1922年孙中山组织第二次护法运动中发生了陈炯明叛变，孙中山被迫逃到永丰舰，返回上海。吴稚晖得知这一消息，便从法国回国奔走于京、沪、奥间，劝陈炯明悔过讨贼，虽因陈炯明不听劝告而未成，但吴稚晖的一片爱国热忱和深入虎穴的勇气是令人钦佩的。

1926年国共合作的北伐战争开始，在北代誓师大会上，年过花甲的国民常元老吴稚晖将孙中山的遗橡和党旗国旗授给时任北代军总司令蒋中正，并臻词激劢全体将士。

抗日战争最艰难的时期，注精卫投降日本。吴稚晖最痛恨卖国求荣的汉奸，立即进行口诛笔代，称汪精卫为“汪精怪”；陈璧君为“陈屁裙”；褚民谊为“鼠狒黑”，使人一提到这些名字，就对这”臭了自己，臭了国家，还臭祖宗，更臭子孙，真是畜类“的汉奸深恶痛绝。抗战胜利后，他以八十一岁高龄当门而坐，欢庆胜利，其欢乐之情，无异于一般青少年。

由于吴稚晖坚持认为中国不能实行阶级斗争，坚持认为马克思主义不能实验于中国，故从北代战争后积极反共，思想没有能随着时代潮流的变化而继续前进。1949年他为国民党统治的行将垮台忧心忡忡，体力大衰，时病时好。2月24日他被蒋中正的专机接到台湾省。1953年10月30日吴稚晖病逝于台北，终年八十八岁。

吴稚晖一生十分简朴，敝衣败絮，安之若素，外出总是以步当车，经常罢车。他视金如身外之物，通通用来接济别人。他身边唯一珍贵的东西，就是他两万多册的藏书，还有从二十一岁开始日积月累而成的二十余箱文稿、信件、剪报。其中重要著作有《客座谈话》、《上下古今谈》、《荒古原人史》、《二百兆平民大问题》、《注音符号作用之辨证》、《稚晖文存》等，在台湾省出版的有《吴稚晖先生选集》(上、下册)、《吴敬恒选集》(共十三册，分为哲学、文化教育、国音文字学、科学、政论、书信、序跋游记杂文、上下古今谈，各为一册或二册