这时，三桂督令孙延龄尽快采取军事行动。他下令出兵，攻打平乐等地。以上见《庭闻录》，卷5，5页；参见《广阳杂记》，卷3，164页。

两广总督金光祖闻讯，派人火速进京报告。延龄起兵一个多月后，圣祖下令讨孙延龄。他对兵部发出指令：

逆贼孙延龄，原系定南王下末弁之子，本无才能功绩，祗缘定南王孔有德航海归诚，出师尽节，世祖章皇帝悯其忠贞茂著，官兵人等不忍分离，收拾散亡，俾为一族，仍以所属官员统之，养瞻加恩，概从优厚。迨朕御极，念孙延龄既配王女（孔四贞），理应量加宠荣，故授为将军，使之管理定南王所遗官兵，镇守粤西。在孙延龄叼冒崇阶，自应恪恭职掌，殚忠报效。乃历任以来，屡有过犯，及累经王永年等讦奏赃罪，部议从重处分。朕犹以定南王之功，曲加贷宥，仍令管兵如故。近复赐以抚蛮将军印，委任有加，恩宠罔替，不意孙延龄包藏祸心，背恩忘义，结连逆贼吴三桂，辄行反叛，煽乱地方，国法难容，宜加显戮！

今削其将军职衔，大兵指日进剿，立正典刑。但念其所管官兵，系定南王旧人，受恩累朝，忠义素著，必不甘心从逆，弃前勋，其所管人员及地方官兵，有能擒斩孙延龄投献军前者优加爵赏，或以兵马城池纳款者，论功叙禄；或力有不达，能自拔来归者，亦免罪收用。至于伊等父兄子弟，见（现）在京城、直隶各省者，概不株连，毋得心怀疑畏，自罹法纲，负朕好生之意。尔部即速行遍谕。《清圣祖实录》，卷47，8~9页。

圣祖在这道谕旨中，历数朝廷自顺治在位和他登位后给予孙延龄的种种优厚待遇，恩重位崇，确属实情。圣祖特别强调，孙延龄以微贱出身，平庸无大才却荣登将军之位，皆出于朝廷对其岳父孔有德功绩的追念和报答，而孙延龄不知感恩图报，相反，竟背叛朝廷，圣祖有理由表示他的痛恨和愤懑。其实，孙延龄叛清并没有更深远的政治目的。他还年轻，不过二十多岁，没有经历过多少艰难曲折。他一登将军之位，又兼定南王之婿，父亲死去，无人训教，不过作威作福。他被王永年等参劾，怀有报复之恶念，朝廷屡加阻止，使他不得伸展私欲。三桂谋反，对他煽惑，便不计后果，愤然起兵了。

四月，他给圣祖上疏，为自己辩解。他说，滇、黔叛乱之始，他已两次向朝廷做了报告。朝廷以桂林重地，曾指示要集兵固守，他遵奉旨意，屡次下文，通知两广总督金光祖“居中调度”，要提督马雄赴桂林面商机宜。不料他们两人引诱他的部下都统王永年等人“谋害”他，幸好他们的阴谋一朝败露，本旗官兵就将王永年等人除掉。金光祖“以奸计未遂”，诽谤他谋叛作乱，欺骗朝廷。孙延龄又提到前赐“抚蛮将军”之职，所赐敕书与印信，经肇庆时，竟被金光祖扣留不发。因而他实际上并没有接受这一任命。如今，在衡州（湖南衡阳）、永州（湖南零陵）之间，有云南兵数万，威胁广西。他“固顶踵，不惜勉图报效”，可是，金光祖、马雄等仍视他为仇人，把他抛于陷阱之中。因此不得不申诉自己的苦衷，请皇上明辨。《文献丛编增刊》，7~8页。

孙延龄是说金光祖、马雄、王永年等人逼他无奈，才被迫采取行动，除掉王永年等人。但他回避起兵响应三桂叛乱的事，只字不提。圣祖一眼就看出，孙延龄“潜通吴逆，饰词诬奏”，不说老实话。《清圣祖实录》，卷47，25页。他对孙延龄的政策，必须予以镇压，特命广东的平南王尚可喜、两广总督金光祖、提督马雄会商，如有“可剿之势”，即速进兵广西，剿灭孙延龄；如一时不能速进，可等朝廷发去大兵后，“协力剪灭”。他传谕马雄，要固守所守地方，“相机灭贼”，倘抵御不住，可率官兵赴广东，与尚可喜等协守广东。圣祖也设想过，如孙延龄“改过来降”，他准备予以从宽处理。但又告诫他们，不可以此从缓进剿，必须是孙延龄果真“悔罪归诚”，才可受降，停止进兵。《逆臣传·孙延龄传》，卷3，21~23页。

孙延龄叛变时，广西提督马雄尚未从叛，他们之间素来就不和睦。当孙延龄派人前往柳州，勒令马雄从叛，遭到拒绝。延龄大怒，率兵进攻，被击败。然而，广西已属延龄的势力，马雄独立难支，而三桂兵已进入广西，声势正盛，他无法守住柳州。他准备放弃抵抗，投降三桂。他说：“我降平西王，不降孙延龄！”平时，孔有德旧部将就不服延龄，况且马雄已同延龄交战，结怨更深，他宁降三桂，耻于居延龄之下。他派人前去湖南请降。三桂大喜，立授马雄为“怀宁公”。《广阳杂记》，卷3，164页。广西都统线国安亦步其后尘降吴。《逆臣传·线国安传》，卷3，35页。