吴国桢与蒋经国的矛盾始于上海时期。1948年8月，蒋经国赴上海任经济督导员，用铁腕手段全面打击投机商人，时任上海市长的吴国桢从经济观点出发，认为用高压手段无助于解决经济问题，并亲赴南京面谏蒋介石剖陈利弊，但未被采纳。同年10月，蒋经国失败而归，却把这笔帐算在吴国桢头上，认为失败是吴国桢不合作的结果。迁台初期，吴国桢和蒋经国之间也有龃龉。吴国桢在其“台湾省主席”任内，由于财政紧张，对于蒋经国所主持的“政治部”、“救国团”等预算外的额外要求，往往予以婉拒，引起蒋经国等人的不满。蒋经国在台湾主持特务工作，在岛内乱捕乱杀，受英美民主思想影响较深的吴国桢又看不惯，以“省主席”身份进行干涉。但由于蒋经国羽翼未丰，败退台湾时又困难重重，内争为势所不许，因此在朝鲜战争爆发前，还勉能和平共处。

两人严重对抗是源于台湾火柴公司一案，吴国桢认为于法无据，要求释放无辜被捕之人，而蒋经国却坚持不放，后来又发生蒋经国在台湾第二次地方选举前夕无故捕人一事，使蒋、吴之间关系势同水火。吴国桢不得已向蒋介石进言，希望不让蒋经国主持特务工作，否则“盖无论其是否仗势越权，必将成为人民仇恨的焦点”，但遭到了蒋介石的拒绝。吴国桢对特务活动的不满在很大程度上讲，并非为了民主与人权，即使他本人在“台湾省主席”任内，抓“匪谍”，对民众实施苛政，他也是不遗余力的。他一再抗议，很大程度上是意气用事，偏要和蒋经国决一高低而已。同时吴国桢也过份高估了蒋介石对他的信任，“待他了解蒋先生爱权之心胜于爱国，爱子之心胜于爱民时，已噬脐莫及”。

江南先生言道，“假如换一个主席，如俞鸿钧，严家淦之流，持遇事请示，凡事推事为座右铭，经国越权，乐得装聋作哑，不闻不问，好官我自为之，那么何止冲突不会升级，连上海时代的误会，都可消弭于无形”。由此可见，吴氏本人的性格在这一系列冲突中，起着极大的作用，致使矛盾不断激化，最终无法调和。

三、亲近政学

政学系在国民党政治结构中，一直占有显赫地位，到台湾后蒋介石也是予以重用。政学系中的张群、王宠惠、王世杰等人曾在美国1949年8月发表的中美关系白皮书中被认为是国民党内最能干的官吏。

逃台后，政学系得到重用，这与蒋介石对其他派系排除打击明显有所不同，蒋介石重用他们并不意外，首先，政学系成员并非“异己分子”，而是以往国民党执政队伍中的骨干；其次，逃台初期国民党能否稳定，靠国民党改造这类政治运动是不能持久的，要想政局稳定，需要经济的稳定，而经济的稳定则要靠美国的支持，美国赞扬的官吏当然在重用之列；再者，蒋经国等实力派独霸政坛还需要时间，因此对于资历和能力都深厚的政学系成员还不能不用。对政学系成员，蒋介石的主要手法是恩威并用，重点是拆散派系色彩，让其成员作为单个政治元素活动。政学系的代表人物纷纷出任高职，此时政学系以为有美国捧场，并不把蒋经国放在眼里，以蒋经国不学无术，持特务统治有违西方民主为名，不断向其挑战。

这引起实力派的不满，于是在蒋介石的支持下，不断打击政学系，首先是枪杀陈仪，其次是打倒了王世杰，第三则指向了吴国桢。吴国祯亲近政学系，一是因为他与王世杰是多年好友，另外政学系大部分是行政官僚，精通权术，善于投机，没有固定的政治见解，随着政治舞台的风云变化，顺势而行，总是即得利益者，也有一些是“专家治国者”，因此，吴国桢也被认为是政学系中的一员。

蒋介石父子出于打击政学系的目的，以“通匪”为名枪毙了陈仪后，矛头指向王世杰。王世杰是政学系的代表人物，到台后出任“总统府秘书长”，步步高升，忘乎所以，批评政治黑暗，特务横行，以“救国”为名，批评蒋经国等实力派抢权过猛，引起实力派不满。1953年11月18日，经情工系统略施小计，蒋介石马上以“蒙混舞弊，不尽职守”为名，下令将王世杰撤职查办。王世杰案发生后，蒋氏父子将矛头指向了吴国桢，继续打压政学系。台湾当局侮蔑已出走美国的吴国桢在王世杰的帮助之下，携资外逃。吴国祯被迫发表声明，为自己辩护，从而引起事件的发生，与台北当局进行隔洋大战，吴国桢被撤销仅有的“政务委员”，并被开除党籍。

台北当局枪毙陈仪没有声张，撤销王世杰点到为止，教训吴国桢却形成了声势浩大的批判运动，报纸、电台、杂志上尽是事件的消息，国民党中央党部、“国大”、“立法院”和“监察院”等纷纷开会专议此事，声讨吴国桢的谈话、演讲铺天盖地，滚滚而来，无形中给包括政学系在内的各种政治势力形成巨大的政治压力，暗示任何与蒋介石父子不一致的思想和行动都是非法的。一向对官场分外敏感的政学系明白其中的原委，当机立断，改弦更张，全部转向支持实力派。

由此可见，对吴国桢的打击是蒋氏父子打击不同势力的一个环节，目的是使权力集中到

自己手里。吴国桢的行为及与政学系密切的关系也是导致其被打击的一个重要原因。

四、美国因素

吴国桢早年留学美国，与美国政界有一定的联系，因此，在其仕途中，美国因素也起着很大的作用。

1949年前后，美国对台执行“弃蒋”，对台湾地区采取“等待尘埃落定”政策。当时美国国务院坚持按亚洲经济援助计划中给台湾的规定数目援台，不愿提供军事援助，甚至“试图培植他人来取代蒋介石在台湾地区的统治，如陈诚，孙立人，吴国桢等人”。[3 吴国桢被美国发表的《中美关系白皮书》中称为国民党之内“最好的一个官吏”，还被1980年8月美国的《时代》杂志选为封面人物。1949