1951年吴先生在《人民日报》上发表文章，呼吁重视建筑教育，建议"更有效地更多地培养基本建设的生力军"，其后又多次提出建筑专业和建筑教育要结合实践等建议。他与农业大学汪菊渊教授联合建议清华大学与农业大学合办园林绿化专业，并在清华大学招收了我国第一批园林规划设计专业学生，这就是后来北京林业大学园林规划系的前身。

1952年全国高等院校进行调整，原北京大学工学院建筑工程系并入清华，建筑系规模迅速扩大。吴先生在担任建筑系副主任期间，负责主持日常教学行政管理工作。他注意汲取国外经验，并注意从国情和本专业教学特点出发，开始制定建筑系的全新教学计划。经数年努力，清华大学建筑系师资队伍不断充实，学生数量进一步增加，教学质量稳步提高，很快成为在全国最有影响的建筑教学中心之一。

数十年来，他以严谨的学风，始终坚持在教学第一线。50年代初，他就是指导建筑学专业第一批研究生的导师；1981年，是国务院批准的第一批博士生导师；1984年，为我国城市规划与设计专业培养出第一位博士学位获得者。他所主持的研究课题"北京奥林匹克及亚运会建设规划研究"被评为国家教委的科技进步一等奖；现在他正在指导二十多名博士和硕士研究生，其中不少论文都以较高的学术价值和实际效益得到很好的评价。这几年试行全国博士论文评选制度，在入选的三名建筑类博士论文中，有两篇是吴良镛教授指导的。

八十年代以来，吴良镛悉心研究现代西方建筑教育的成就与不足，总结了我国建筑教学发展的经验教训，提出了对中国建筑教育的系统设想与建议：关于“建立多层次的教育结构，广泛培养多种建筑人才”、“教育机构、研究机构与生产实践结合”、“注意职业教育的地区性”、“重视建筑师的社会培养与社会联系”、“教学上将建筑设计扩展为人类居处环境的创造与设计”等，是对我国建筑教育特点的概括，也是对建筑事业发展战略的倡议。在他的积极推动下，1988年清华大学建筑系改为清华大学建筑学院，培养出一批批建筑学、城市规划学、园林学等方面的专业人才。他所致力探索开辟的具有中国特色的建筑教学道路，也为推动教育改革做出了重要贡献，在国内外产生了重要影响。

鉴于吴良镛在建筑教育领域做出的贡献，1996年被授予国际建协教育评论奖。

西方的建筑是“石头的史书”，中国的古建筑是“土木的史书”，保护起来更为不易。从1978年起，吴良镛即开始对北京旧城区中心地段的整治进行研究，其后又深入到对破旧危房地区改造和新型四合院的规划设计工作。依据他提出的“有机更新”理论及建造“类四合院”住房体系构想，以满足现代生活需求、又能适应旧城环境及其肌理的原则，1988年在北京市政府的支持下，吴良镛主持了北京菊儿胡同四合院改造工程的规划设计。吴良镛认为，城市是一个有生命的机体，需要新陈代谢。如果把城市当作“木乃伊”去保护，当然矛盾重重，要把它当作有生命的机体，不能大拆大建，而是要通过城市的“新陈代谢”，进行循序渐进式的有机更新，保护城市文化，清除“死亡细胞”，更生“新细胞”，恢复城市的“微循环”，做好旧建筑的适当再利用。吴良镛将胡同的房屋按照质量分为三类