在"地日蹙，援日寡"众叛亲离，形势越来越不利的情况下，六十七岁高龄的吴三桂竞"思窃号自娱，其下争劝进。遂以三月朔称帝，改元昭武，以衡州为定天府。置百官，大封诸将，首国公，次郡公，亚以侯伯。造新历。举云、贵、湖乡试。号所居舍日殿，瓦不及易黄，以漆髹之。构庐舍万间为朝房。筑坛衡山，行郊天即位礼，将吏入贺"。撕下了"复明"的面纱，以满足称帝的欲望。然而，穷途末路的吴三桂在称帝大礼刚过不久，便因食道癌复发和痢疾等病，不能语，急召其在云南的孙子、吴应熊的儿子吴世瑶来嘱托后事。十八日，吴世瑶未到，吴三桂已一命呜呼。

(四)吴世瑶称帝

吴三桂死后，吴世瑶的亲信方光琛、郭壮图等拥立其在贵阳称帝，改元洪化。

康熙帝鉴于云贵．也区高路险，满洲八旗多为骑兵，不适宜在山泽湖泊作战，他认为"方今贼势既败，遁负险，不便专持马兵。若用绿旗步兵之力，则扑灭甚为有益"，又认为"自古汉兵逆乱，亦惟以汉兵剿平，彼时岂有满兵战?"要求总督蔡毓荣、周有德等筹划部署。于是宁夏提督赵良栋上疏，"愿精选所部步骑五千，独当一路"，他打算取汉中，定"上嘉许之"。赵良栋等在徽县、略阳等地大败叛军悍将吴之茂等。

康熙十九年，赵良栋军由略阳攻破阴平关，再攻克成都。另一路汉将王进宝军攻破武关，平定汉中，并紧追吴世瑶败军不放，在保宁大败叛将王屏藩，迫其自杀。清将吴丹等攻克重庆，察尼攻克辰龙关，占辰州，彰泰等攻克沅州。叛将吴应麟、胡国柱等败走贵阳。由此，进攻云贵的门户大开，清廷制订了分三路进兵，向叛军发起总攻击的计划。但困兽犹斗，叛军垂死挣扎，马宝、夏国相、张国柱等後攻入四川。康熙帝不为叛军的挣扎所动，命令赵良栋军保护四川诸军及军事要地，仍照原计划三路大军杀奔云贵地区。吴世瑶在吴应麟保护下逃奔云南，清军攻下了贵阳，吴世瑶所置将吏一百余人投降。

康熙二十年吴世瑶困守昆明，其军队装备了大象，用"象阵"对付清军，但也无法挽救军事上的颓势，只好下令召马宝、夏国相、张国柱等人由匹回援昆明。但清军已截断了四川叛军的归路，马宝在楚雄战败投降，张国柱军被清兵追杀到云龙州自杀，夏国相军败逃广西，不久亦投降，昆明叛军援绝。该年十月，赵良栋等攻占昆明，吴世瑶与其大学士郭壮图自杀，方光琛受俘，被清军斩首于军前。后来，清军又将吴世瑶戮尸并传首京城；吴世瑶的将吏一千五百余人、士兵五千余人全部投降清军，云、贵、川、湖广"诸省悉平"。康熙帝闻报，"宣捷诏，大赦天下"。次年，又根据议政王大臣会议的要求，"析三桂骸，传示天下，悬世瑶首于市"，并对叛军的骨干分子马宝、夏国相等人的亲属处斩，将张国柱等人的财产妻女没入官，严厉地处罚了叛乱分子及其亲族。吴三桂等三藩势力的平定，巩固了清朝的统治，维护了国家的统一。

吴世瑶当了三年洪化皇帝后自杀了，他的皇冠和家族一起被扫进了历史垃圾堆。史载吴应熊、吴世霖被杀后"诸幼子贷死人官"，吴应熊还有几个儿子活在世上；民间也有传说吴三桂家族中有人自云南逃入了缅甸。照理说其家族中应该还有后裔。但吴三桂所作所为，声名狼藉，故时至今日尚未有自称为吴三桂家族的后裔者。