征伐之令出自天子,须请示朝廷批准后方可用兵。本来水西等土司已归降,三桂却说他们欲图谋不轨。所列证据,还看不出有“谋反”的明显迹象。三桂都要“先发制人”,对这三个土司大张挞伐,再次征剿。三桂的目的,不过是制造“敌情”,给世祖和廷臣们造成一个印象:云贵的形势又有反复,不仅云南不安定,连贵州也岌岌可危,以此来催促朝廷准他用兵。廷臣们并没有认真核实“敌情”,仅听他之言,即建议从其所请,令其“悉心筹划,相机歼剿”。世祖也马上批准了。《清世祖实录》,卷141,3页。三桂又取得了用兵权,在贵州、云南边境一带再一次展开了大规模的军事行动。过了不久,顺治十八年三月,吴三桂送来了战报:“擒获龙吉兆,克平马乃土司。”《清圣祖实录》,卷2,4页。此次战役,历七十余日才破其寨,将龙吉兆、龙吉佐兄弟一并擒获。三桂对兄弟俩进行了审问:“为什么要谋反?”兄弟两人说:“我受(明)国恩三百年,仗义守死,何名为谋反?”三桂厉声斥问:“难道不怕死吗?”兄弟俩倔强地说:“我两人尽忠而死,难道不贤于你不忠不孝而生吗?”两人同声斥骂不止。三桂大怒,命割去舌头,然后斩首处死。《小腆纪传·龙吉兆传》,卷35,351页。
吴三桂镇压了马乃土司,朝廷把它改名为普安县,设知县一员,分设土司巡检,准令世袭。《清圣祖实录》,卷2,4页。这次军事活动刚刚结束,三桂全力准备进缅。