五月十六日，原明叙国公马惟兴、淮国公马宝与将军塔新策、李贵、焦宏曹、贺天云、曹福德、单泰征等人携众4 337人、马1 471匹，从澜沧江以外前来投降。已故汉阳王马进忠之子马自德也降了三桂。

二十八日，原明公安伯李如碧、宜川伯高启龙，总兵刘镇国、都督佥事王朝钦，各率2 000余人、马3 000匹，从丽江边外来降。继他们之后，怀仁侯吴子圣、孟津伯魏勇袭、永昌侯张应井、岐山侯王会、总兵杨成、赵武、邓望功、万致元、王敬、韩天福、王朝兴、旷世宰、胡九鼎等率众4 115人降。

还有，南明永历政权东阁大学士张佐宸、户部尚书龚彝、兵部尚书孙顺、侍郎万年策、大理少卿刘泌、兵科都给事胡显降清。以上参见《庭闻录》，卷3。

在四川南部，尚残存部分南明军事力量。清兵乘云贵之胜，进取川南。据三桂奏报：总兵杜子香及属下一批官员等都缴印扎投降，叙州、马湖二府平定。《庭闻录》，卷3；参见《清世祖实录》，卷132，2页。

八月初，将军都督杨国明率众千余人降。下旬，扬武伯廖鱼率兵600、马150匹降。

九月末，将军杨武、刘启明率官吏90人、兵3 896人、马2 200匹、象4头从腾越边外来降。还有陈建、郝承裔等也来投降。

南明永历政权维持了14年，终于垮台了，在永历与部分臣属逃亡缅甸后，它留在云贵或四川的余部如水之归海，纷纷投向清政权，表明永历这个小朝廷已经土崩瓦解，极少有再生之可能。

“滇黔虽入版图，而伏莽未靖，征调犹繁。”《清世祖实录》，卷131，13页。李定国等还留境内，继续从事抗清活动，他的影响还在，仍有极少数人忠于南明，坚持不降，甚至降而复叛亦有之。这给三桂带来点小麻烦。不久，便发生了沅江叛清事件。

沅江土司那嵩、那焘父子接受李定国的指令《清世祖实录》，卷130，11页，将那嵩写作“那松”。，暗中联络已降清的高应凤、朱养恩和石屏总兵许名臣、土司官龙赞扬，及其以东的各土司，他们“歃血钻刀”准备起事。据三桂得到的情报：李定国已将妻子送往沅江府作人质，将金银财物抬送沅江，并令沅江、普洱诸土官由临安（云南建水）出兵，等清兵出边进剿永历时，乘其空虚，就来“抢云南”。那嵩等认为，云南粮食到九月就吃尽，清兵“马匹粮草俱无”，是支持不下去的，便决定九月起事。三桂得此情报急速上奏朝廷。世祖下令：由三桂与都督卓罗等必于九月内“行兵进剿”。《明清史料》丙编第2本，93页，“户部题本”。果然，顺治十六年九月，高应凤、许名臣杀了石屏知州官，奔元州，那嵩便趁机举兵反清。

三桂得到消息，没有轻敌，决定亲自率部平叛。九月二十一日，他从昆明出发，直奔石屏（云南石屏）。那嵩遣朱养恩屯兵老武山，为其外援，又设伏大竹箐，以待吴兵。石屏土官龙世荣知道那嵩之计，便引导吴三桂绕行别道，至伏兵之后。十月九日，三桂至沅江，兵锋甚盛，朱养恩不敢救援。那嵩乘夜，出兵劫吴营，被击退，三桂下令掘壕，立木城围困沅江，又造浮桥，遏其水路。直至十一月初四日，沅江仍没有攻下。三桂向城内射去一封信，劝诱兵民活抓那嵩投降，否则，城破之日，将全城人都杀死。那嵩也向城外射来一封信，罗列三桂入关以来罪状，而且还署其旧职衔，称“山海关总兵吴三桂开拆”，三桂读后，大怒，挥军急攻，十一月六日，将城攻破。吴兵争先进城，那嵩从北门驰回家中，与妻妾登楼举火自焚，其子那焘、女婿等至亲都各回自己的住室自焚，许名臣、许世勋等自杀，高应凤、孙应斗、周长统、马秉忠四人被俘。《庭闻录》，卷3。《清世祖实录》，卷130，11页载：高应凤等被歼于阵中。吴兵进城，大肆屠杀，不少百姓死于非命，据载：“屠其众十余万”。《明季南略》，卷15，481页。

三桂平定了沅州之乱，局势很快安定下来，率部于十二月二十三日还军，回到昆明。

顺治十六年十月二十二日，当三桂正激战于沅江时，世祖下达命令，授三桂全权治理云南。他指示吏、兵二部说：当云南“初定之时，凡该省文武官贤否，甄别举劾，民间利病，因革兴除，及兵马钱粮一切事务，俱暂该藩（指三桂）总管奏请施行。内外各衙门不得掣肘，庶责任既专，事权归一，文武同心，共图励策，事无遗误，地方早享升平，称朕戡乱柔远至意。俟数年后，该省大定，仍照旧令各官管理。其应行事宜，尔等即行议奏。”《清世祖实录》，卷129，9~10页。

吏兵两部举行会议，根据世祖指示，做出如下决定：“云南省凡应行事宜，听该藩遵奉上谕举行，各衙门应遵旨，不得掣肘。至于云南通省文武大小官员，悉听该藩酌举人地相宜者补授候题，请到该部之日，议复实授。如无应补之人，该藩题明前来，臣二部即行另补可也。理合会复，恭候命下，臣等遵奉施行。”

十一月初一日，世祖批准了吏兵两部的决定。《明季南略》，卷15，482页。

世祖和吏兵两部把云南的人事权、民政、军事、钱粮及一切事务，包括对地方的兴利除弊，实施各项措施等所有权利都授给三桂掌管，由他直接请示世祖批准。地方官员，从总督、巡抚到各政府部门都不得干预。吏兵部甚至把任免官吏权也交给三桂，凡他提名的，吏兵部不过履行任免手续罢了。这样，三桂集军民政财文大权于一身，成了凌驾于地方官之上的“太上皇”，实为世祖钦定的代理人。