肯罢休！

吴三桂被消灭后，耿、尚是必欲除掉的首要目标。平心而论，精忠、之信等“归诚”后，还是忠于朝廷的。精忠在沿海防剿台湾郑氏兵，夺回被占城镇，保住了海疆的安定。尚之信在广东、广西屡次征战，招抚，保固了广州及全省，在“归诚”前，已屡次密疏，要求朝廷进兵广东，他予以接应。即使暂时归名于吴三桂，不为所用，保固了广州不受侵害。祖泽清叛于高、雷州，他率部将其击败，立下了不少功劳。在逮捕他们后所加的罪状，多系不实之词，有的是望风扑影，甚至有的是无中生有。例如，尚之信的一个主要“罪状”就是他“投诚”后，在广州按兵不动，屡次征调他出兵，他以种种理由迟迟不行，其实，此言过分。当时广州确实不安定，叛兵进逼广州，如潮州、雷州等处的叛军势力尚强，他有自己的王府的利益在，不肯轻离广州去广西，也是有的。甚至也可以说，不那么忍心打吴三桂，这点隐私就算存在，但从根本上构不成新的“叛逆”行为！在判处精忠时，大学士明珠把之信跟精忠作了一番比较，说了实话，一语泄露天机：他称“尚之信不过纵酒行凶，口出妄言”。毋须解释，此意甚明，他没有把尚之信列入“叛国”“犯上”之罪，用今天的术语来说，他是犯刑事罪：纵酒行凶，随意肆虐他人。按律来断，以他亲王的地位，断不至判死刑！因为扯不上“叛逆”，也就不能处死。圣祖本意是把他调来北京“对质”，却改变主意，匆匆处死了事。大概怕夜长梦多，处决亦可息事。