正当吴三桂奋战贵州之际，云南局势却突然紧张起来，迤东土司如宁州禄昌贤、新兴王耀祖、螬峨禄益、蒙自李世藩等，“因三桂征水西未返，乘机欲由激江、广西(今云南泸西)诸路袭云南(今昆明)”[ 。](卷四<开藩专制”。禄昌贤陷宁州，进犯昆阳、晋宁、三泊，又分兵攻河西、广西；王耀祖建号“大庆”，谋犯省城，又分兵陷易门，犯昆阳、河西；禄益则攻克熠峨，李世藩也占领了蒙自。一时“滇城震动”，云南告急。

吴三桂获悉后，当即从水西派军队赴援，先后收复宜良、宁州、嵋峨等地，自己则率大军往征新兴，俘获王耀祖，旋复易门。到康熙五年正月，“远近蛮猓闻风怊伏，滇南大定’’[3](眷十八·康熙五年正月庚寅)，云南全省转危为安。平定土司叛乱，维护了云贵少数民族地区的安宁，对于巩固边疆、巩固统一具有不可低估的意义。更为重要的是，吴三桂在以上地区率先推行了“改土归流”政策。早在顺治十七年正月，吴三桂就向清廷奏请在蒙化、景东、永宁“设流官”，五月叉“奏设元江府流官” (卷十七)。马乃土司平定后，清王朝将其地改为普安县，设知县一员。康熙四年四月，吴三桂再次上疏清廷，建议在水西地区广泛推行改土归流：“查水西地有十一则溪，度量延袤之形，其地可置四府州县，但恐大创之后，人民死伤甚多。兼值草昧之初，今应先设三府以试其治，可乎?臣拟将陇胯、的都、垛你、阿架四则溪设为一府。治于比喇；将法戈、大著、木胯、架勒四则溪设为一府，(建府治于大方；将以著、则窝、雄所三则溪设为一府，建府)治于水西城，各领以流官，知府悉隶贵州布政司。”② 清廷觉得这个方案切实可行，予以批准，并于次年二月钦定三府名称为平远府、大定府和黔西府③。