圣祖没有料到的是，就在他发出上一指示数日后，即二月二十七日，孙延龄据桂林叛变，投向了吴三桂。孙延龄也是辽东人，其父孙龙原为孔有德末弁，早在太宗时期，随孔有德降清。孔有德南下，留镇广西，其父升为将官，孔有德便将自己的独生女孔四贞许配给延龄。此时四贞年幼，他们尚未成婚。后来，孔有德殉死于桂林，延龄的父亲也死于阵中。朝廷给予恤典，批准延龄袭父二等男爵，又加一等云骑尉，特赐四贞白银万两，每年俸禄视同郡王待遇。四贞长大，便与延龄结了婚。康熙五年五月，圣祖命延龄为镇守广西将军，统辖有德旧部，驻守桂林。

延龄以妻父而贵，独掌一省的军权，他也效法吴三桂，“骄纵无忌”，凡本省武职官员任免，他都擅自决定。康熙十一年九月，御史马大任弹劾他擅自用权，随意任免武职官员。兵部庇护延龄，驳斥了马大任的参劾，而延龄得寸进尺，请旨严斥马大任，兵部了解情况，“申禁之”。十二年七月，他的部下都统王永年、副都统孟一茂、参领胡同春、李一第等人上疏，揭发他诸多不法事：贪污国家财政、纵容部下残害百姓、昼闭城门、乡民不敢入城等罪状。他们的揭发材料先送交广西总督金光祖，他据实上奏。

圣祖特派兵部侍郎勒德洪赴粤审理此案。这时，御使鞠珣乘机进言，说孙出身微贱，又属外姓，享有已故定南王孔有德的待遇，不知感恩图报，胆敢为非作歹，委任其兄孙延基总管属下兵事，军心未服，已引起“讦告纷纷”。他请求将延龄调回北京，其属下兵士，或令归属八旗，或仍令驻守广西，另派一将官统辖。

兵部奉命讨论此事，认为延龄已为王永年所揭发，朝廷已派大臣前往桂林调查，应等待其调查结果，然后再议处。

勒德洪桂林之行，很快将王永年所揭发的各条款调查清楚，情况属实。据此，兵部请圣祖将延龄治罪。圣祖斟酌再三，予以宽大，免予处分。《逆臣传·孙延龄传》，卷3，18~20页。

孙延龄对王永年等人揭发他，怀恨在心。对朝廷派勒德洪前来调查他的问题，心中不满，敢怒不敢言。他把仇恨都集中到王永年身上，伺机报复，正当他怨恨之际，云南突变，朝廷命他与王永年等同守广西，等待机会进兵云南。延龄对他的仇人王永年同他一样受重用，心中很不服气，又怕他再参劾自己，心里很不安。这时，吴三桂派人送来给他的一封亲笔信，内中向他通报云南已经起兵，要求他在广西立即采取行动，事成共享富贵，百般引诱延龄起兵。延龄得三桂书信，颇为高兴。以为机会终于来到，他首先想到的是必杀王永年等人，以泄心头之恨！也发泄了对朝廷的不满情绪。就跟三桂的关系来说，彼此颇有一点瓜葛。据说，孔有德当年曾与三桂联过姻，将女儿孔四贞许配给三桂的次子，其次子未成年夭折，婚姻不成，三桂就认四贞为“义女”，才嫁给了孙延龄，他自然也成了三桂的“义婿”。由于这种关系，延龄跟三桂颇为密切。《平滇始末》3页；参见《广阳杂记》，卷3，164页。他得到三桂鼓动起兵的信，又得知三桂已派他的从孙吴世琮为大将军，率领大军即将来粤西，他不再犹豫，便于康熙十三年二月，宣布起兵。

二月二十八日，孙延龄诈称议事，把诸将都骗到他的府中，事先埋伏下精兵，准备下手。议事完毕，当诸将陆续起身离座时，延龄布置的伏兵齐出，堵住门，并冲上前去，刺杀毫无戒备的参加议事的将官。王永年首当其冲，最先被杀死，几乎同时，副都统孟一茂、参领胡同春、李一第等三十余人都被伏兵迅速歼灭。紧接着，延龄派兵包围了广西巡抚马雄镇衙署。一点也无防备的马雄镇和家属被围在宅院里，束手无策。孙延龄出示三桂的命令，要挟雄镇投降。他也是辽东人，降清后，属汉军镶红旗。历任工部副理事官，左佥都御史、国史院学士。康熙八年，授山西巡抚，未上任，又改任广西巡抚。《清史稿·马雄镇传》，卷252，9725页。他坚守臣节，坚决不从叛，他穿好了朝服，面北叩拜，说：“臣无能，仅以一死报国！”他把自己的居室门关好，上吊自尽。还没有气绝，被家人发现，踢开窗户，把他救了下来。马雄镇料知自己很难逃脱，只能设法让儿子逃出虎口。他趁孙部围守不严，先让长子马世济偷偷溜出衙署。世济总算逃了出来，辗转到了江西赣州，江西巡抚董卫国将广西情况紧急上报朝廷。圣祖始知广西发生叛变，立即遣使至江西，护送世济进京，当面听取了报告。圣祖感念马氏忠诚朝廷，特授世济四品京卿。大约又过了数月，马雄镇写了一份奏疏，交给长孙马国祯，乘夜凿开墙洞逃出。看来，孙延龄尚未发觉，马雄镇又指派心腹二人，保护他的次子马世永逃离桂林。长孙与次子先后抵达京师。