是年夏秋，宋军开进洛阳、开封，朝廷发米百万石赈济当地军民，但不久宋军即被元军打败，十二月宋军被迫遣使通好。事态的发展与吴潜的预见一致，吴潜被提升为太常少卿，任内他奏报朝廷批准，统一制定了收取赋税的标准斗、斛等量具，发放到所属州县，以免地方政府大斗加租，从而减轻了农民负担，培植了民力。在隆兴府任内，类似这样的好事实事他做了十五件，使隆兴府的民力得到了恢复。端平二年十二月，吴潜进右文殿修撰、集英殿修撰、枢密都承旨、督府参议官兼知太平州。次年蒙古兵连犯洪山、江陵等地，三月吴潜被招回京述职时宋军襄阳守将降元，"城中官民、兵四万七千有奇、财粟三十万、军器二十四库皆亡，'金银盐纱不与焉，"其后，宋军又"乘火纵掠"，先后攻下固始、文州(今甘肃文县)等地，边情紧急，宋理宗下诏大臣"各陈防边方略"，吴潜上疏朝廷，论保卫四川1守御荆襄的谋略，建设好长江防线的政策以及准备好沿海防御等事项。其间，吴潜曾五上辞呈，朝廷均未批准。他再次上书执政，提出个人对宋元军事对峙等问题的看法。他认为，应紧急调兵支援四川，恢复襄阳的宋军防御，京西(今河南洛阳)地区已失陷，朝廷应把两淮地区的丁壮男子招募过来，组织一支精干队伍，以加强江西的防御。不久，吴潜又被升为权工部侍郎、知江州，为从四品官，他推辞未去上任。国难当头，吴潜忧心如焚，他不断上疏朝廷议政。如宋理宗不能生育，吴潜就上疏理宗，请求过继近支皇侄为宗子，以巩固国家根本，稳定全国人心，维护国家政局。鉴于吴潜的忠诤，朝廷改派他为权兵部侍郎兼检正，任内他针对朝中大臣各怀私心、相互攻击，不以国事为重的情况，上疏指出国家面临的危险局势，"襄(今湖北襄樊市)汉(今湖北汉阳)溃决，兴(今陕西汉中市)沔(今陕西勉县)破亡，两淮傲扰，陷没，在这非常时期，"欲望陛下念大业将倾，士习已坏，以静考察郡情，以刚明消众慝，警于有位，各励主公。"要求±大夫们以国事为重，实心为国，真诚相见，协力同心，共赴国难。"毋以术数相高，而以事功相勉。毋以阴谋相讦，而以议见相先，协谋共智，戳力一心，则危者尚可安，而衰征尚可起也。"同时，他又请求朝廷分路取士，把两淮荆襄地区流失的优秀人才招募上来，以备朝廷使用。

3．初登相位

嘉熙元年(1237)，吴潜被任命为工部侍郎知庆元府兼沿海制置使知黄州，兼淮西安抚使、本路提刑，随之又知平江府(今苏州市)。在此任内，他上疏朝廷，指出财赋凋敝的原因是民力枯竭，主张宽舒民力，让人民有休养生息的机会，为此他与转运使王茔发生了争论。次年正月，王茔回到京城，"劾吴潜知平江府不法历民数事"，于是朝廷暂时罢免了吴潜的职务，改授宝谟阁待制、提举太平兴国宫，再改提举万寿宫，为闲职。经查核，朝廷得知吴潜的问题是与王茔政见不同所致，于是又任命吴潜为试户部侍郎、淮东总领财赋知镇江府。针对边境相对安定的情况，吴潜上疏朝廷。又提出了加强沿边储备和防御的十五件事。

嘉熙三年(1239)Z月，朝廷改派吴潜为敷文阁直学士、沿海制置使兼知镇江府，五月，又提升其为兵部尚书、浙西制置使知镇江府，为从二品官。任内提出了开拓防御，搞好各方协调，团结一致共建海防的措施，吴潜又被改派为工部尚书再改吏部尚书兼知临安府。其间，吴潜上疏朝廷，指出在国家危难之时，不进行深刻的自我反省，不修明政治，自强图新，而想达到亨通兴盛，是不可能的，同时他再次请求宋理宗选皇侄为宗子，以维系国家根本，安定全国人心，以等待新太子出生。宋理宗十分赞赏吴潜的这些见解，十二月，又以吴潜为福建安抚使，掌该路兵民之事，包括听狱讼，颁法令，定赏罚，检查钱粮军械的收支等事项。次年五月，朝廷又给吴潜增加了侍读的头衔，不久再授华文阁学士知建宁府。

淳佑二年(1242)五月，台臣弹劾吴潜，说他在任建宁知府任内有三大罪状，诏"夺取，罢新任"。恰巧吴潜母亲病故，他也就辞官回家为母亲治丧守孝去了。淳佑四年(1244)六月，朝廷查清了问题，鉴于他正为母守孝，故给予优待，任其为"提举隆兴府玉隆万寿宫，任便居住。"

吴潜守孝期满转任中大夫、试兵部尚书兼侍读，又提任翰林学士、知制浩兼侍读。淳佑七年(1247)四月，吴潜被任命为端明殿大学士、签书枢密院事，进封金陵郡侯。签书枢密院事由端明殿大学士从二品官任，协助枢密使执掌兵权，枢密使由时任丞相的郑清元兼任。五月，又以吴潜为同枢密使兼参知政事，即为副丞相，负责统帅江防事宜。该年，天久旱不雨，国家设坛求雨，仍不能缓解旱情，理宗召吴潜人对问话。吴潜对日："国家之所以不会没有弊端，就像人不会没有病一样，今日国家之病，不仅像仓公、扁鹊那样的神医一望而惊，就是一般的庸医也望而恐惧了，希望陛下重用元老旧臣作为医国之师，广泛征求各种意见作为医国之工，使我们这螳为臣子的能够像终日浸泡在稻田中的水牛和奋发向前的奔马那样，既勤勤恳恳，又奋发有为，尽心尽力效忠国家，以此不辱没陛下的知人之明。"七月，干旱持续不解，吴潜请求罢职，朝廷同意了他的请求，但仍恢复其母忧前的职务端明殿大学士、知福州兼本路安抚使，后又改任资政殿大学士、知绍兴府、浙东安抚使，为从二品官。

4．二度拜相

淳佑九年(1249)十二月，朝廷再次起用吴潜为同知枢密院事兼参知政事，进入国家权力中心。次年二月，又让他签书枢密院事。淳佑十一年三月正式委任其为参知政事，十一月升任右丞相，同丞相谢方叙共同执政。在吴潜入枢密院后，朝廷奖赏了一批前朝抗元的有功之臣，抚恤了一批阵亡将士遗属，鼓舞了军队士气，提高了军队战斗力。淳佑十二年十一月，国家发生重大水灾，吴潜引咎辞职，十二月以吴潜为观文殿大学士、提举洞霄宫，又改提举江州太平兴国宫。

宝佑四年(1216)，朝廷委任吴潜为沿海制置使判庆元府，筹划沿海防御事宜。吴潜到任后，立即筹划有关军政、民政、沿海防御的长久大计。他制定规划，奏请朝廷批准；他积极整顿吏治，奖励耕织，发展商业，使福建地区经济得以复兴。吴潜在福建三年，官库存钱累计达一百多万，他还以官库存钱代民输帛，减轻农民税款达五百多万。由此，福建沿海防御及社会状况都有了很大改