世祖把云南的一切大权授给了三桂，其他统帅也陆续调离云南。多尼于十二月奉命回京，预定十七年五月到京。《清世祖实录》，卷135，16页。征南将军赵布泰于次年二月率部班师《清世祖实录》，卷132，3页。，线国安也在此之前调回广西。《清世祖实录》，卷130，4页。经略云贵的总督洪承畴也在云贵基本平定后，因目疾发作，不能正常理事。他的右眼久已失明，左眼已“昏聩”，行路须人扶持，“文字不能看见”。他自感身体衰朽，“精力已竭”，不能经理粮饷各事，上奏再三恳请解除职务，休养治病。《明清史料》丙编第2本，9页“经略洪承畴揭帖”。世祖予以批准，要他回北京“调理”。《清世祖实录》，卷129，10页。承畴与三桂早在关外降清前，已结成世交，三桂以晚辈待承畴，十分敬重，关系很深。降清后，他们继续保持密切关系，而此次又同征云贵，承畴总经略其事，无处不关照他，自无疑问。及战后，承畴又提出以一王镇守云南，仿元、明两朝成例，世守此地。他明里暗里举荐三桂，为他谋得永固的地盘。所以，三桂得以留镇云南、与承畴的支持确有一定关系。承畴行前，三桂同他密商今后大计，问以“自固之策”。承畴神秘而坚定地说：“不可使滇一日无事也。”三桂顿时领悟，立即“顿首受教”《庭闻录》，卷3。。承畴的谋略，就是要让云南不安定，始终处于紧张的状态，朝廷就不会收回给予三桂的一切权力，使三桂的地位日益巩固。承畴于顺治十七年正月二十日自贵阳动身，于三月初三日抵长沙，《明清史料》丙编第2本，99~100页，“经略洪承畴揭帖”。从此，他们天各一方，三桂也独立经营云贵了。

三桂留镇云南，是他生活的又一个转折点，也是他的政治生涯的新起点。直到他去世前，他在云南近二十年，终于酿成了清史上也是中国历史上的一幕壮观的活剧！