承谟大义凛然，深深感染了他的部属和看守他的人役。他的部曲，有一个叫张福建的，决心救他，持刀夺门而入，斩杀数名看守士兵，终因寡不敌众，力竭而死。看守承谟的，有一个蒙古人，叫嘛尼，已受精忠“散骑郎”之职，他有感于承谟忠义，秘密救出承谟，事情败露，精忠十分恼怒，将他处以磔刑，嘛尼厉声说．“我宁愿与忠臣同死，不愿与逆贼同生！”

精忠还不打算马上处死承谟，令人严加看守，百般折磨他。他被押两年间，没换过一件衣服，通身生虮虱蛟蝇，任其钻咬，蓬头垢面，疾病缠身，每天仅吃半碗饭，只求速死！天天他都骂一阵，然后写诗文，没有笔砚，就用“烧桴存煤”，写在墙壁上，有一篇“自序”，历数身世，洋洋二千余言……

精忠囚禁了范承谟，再没有人敢反对他。如有不从的，马上被处死。精忠大权在握，自称“总统天下兵马上将军”，比三桂称“元帅”自低一格。他效法三桂，蓄发易衣冠，改穿明朝服饰。私铸钱，名曰“裕民通宝”。《逆臣传·耿精忠传》，卷2，26页。

他大封从叛的将领，以曾养性、白显忠、江元勋为将军，所属佐领黄国瑞、林芳孙、廖廷云、李似桂、护卫夏季旺、吕应计、长史陈仪、陈斌等一大批人，都加给新的职务，分授都督、总兵官等职。

精忠的反叛，进一步加深了清政权的危机。圣祖不能等闲视之，当机立断，迅速作出反应，削其王爵，发通告致讨：

逆贼耿精忠，庸懦无能，痴愚寡识，祗缘伊祖耿仲明航海来归，太宗文皇帝念其投诚之功，特封王爵，宠眷优隆。世祖章皇帝定鼎燕京，复加委任，令其统兵镇粤，中道殒身。其子耿继茂，叨恩承袭，两镇疆，恪其职守。朕眷怀勋裔，恩礼有加，及其病亡，尤深轸卹，特遣部臣，颁赐敕谕，俾耿精忠袭封王爵。自伊祖以及伊身，受恩三世四十余年。在耿精忠赖祖父之余勋，冒朝廷之崇秩，自宜感恩图报，殚竭忠忱。不意其包藏祸心，潜谋不轨，乘吴逆之变，辄行反叛，煽乱地方，罪恶昭彰，国法难宥，今削其王爵，遣发大兵进剿，指日荡平。但念其所属官兵，及地方官员军民人等，或被逆贼迫胁，虽怀忠义，莫能自明，恐大兵一到，玉石难分。有能擒斩耿精忠，投献军前者，优加爵赏；或以兵马城池纳款者，论功叙录；或力有不逮，自拔来归者，亦免罪收用；其原系所属之人，见（现）为直隶各省文武官员者，概从宽宥，虽有父子兄弟见在福建者亦不株连，勿得心怀疑畏自罹法，负朕好生之意。《清圣祖实录》，卷47，15~16页。

圣祖对吴三桂、孙延龄，耿精忠，以及对四川叛将的一贯政策是，把他们跟手下一般将卒、被迫“从逆”的人区别开来，对为首的，坚决镇压，部下招抚，鼓励投诚，不株连；在策略上，采取既打击、又招降的两手策略，恩威并用。这在此后战争中，逐渐发挥出重大作用。即使部属叛乱头子，圣祖也取区别的政策。他对精忠的叛乱，一面派“定南将军”希尔根统领大兵由江西、“平南将军”赖塔由浙江、“平寇将军”根特巴图鲁由广东等三路进剿福建。“耿精忠歼灭，在于旦夕”，一面用力招抚，使其悔罪归顺。圣祖把精忠同三桂明显地区别开来。他把精忠与三桂做了一番比较，说：精忠“必系一时无知，堕人狡计，与吴三桂不同，故将吴三桂子孙正法，耿精忠在京诸弟，照旧宽容，所属官兵并未加罪”。当时，耿精忠的两个亲弟：耿昭忠，耿聚忠尚在北京，因精忠犯逆，国法难容，已把其两弟并禁于一室，其属下官员都“闲住”，不再任事。与对三桂的区别是，圣祖没有处死精忠在京的诸兄弟。《清圣祖实录》，卷47，9~10页。尽管派大军进剿福建，仍“念其祖父宣力累朝，泊精忠之身，遽至覆亡，宗法斩绝，朕心深为不忍”，而“吴三桂乃本身投诚之人，背恩反叛，自取诛戮。耿精忠自祖父以来，受恩三世四十余年，非素蓄逆谋，首倡叛乱者比”。他指示兵部，尽速“传谕耿精忠，果能追念累朝恩德及伊父忠荩遗言，革心悔祸，投诚自归，将侵犯内地海贼（指郑氏兵）速剿图功，即敕免前罪，视之如初”。