在朝廷阁臣正讨论尚可喜撤藩时，吴应熊探得朝廷意图，迅速秘密派人驰往昆明，向三桂传话：“朝廷素来就怀疑王，尚藩、耿藩都已提出辞职疏奏（耿藩辞职，是指康熙十年春耿继茂以病辞职事。见《圣祖实录》，卷35，4页），而惟独王从没有提出辞职，朝廷对王的疑忌更深了。要赶快写奏疏，派遣使者送来，还来得及。”《广阳杂记》，卷4，179页。应熊要他父亲也效法尚、耿的做法，然后从中谋划，在“弥缝”中可以把自己留下来。

到这个时候，三桂还是无意撤藩。在这个问题上，他没有尚可喜那样明智、有远见卓识，还在力图保住自己的利禄名位，幻想世守云南。他也明知，朝廷对他不放心，这使他的思想陷入深深的矛盾之中，而尚可喜自请撤藩，又把他置于进退维谷的境地。撤吧，实非本愿；不撤吧，朝廷对自己的疑忌如此之深，如何是好？他徘徊不定，顾虑重重。倘走错一步，会导致无法预料的后果。他召来一班亲信，反复商酌，意见不尽一致。有一部分人主张，不妨先提出申请，看朝廷到底是什么态度再说。最后，他觉得这个主意可取，跟儿子的建议基本一致，决定提出撤藩的申请。

于是，三桂命幕僚刘玄初起草辞职疏。玄初是四川人，原先在蜀王刘文秀府中，充任幕客，颇善谋划。刘文秀失败，三桂将他收留，放在自己身边，不时顾问咨询，很得信任。三桂让他写奏疏，他却持与众不同的看法。他对三桂说：“皇上很久就想把王调离云南，但特难开口。王上疏，一定会朝上而夕调。尚、耿两王愿辞就让他们辞去，王可永镇云南，为什么非要效法他们呢？王不可上疏！”《平滇始末》，1页。

三桂一听此言，大伤他的尊严和自信心，很恼怒，气冲冲地说：“我马上就上疏，皇上一定不敢调我。我上疏，是消释朝廷对我的怀疑。”《广阳杂记》，卷1，179页。

康熙十二年七月三日，三桂给圣祖上了一道自请撤藩的奏疏，他写道：

臣驻镇滇省，臣下官兵家口于康熙元年迁移（指从汉中迁云南），至康熙三年迁完。虽家口到滇九载，而臣身在疆已十六年，念臣世受天恩，捐糜难报，惟期尽瘁藩篱，安敢遽请息肩！今闻平南王尚可喜有陈情之疏，已蒙恩鉴，准撤全藩。仰恃鸿慈，冒干天听，请撤安插。《清圣祖实录》，卷42，19页。

比三桂的奏疏稍晚几天，七月九日，靖南王耿精忠也给朝廷写了一份撤藩的奏疏：

巨袭爵二载，心恋帝阙（他入侍北京多年，故有此说），祇以海氛叵测，未敢遽意罢兵。近见平南王尚可喜乞归一疏，已奉谕旨。伏念臣部下官兵，南征二十余年，仰恳皇仁，撤回安插。《清圣祖实录》，卷42，21~22页。

耿精忠撤藩，也是被迫的。他为消除朝廷疑虑，不得已表示了撤藩的态度。这从吴、耿的辞职疏中已看出，他们原不曾想到撤藩的问题。一个说，要报答世受“天恩”，只想竭尽心力镇守疆，不敢贸然请求“息肩”引退；一个说，东南沿海形势捉摸不定，不敢猝然罢兵而闲居。这些说法，是在向朝廷解释自己为什么没有先提出撤藩，都是为国为民而把个人利害置之度外。吴、耿都说，他们是在见到尚可喜撤藩的奏疏后，才敢提出撤藩的。圣祖和廷臣一看就明白，吴、耿撤藩不是出于自觉自愿，是被形势逼到这个地步的。

圣祖决意撤藩，而尚、吴、耿先后自请要撤，是他求之不得之事。他认为，撤藩由他们先提出来，总比朝廷先提为好。这样，朝廷可以光明正大地表态，问题就会顺利解决。所以，当廷臣分别送上三桂与精忠撤藩的报告时，他毫不迟疑地作了批示。他在三桂的报告上写了如下一段话：

王自归诚以来，克殚忠荩，戮力行间，功绩懋著，镇守疆，宣劳岁久。览奏，请撤安插，恭谨可嘉。今云南已经底定，王下官兵家口，作何搬迁安插，著议政王大臣等，会同户、兵二部，确议具奏。《清圣祖实录》，卷42，19页。

圣祖给精忠的批复是：

王祖父以来，世弹忠荩，戮力行间，功绩懋著，及王封镇守，劳著疆。览奏，请撤安插，恭谨可嘉。今福建已经底定，王下官兵家口作何搬移安插。著议政王大臣等，会同户、兵二部，确议具奏。《清圣祖实录》，卷42，22页。

圣祖做出了原则性的决定，批准吴、耿同撤。剩下具体问题，如何搬迁，安插何地等，交由议政王大臣同户部、兵部共同讨论落实。很快，他们就耿精忠搬迁的问题达成了一致意见：既然靖南王自请撤离福建，应将他本人并下属十五佐领官兵均行迁移。圣祖同意。《清圣祖实录》，卷42，26页。

但是，在讨论吴三桂撤藩时，出现了两种根本不同的意见：户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛等少数人主撤，兵部尚书明珠赞成。《清史稿·明珠传》，卷269，9992页。他们认为，应将吴三桂本人和所属官兵家口全部迁移，在山海关外“酌量安插”。云南方面，土司“苗蛮”等族杂处，不得稍微忽视防御，在三桂迁移时，应暂派满洲八旗兵戍守，等戍守官兵到云南时，该藩启程。满洲八旗兵如何派拨，四营绿旗兵如何归并，该藩沿途须用钱粮及人夫等项，应由户部详议。《清圣祖实录》，卷43，2页。多数廷臣持相反意见，其中内弘文院大学士图海、索额图等，主张最力。他们说，吴三桂镇守云南以来，地方安定，总无“乱萌”，现在如将他迁移，不得不遣兵镇守。兵丁往返，加上平西王及属下迁移，沿途地方百姓驿站兵丁苦累，而且戍守云南之兵，都要暂时派遣，骚扰地方，亦未可定。应令吴三桂继续镇守云南。《清圣祖实录》，卷43，2~3页。