办学的校舍定在两江会馆。但会馆为当地驻军所盘踞，而且态度蛮横。吴樾找到直隶布政司杨士骧(安徽泗县人)恳切陈词，饱含激情的述说办学的必要性，直讲得口干舌燥。他的一腔热情感动了杨士骧，杨始出面交涉，又花了不少钱，才设法把驻军从两江会馆迁出。校舍落实后，吴樾起早摸黑地筹募基金，修葺房屋，添置教具、图书、桌椅。经过紧张的筹建，两江公学开学了，百余名学生得到了就读的机会。

两江公学开学后，吴樾和几位同学分别担任了国文、数学、地理、历史等教学任务。吴樾搬进公学，朝夕与学生相处，以全副精力管理好学校。他还同一位叫金慰农的同学共同主办了《直隶白话报》，用以传播革命思想，扩大革命影响。在两江公学的影响下，保定私立学校发展很快。当时人们评论说：庚子(公元1900年)以后全国学风日盛，保定一直走在前面，保定办学又自两江公学为发端。

吴樾在戊戌变法时曾受到康有为、梁启超的影响，以后直信奉康梁学说。进入保定高等师范学堂以后，阅读了以孙中山为代表的革命派的许多著述和论文，思想起了很大变化。

吴樾后来在《暗杀时代》一文中谈到自己思想转变过程时说：看到立宪派主办的《清议报》后，受到立宪派的影响，盼望早日实现立宪。有人对康梁非议，他还站出来为其辩护。他读了许多革命者的著述，如：《中国白话报》、《警世钟》、《自由血》、《黄帝魂》、《广长舌》、《攘书》、《近世中国秘史》等，认识到救国图存，必须首先坚决推翻清朝政府，中国再不能走改良主义的道路，因而深恨康、梁之说误国害人。

在两江公学宿舍里，每天深夜，一灯如豆，吴樾埋头书案，用心阅读鼓吹革命、强烈反清的图书报刊。当他读了《嘉定屠城记》、《扬州十日记》，了解了清军入侵时在嘉定和扬州两地所施行的令人发指的暴行后，拍案而起，发誓要推翻建筑在千百万人尸骨基础上的清朝政府。尤其是读了《革命军》和陈天华的《猛回头》，更使他革命激情汹涌澎湃，他深深叹服邹容和陈天华的革命胆略与绝顶才华，决心以邹容、陈天华为榜样，必要时以身殉国来唤醒民众。

1904年赵声北上保定，投新军从事革命活动，经革命党潘赞化的介绍，得以结识吴樾。两人志同道合，一见如故，食则同桌，卧则同榻，推心置腹地倾心相谈了几个昼夜。赵声的到来，使吴樾眼界开阔，革命志向更加坚定。赵声也为吴樾的气概所感动，两人很快建立起亲密的友谊，并以兄弟相称。他们在一起谈论得较多的是革命道路问题。他们都认为康梁的保皇立宪主张是一种误国误民的反动主张，只有通过革命的手段，推翻(清)王朝的统治，才可以救国家于危难之中。但在具体走什么道路的问题上却有不同的主张。吴樾主张以突击的方式杀掉大清朝廷反动统治阶级的头面人物，藉以达到革命目的。赵声则主张采用发动武装起义的办法来实现革命目的。赵声不赞同吴樾的主意，他曾多次恳切地劝告吴樾：纵然冒着生命的危险，杀掉了一两个满清贵族，还会有其他的人来代替，所以暗杀并不能解决革命的根本问题。吴樾虽然觉得赵声说得有理，但他认为在当时政治气氛沉闷的情况下，暗杀与革命比，暗杀易，革命难。他对赵声说：今后我从其易，你为其难，我搞暗杀，你搞武装。他还慨然地说：我已将此身许国救民，为革命事业即使是赴汤蹈火，也万死不辞。今后提大军北上为我报仇雪恨的必定是你。赵声虽然不同意暗杀主张，却为吴樾这种慷慨赴死的精神感动得热泪盈眶。当下两人挥泪告别。

赵声到达天津之后，赋诗寄赠吴樾：“淮南自古多英雄，山水而今尚有灵。相见尘襟一潇洒，晚风吹雨太行青。双擎白眼看天下，偶遇知音