次日，二十九日，线等将官打开昆明城门，向清军投降。清军破城日期，官书如《清圣祖实录》，卷98、《平定三逆方略》，卷60及《平吴录》、《庭闻录》皆记十月二十九日。惟蒋氏《东华录》将此事记在十一月，不知有何根据。

数十万军队集于昆明地区，围城、进战近一年，备尝劳苦。及至昆明城降，诸将以军士劳苦，请求准许他们进城抢掠，作为对他们的赏赐。三桂在昆明经营多年，财富充溢府库，美女藏后宫，这些都引起清将领和士兵的垂涎，都想乘机抢掠一番，以饱私囊。大将军章泰不同意这样做，他说：“如抢掠，老百姓逃散，兵粮将无所出。”他与赖塔、赵良栋、蔡毓荣等统帅议定，委派穆占、马齐二将军率部入城，办理受降事宜，查清府库数目，然后大兵进城，再按数确查。《八旗通志·章泰传》，卷138，3656页。

十月三十日，穆占、马齐受章泰之命，率部入昆明城，其余各部人马分守各城门。《云南备征志》，卷21，26页；参见《庭闻录》，卷5。共收降吴世璠所属大小将吏5 600余人、兵33 600余名，缴获大金印14颗、小金印7颗、银印92颗、金策8件。见《八旗通志·章泰传》，卷138，3656页。又，《清圣祖实录》，卷98，16页及《清史稿·吴三桂传》等书载；破昆明城时，收降“伪官弁一千五百八十余员、兵五千一百三十余名。”

统帅部原约定，清军进城不得抢掠。可是他们并未执行，特别是诸将领带头争抢子女玉帛，连统帅们也自食其言，如蔡毓荣抢占了吴三桂的爱妾“八面观音”，穆占抢占了三桂的另一爱妾“四面观音”。只有赵良栋严格约束本部属，他自己亦分毫不取。《清史稿·赵良栋传》，卷255，9776页，《庭闻录》，卷6。

进城后，章泰、蔡毓荣、哈占、赵良栋等主要统帅举行会议，讨论如何处理吴世璠以下的骨干分子。议决：没收吴世璠家产，把他头割下，传送京师示众；将“首谋(反叛)献计”的方光琛和他的儿子方学潜、侄儿方学范立即于军前凌迟处死。《清圣祖实录》，卷98，16页。接着，又制定了处置“逆藩”人员条例：凡助贼肆恶、事迫投降的高启隆、张国柱、巴养元、郑旺、李继业等人皆处斩，妻女财产没收入官。将王永清、江义等人凌迟处死，他们的亲属一律处斩。《逆臣传·吴三桂传》，卷2。

吴三桂已死去三年多，朝廷仍不放过他。清军一进城，就搜查他的棺柩，准备戮尸示众。但查找多处，不得其真假，问三桂手下的至近人，也说不清楚。据有的书载，清军迫昆明时，吴世璠和他的岳父郭壮图为防万一，极其秘密地把三桂的尸骨改葬他处，此事只有世璠、壮图等极少数的几个人知道，可是他们都死了，他人无法知道三桂的真尸骨埋在何处。清军已挖掘过三桂的坟墓，但都是伪墓。清军到处搜寻，甚至一天中竟挖得十三具尸骨。连清统帅们也无法辨真伪，下令用火都烧掉。据传，三桂的真骸骨埋在远离昆明的中缅边界铜壁关外。《庭闻录》，卷6。有的书记载，清军搜查三桂尸骨，毫无踪迹可寻。这时，吴三桂的一个侄儿出首说：三桂的尸骨已焚化，骨灰匣藏在安福园石桥水底戽水。清军照此挖掘，果然找到一骨灰匣。然后将世璠的头与三桂尸骨一并送到京师。《平滇始末》。康熙二十一年(1682年)正月十九日，议政王大臣会议做出决定：“逆贼吴三桂骸骨分发各省，吴世璠首级交与刑部悬挂示众。”另将已押送京师的夏国相凌迟处死，巴养元等五人斩首示众。《清圣祖实录》，卷100，11页。

综合各书记载，朝廷所得三桂尸骨不一定是真的。因为世璠临败前，必将他的祖父的尸骨妥为保存，免致败后遭戮，伪造几个疑墓是完全可能的。如果三桂尸体已焚化，更难分出真假。反正随便拿出谁人尸骨，就说成是三桂的，又有谁去辨伪存真！朝廷的目的，不过是作为惩治三桂尸骨，以儆戒后人罢了，而对于一个死人，无任何实际意义！

最后，还须交代三桂最宠幸的爱妾陈圆圆的下落。当初，就是这个女人促使三桂“冲冠一怒”，弃明投清，从而改变了自己的命运。清军入昆明后，在三桂的籍簿上确无陈圆圆的名字，亦不见其人。她到哪里去了？下落何处？这已成为至今未解的一个历史之谜。据《平滇始末》、《平吴录》等书所载，城破时，圆圆同郭皇后，还有一个叫印太太的，一同自缢而死；又一说“陈沅(圆)不食死”；还有的说，她当了尼姑隐居起来而得善终；还有的说投滇池而死。众说不一。清代野史说，陈圆圆的墓在昆明商山寺，甚至说她死于康熙二十八年(1689年)。墓已不复存在，也难辨真假。直到20世纪80年代初，据报载，在贵州岑巩县水尾乡马家寨发现了陈圆圆墓，有碑一通，上面镌刻：“吴门聂氏之墓”六字。“吴门”非指为吴(三桂)家人，而暗示圆圆籍贯苏州，亦即“吴门”之意。至于“聂氏”，也是用他人之姓代用，这大概是为了避讳政治嫌疑才隐姓瞒名的，碑文明载当年圆圆由昆明来到贵州岑巩平西庵为尼(庵今仍存，在今岑巩县大有乡桐木寨)。何时到此？大抵是三桂反后，兵驻湖南，或许她为避祸，而悄悄远离昆明，来此僻地隐居，故能得以善终。又据报，这个寨子有三百多户人家，除一家之外，都姓吴。他们自称是吴三桂的后代，祖上有训，要为陈圆圆墓保密，所以墓才保存到今天。《中国旅游报》1986年11月11日，“陈圆圆及其墓地”。圆圆墓旁是三桂的心腹大将马宝的衣冠塚。这一切，都表明此墓的真实性。这一事实如能成立，那么，可以认为，圆圆早在昆明城破前已离开这一危地，三桂的后人或于破城前后也躲过清军盘察和追索，而与圆圆来到贵州岑巩这一穷乡僻壤，在这里了此终生了。这只是推测，还缺乏足够的史实依据。因此，有关圆圆晚年及死后埋葬地之谜，有待于进一步揭开。