就在耿精忠被授意进京“陛见”时，即康熙十九年三月，尚之信的护卫张永祥、张士选也赴京“首告”之信“谋叛事”。世祖与议政王大臣密议：命刑部侍郎宜昌阿等人以巡视海疆为名赴广东，调查之信的罪状。同时携张永祥、张士选同回广东，秘密询问都督王国栋、之信的弟弟副都统尚之璋。国栋也参与揭发之信的事件。他曾表示，他可以将之信逮捕。圣祖很信任他，即委以此任。揭发尚之信的还有他的两个母亲舒氏、胡氏、总督金光祖等人。此时，之信正在广西平叛，他要求撤还广州。圣祖指示，宜昌阿等抵广州后，可详察具体情况，如应撤还，即报告说广州“不可无之信”，可以将他一人调还广州。嘱宜昌阿不要过多株连，如发生意外，可“酌便行事”。宜昌阿等钦差按上述旨意，离京南下。《平定三逆方略》，卷51，1~2页。他到广州后，发现城内无满兵，便在半夜密调赖塔部满兵二千入广州，以防意外。

尚之信对朝廷密谋逮捕他一概不知。这时他还在为平叛效力，提议会同镇南将军舒恕所部从贵县（广西贵县）、他同总督、提督两臣由浔州（桂平）水陆进取武宣（广西武宣）。圣祖批准了他的进兵计划。《平定三逆方略》，卷51，5页。之信很快夺取了武宣。

圣祖表面上批准之信进兵武宣，而暗中指令“密图擒拿”。宜昌阿至广州即设计逮捕他。《清圣祖实录》，卷90，17页。宜昌阿与王国栋等密谋，密令总督金光祖、提督折尔肯、总兵官班际盛、副都统金榜选等赴武宣逮捕之信。之信毫无思想准备，当金光祖等宣读“圣旨”，之信“即下马解胄，自系铁组”，被带回广州监禁起来。之信不服，上疏自辩。圣祖一时不忍下手处置，命将之信押解京师对质询问。

之信被囚，权势已失，其藩下都统王国栋便擅自行动，查封王府库藏，“恣取资财，肆行无忌”。藩下长史李天植等愤愤不平，勃然大怒：“国栋陷身旗奴，要不是先王（指可喜）赏识，破格提拔，岂能有今天！如今他既不替公（之信）辩白冤屈，又不遵旨将公送入京师听候勘问，却如此恣意妄为，是将图谋不轨。”他与心腹计议，将忘恩负义之人王国栋杀死。这件事，之信事先一无所知，因此也就不存在他跟李天植等密谋杀害王国栋的问题。以上见《尚氏宗谱》，卷2，“大房”。清官方却作了这样的记录：“尚之信谋益急，令其弟尚之节等阴纠党羽，诱杀王国栋，欲为乱。”《清圣祖实录》，卷90，19~20页。此系诬辞，不足为信。王国栋刚被杀，暗中监视尚之信的赖塔趁机出兵，将尚之节、李天植等参与其事的人一并逮捕。

尚之信的本意，既然自己被人告发，就应遵从圣旨“本身就法”。他坚信“媒孽之诬”是蒙蔽不了皇上的圣明的，他“见天（指圣祖）有日”，一切都会分辩清楚的。他正在被监禁，不想也不可能干出谋杀王国栋而“欲为乱”的蠢事来。他认为，这不但救不了他的命，相反只能伤害他。当他听到王国栋被杀的消息，不禁愕然，长叹不已，他认为这是“倒行逆施”，帮了倒忙，只能加重他的罪过。《尚氏宗谱》，卷2，“大房”。

在赖塔、宜昌阿审讯李天植等人时，他们一口咬定此事与尚之信毫无关系，是他们自己所为，自认责任和后果由他们来负。还有舒氏、胡氏也翻供，称：“之信无谋叛迹”，前揭发他的那份奏疏，都是王国栋伪造的，借她们的名义写的，她们根本就没有揭发过自己的儿子，也不知有这么回事。

然而，朝廷对此根本不予理睬，也不再调查。康熙十九年七月，朝廷即匆匆定议，并经圣祖批准，对尚之信及有关人员做出如下判决：“同谋者”尚可喜妻舒氏、胡氏从宽免死，并免家产籍没；尚之孝、之璋、之隆等都从宽，革职枷责。之信“不忠不孝，罪大恶极，法应立斩，姑念曾授亲王，从宽赐死”。其余如李天植、之信弟之节等都按律就地正法。原定让之信进京勘问，因而取消，就地处置。《平定三逆方略》，卷53，10页，《清圣祖实录》，卷91，19~21页。闰八月十七日，钦差奉命至广州，向之信宣读完旨意，赐一条帛，令其自尽。上午七时许，之信气绝身亡，葬于广州城西报资寺后山下。他的弟弟尚之节、长史李天植等人被押上刑场斩首。之信等人的妻子都籍没入官。《尚氏宗谱》，卷2，“大房”。圣祖又指示，尚之信所有资财，用来充作军饷；过去属平南王的私市私税每年所获银两，不下数百万两，“当尽充国赋，以济军需”《清圣祖实录》，卷91，21~22页。。