吴虞少时曾从吴之英学诗文，从今文经学家廖平习经，深受儒家学说的影响。以后与父亲的关系破裂，被逐出家门。1906年留学日本，归国后担任成都中学教习。一度主编《蜀报》。辛亥革命后，任《西成报》总编、《公论日报》主笔、《四川政治公报》主编。1920年任北京大学、北京高等师范国文系教授，晚年任教于成都大学、四川大学。1933年因遭尊孔复古派的排斥打击，被迫辞职。

吴虞最重要的思想，就是批判儒学，揭露吃人的“礼教”。他批判儒学中以孝为中心的封建专制和家族制度，指出：“详考孔子之学说，既认孝为百行之本，故其立教，莫不以考为起点。”考的范围统括一切，“居住不庄，非孝也；事君不忠，非孝也；莅官不敬，非孝也；朋友无信，不孝也；战阵无勇，不孝也”，“凡人未仕在家，则以事亲为孝，出仕在朝，则以事君为孝。能事亲、事君，乃可谓之立身，然后可以扬名于世”。他认为，中国要得到真正的共和，就必须除去君主专制与家族制度，而儒家伦理学说、社会组织上的家族制度，和政治上的君主专制制度联系在一起，必须加以批判。吴虞反对以礼为准则的等级观念，揭露儒教以礼杀人的本质。他在鲁迅《狂人日记》的启发下，以中国历史上的实例，揭露“吃人的是讲礼教的！讲礼教的就是吃人的！”他认为在孔子整个思想体系中，起主要作用的是礼，学礼、复礼、传礼是孔子思想和一生活动的主线。孝是维护封建道德的主要内容，礼则是封建道德的主要表现形式。吴虞还认为，中国封建社会中的“儒家道统”的作用，就是思想专制。自从汉武帝采纳董仲舒的建议，“罢黜百家，独尊儒术”以来，儒学被定于一尊，孔子也成为“至圣”，结果形成中国长期来思想学术专制的局面，严重阻碍了中国思想文化的发展。他指出：“自孔氏诛少正卯，著‘侮圣言’、‘非圣无法’之厉禁；孟轲继之，辟杨墨，攻异端，自附于圣人之徒；董仲舒对策，以为诸不在六艺之科、孔子之术者，皆绝其道，勿使并进；韩愈《原道》‘人其人，火其书，庐其居’之说昌；于是儒教专制统一，中国学术扫地！”他坚定地认为“儒教不革命，儒学不转轮，吾国遂无新思想、新学说，何以造新国民？悠悠万事，惟此为大已！”。

吴虞于“五四”运动前后，在《新青年》上发表《吃人与礼教》、《家族制度与专制主义之根据》等文章，大胆冲击封建礼教和封建文化，被认为是攻击“孔教”最有力的武器，被称为“只手打倒孔子”的人。他的思想在当时曾引起了巨大的反响。

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