次日，他准备死，对他的家人说：“我位至大臣，死是应当的，我只担心清军搜索不到我，怕是连累了你们。”他命从人将他的决定告诉部从。待家人都出去后，他在屋里自缢。至气绝身死，吴军统帅之一王绪与李匡为他发丧，祭奠尽哀。他们两人把自己的家私散发给余部，让他们各谋生活去。命人堆积木柴，底下放进火药，然后，两人坐到柴堆上，纵情饮酒。至酒酣，王绪对仆人说：“你们去告诉我的两个妾，她们可以不死，赶快逃生去吧！”不一会儿，仆人急忙跑回来，说：“二妾已悬梁自尽了。”王绪慨然而叹：“她们也能死吗？”他转而命仆人：“可以点火了。”仆人慢慢地点着了火，一接触火药，顿时烈焰飞腾，发出劈里啪啦的巨响，王绪与李匡迅即消失在烈焰之中。

王绪与李匡自焚死，转瞬间化为灰烬。一切都过去了，将军王公良等率余众赴清营投降。以上见《庭闻录》，卷5、《平定三逆方略》，卷59，30页，《清圣祖实录》，卷98，17页。

吴世璠及郭壮图期待马宝、夏国相等人的外援都化为泡影，但他们不愿投降，仍在死守昆明。清军围城已达半年多了，还没有破城的希望。由于清军不服水土，生病的与日俱增，病死的也日益增多。粮饷不继，已发生饥荒，清军的日子很不好过。城内的粮食接济不上，生活也一天比一天困难。双方继续僵持着。

康熙二十年(1681年)九月十六日，圣祖向围城的将士又下了一道命令，催促他们速取昆明：“云南省城围困已久，若不速为克取；未免劳敝兵民，靡费粮饷。今逆贼外援已绝，株守孤城，穷迫已极。”如果继续“迁延时日，待贼食尽，恐粮饷渐至于虚糜，兵丁亦苦于疾病”。他要求章泰、赖塔等“速行攻取云南省城”《清圣祖实录》，卷97，16~17页。。他特别提到，军中有不少是投诚的吴军将吏士卒，应该叫他们攻城建功，以赎前罪。《平定三逆方略》，卷59，6页。圣祖这种策略，可谓以毒攻毒，即以吴军攻吴军，一则可以减少八旗兵的牺牲，一则以“赎罪”，可得这些人的死力而收攻城之效。

昆明久攻不下，固然是世璠集团拼命死守，但主要原因是清军离城四十里安营远驻，一面临昆明湖，一面倚山，围困不严。特别是昆明所赖水运昆明湖南北百里，并未封锁，任其舟船往来，没有人查问。原来驻守昆明湖一带的安宁、晋宁、昆阳、呈贡四州县的清军大都是吴三桂的旧部，他们不能看着困在城内的亲属和部属同僚挨饿，所以没有严加封锁，随便让城内船只出入，转运粮食。城内有粮食供应，便加强了守御到底的决心。当统帅部发现后，断然采取措施，撤换驻守昆明湖一带的吴军旧部，改派八旗兵驻守，从而切断了城内的粮食来源。

九月，赵良栋平定四川的叛乱后，率宁夏兵渡过金沙江，经武定、绵竹，抵昆明，与章泰、赖塔两路大军会师。赵良栋贯彻圣祖的作战方针，力主断昆明水道，从速攻取。在此之前，虽已加强了对昆明水道的封锁，仍然没采取更有力的措施，城内的船只仍不时出入。经赵良栋提议后，在昆明池内置“横筏施楼橹”大船，设置水军，往来巡逻，这才彻底切断昆明与外界的水运通道。至十月，城内粮绝，“人相食”。在这种情况下，良栋坚持速攻，说：“我等大军连营四布，不就近速战，等到日久，米粮不继，满兵无妨，绿旗兵何以存立？”满洲与绿旗兵待遇不平等，凡粮饷都先满足满洲兵的需要，而绿旗兵还经常受其凌虐，为他们做杂役，备尝苦累。所以围困越久，绿旗兵的生活就越困苦。但章泰却不顾绿旗兵的死活，只顾全满洲兵的利益，不同意速攻，说：“皇上豢养的满洲兵，岂可轻进，委之于敌人？你的军队远道而来，也应休养一段时间，怎能让他们再受伤损！”表面上，他倒是兼顾了满洲兵与绿旗兵的利益，实际上害怕进攻遭到损失。赵良栋见他按兵不动，就自率所部发动进攻，力战夺取土桥、新桥、至得胜桥，直抵昆明城下。他的部众远路跋涉，没有休息就投入战斗，疲惫到了极点！章泰又说：“你部已过度劳累，应先撤回，可叫总督蔡毓荣率兵据守。”良栋拒绝说：“我兵死战所得之地，怎能交给他人看守！”章泰无法，于十月八日，只得下令各军进兵，直至城下，围困数重。《清圣祖实录》，卷287，3页，参见《清史稿·赵良栋传》，卷254，9775页。

清军直进至城下，吴世璠被迫遣兵，出城迎战，在归化寺附近激战多时，终被清军击败，赖塔部进至银锭山，蔡毓荣夺重重关与太平桥，赵良栋、穆占、巡抚王继文夺玉皇阁。三路军分拨后，开始连续数日夜猛攻，世璠与郭壮图惊慌失措，眼看城将被攻破，却计无所出，一筹莫展……

清兵进抵昆明城下，与城上吴军相视，已近在眼前。章泰等统帅在加紧攻城的同时，又展开政治攻势，向城内射出一封封招降书，进一步动摇了吴军的军心。城内食已尽，一酒杯米价值高达白银一两！人都饿死了，又面临清军日夜攻击，无处可逃，城旦夕可下，都感到无生路。城内吴军包括将领也无心守城，打算早降，不失为死中求生。十月二十二日，吴将余从龙、吴成鳌悄悄出城投降，将城中虚实如数报告了清军统帅。章泰等人知城内已到了山穷水尽的地步，亲自督战，各路大军猛攻，四面逼城，又密派余从龙进城招抚……