嘉靖四十二年（1563），吴百朋英勇善战，靖倭寇、平叛乱、安百姓，一时名声大振，当地百姓箪食壶浆，犒劳王师。当地郡守、县令也争着奉酒酬功，并请求吴百朋乘胜攻下三巢，以绝后患。所谓“三巢”，即下历、岑岗、高砂，方圆700里，原系依智高属地。依智高为壮族首领，宋朝时曾建“大历政权”，后为宋室所统一。“三巢”地方多崇山峻岭，为罪犯盗贼之聚集地。他们占山为王洞机侵扰邻近的府郡州县，为百姓所痛恨。官府虽多次进剿，均糜费钱粮，无功而返。
　　地方官上报朝廷的奏议认为，“三巢”须请省会剿，调兵30万，粮草等军用之费逾百万。吴百朋分析敌情后，上疏奏请：一是由他独任“平三巢”总指挥，决断一应军务；二是调用驻扎在虔州的3万兵力归他全权指挥；三是留抄没奸相严嵩之家产，筹饷20万两银子为军用开支。不久，嘉靖皇帝批准了这个平乱计划，委吴百朋以重任。
　　下历为“三巢”之首，赖清规为首领，其他“两巢”均听命于他。岑岗李文彪死后，其子李珍与江月耀继之。高砂首领为谢允樟。
　　打蛇打七寸，擒贼先擒王。吴百朋受命后移镇信丰，日夜兼程，直扑下历。下历地形复杂，用大兵团作战，等于拳头打跳蚤，难以奏效。
　　吴百朋兵分数路，采取各个击破的作战方略，大小激战凡30余战，给赖清规以毁灭性地打击。大局初定，吴百朋又乘胜追击，在当地乡民的帮助下，找到捷径小路，直捣赖清规在铁坑、铜鼓峰之老巢，赖清规筹贼首在激战中被乱兵所杀，下历得以平定。
　　初战告捷，诸将请战，要求乘胜追击，再破岑岗、高砂两巢。
　　吴百朋分析道：敲山震虎，我们取下历是出其不意，速战速决，打得狠，致贼于死地。今下历已破，贼首伏诛，已是群龙无首。如果移师再取，要防备两巢困兽犹斗，狗急跳墙，倘若他们利用有利的地形与之周旋，对我们反而不利。今下历既定，余峒胆寒，可不战而屈，为将之道不在多杀戮为功。预计岑岗、高砂两巢也指日可破。果然不出所料，岑岗的李珍、江月耀，高砂的谢允樟率众投降伏罪。吴百朋善于用兵，破一巢而三巢皆平，为朝廷所嘉许，晋升大理寺卿，为正三品，不久改任兵部右侍郎。
　　“三巢”既平，吴百朋在此地设置定南县，“设官吏以治之”，使这一带百姓安居乐业。
　　吴百朋巡抚虔州，抗倭平乱凡六年，组织大小战斗150余战，计斩敌首22965级，解救被虏男女18146人，破贼巢穴120余处。朝廷为嘉奖吴百朋之功，赐金银二次，召见嘉许三回，进吴百朋二品官职薪俸，荫一子。
　　吴百朋巡抚虔州六年，戎马倥偬，但他不失儒将风度，在繁忙的军务之余，酷爱读书、写诗、作文，著有《抚虔志》、《用兵纪实》等，惜皆佚散。
　　为纪念吴百朋抚虔六年抗倭平乱的功绩，赤城秦鸣雷曾撰《督抚南赣尧山吴公平寇碑记》传世。
　　嘉靖四十二年（1563），海瑞调任赣州兴国知县。兴国地薄民穷，吏治腐败，积重难返。海瑞针对当地的实际情况，制定《兴国八议》，厘清宿弊，发展生产。海瑞的改革方案遭到地方恶势力的阻挠，海瑞上报南、赣、汀、漳巡抚吴百朋，得到其大力支持。于是，兴国大治。吴百朋知人善任，大力荐举，使海瑞得以重用。