当叛乱集团内部矛盾日益尖锐对，清朝方面加紧了对耿精忠的军事进攻。从康熙十三年七月以后，清兵在江西、浙江战场开始取得进展，不仅顶住了耿部的进攻，连连取得了胜利，还收复了一些失地。

据清官方战报：

七月，杭州将军、都统喇哈达报：耿军总兵阎标率部万余人，自温州、处州进攻金华。清军副都统鄂申巴图鲁亲率满汉官兵迎战，大败耿军，斩杀七千有余、将官以百计，活捉阎标等以下将官一百七十二员。《清圣祖实录》，卷48，26页。

八月，江西总督董卫国报：南赣总兵官刘进宝等击败耿军，恢复石城（属江西，今仍名）。《清圣祖实录》，卷49，1页。

同月，“平南将军”都统赖塔报：自七月十三日至十八日，清兵同进犯金华的耿军展开激战，共九次，大败耿军，收复诸暨、义乌（均属浙江，今仍名）二县。《清圣祖实录》，卷49，4~5页。

浙江总督李之芳报：严州副将鲍虎督率官兵，一日六战六捷，恢复寿昌（浙江金华西北）。《清圣祖实录》，卷49，5页。又报：耿军犯绍兴府新昌县（今仍名），被清军击败溃逃。《清圣祖实录》，卷49，6页。

参赞军务护军统领桑遏、副都统席布报：精忠令闽军自建昌（江西南城）北进，与前来平叛的清军在抚州（江西抚州市）遭遇；清军把叛军杀退，获得了胜利。《清圣祖实录》，卷49，7页。

浙江总督李之芳报：已派遣“授剿总兵官”李荣率官兵血战，阵杀一千余人，乘胜恢复淳安县（浙江，今仍名）。《清圣祖实录》，卷49，10页。

在八月间，清兵还恢复了浙江的遂安县（淳安县西南）、嵊县、东阳县（今仍名）。《清圣祖实录》，卷49，11~13页。在江西，刚恢复了万年县（今万年县西）、崇义县（今仍名）、抚州等地。《清圣祖实录》，卷49，11页，23页。

十月，“奉命大将军”和硕康亲王杰书报：福建“逆贼”一万四五千人犯遂安（浙江淳安西南），当地“土贼”王应茂等率部四千人，沿河傍山，遥为犄角。清严州（浙江建德东）副将鲍虎统率官兵迎战，击斩精忠参将王师右等四员、兵士一千一百七十余人，并乘胜追杀了二十余里。《清圣祖实录》，卷50，3页。

康亲王又报：精忠部将都督周列、总兵桑明等率部二万由常山（浙江，今仍名）谋犯衢州，于九月十七日被清军击败于焦园等地方，斩杀万余人。《清圣祖实录》，卷50，9页。

“镇南将军”尼雅翰报：精忠部都督李大元等万余兵马，屯驻南京（江西星子）崖口。他同副都统绰容托等于十月二十二日，率官兵将其击败，收复南康府，与此同时，清军又收复了万载县（江西，今仍名）。《清圣祖实录》，卷50，13页。

十一月，江西总督董卫国报：他属下右营游击佟国栋等率兵恢复新昌县（江西宜丰）。《清圣祖实录》，卷50，17页。

杰书报：精忠部将都督徐尚朝等率马步兵五万，进至金华城外，列二十余营，军势甚盛。清军副都统马哈达、都统巴雅尔、总兵官李荣、台吉察等满、蒙、汉将官，奋勇夹击，阵斩闽将吴荣先等三十余人，歼灭其兵二万余人。《清圣祖实录》，卷50，18页。

清军捷报频传：十一月十七日，清军克取紧邻江西的婺源（江西，今仍名），休兵一两天，即进军饶州（江西鄱阳）。圣祖闻此消息，十分高兴，写道：“比闻恢复婺源，良可嘉悦。尔等兵单，进克饶州，尤宜加意。”在夺取婺源时，清军又在江西与安徽交界的彭泽县大败耿军，“奋勇登城”，一举攻克。《清圣祖实录》，卷51，4页。二十日，清军由婺源进取饶州，经乐平县，乘机恢复，进至鄱阳云吉峰下。大破叛军，逼饶州城下，叛军弃城逃，遁入鄱阳湖中。饶州复归清军。《清圣祖实录》，卷51，17页。

清军已在江西、浙江战场上获得了一系列战役上的胜利，并收复了一些县城，但还没有从根本上扭转战局。从双方的战斗，可看出耿军的战斗力也很强，它借助军队数量的优势和各地响应，使它尚能与强大的八旗兵周旋，败而复来，清军剿不胜剿，短期内还不能明显奏效。为此，圣祖指示康亲王杰书说：“浙江贼寇，在在窃发，骚扰地方，皆由耿逆未灭之故，若剿除耿逆，则小丑自灭。”他要求杰书等将领，“或固守金华诸处，由仙霞岭、分水关入闽；或固守杭州、衢州，从金华进克温（州）、处（州）。平定浙省，剿灭闽贼，听大将军酌量速行”《清圣祖实录》，卷50，20~21页。。