云南地处边陲，又值晚明永历王朝久据之地。洪承畴奏请朝廷：“云南苗蛮杂处，反覆难测，必得重兵弹压。”⑨朝廷诏命“三桂镇云南，命总管军民事。谕吏、兵二部，云南将吏听三桂黜陟。” “本地钱粮不足俸饷，拨江、广每年协济银百万两。”自此，吴三桂开始经略云南。剿灭晚期永历势力，是清王朝的心腹之患。吴三桂为之竭尽心力，并于清顺治十七年二月二十日上疏云： “臣窃以为．逆渠李定国挟永历逃命出边，是滇土虽收，而滇局未结。边患一日不息，兵马一日不宁。边孽不殓，实有三患二难。永历在缅，李定国窥我边防，此其患在门户也；土司反复无定，惟利是趋，此其患在肘腋也；投诚官兵革面恐未革心，此其患在腠理也。滇中兵马云集，粮草难以接济，措饷之难如此也；耕作半荒于南田，人无生趣，势必逃亡，培养之难又如此也。” 奏请清顺治帝准其“及时进兵，早收全局”。

清顺治帝经征得户、兵部会议后，令学士麻勒吉、侍郎石图“如云南，咨三桂机宜。乃决策进兵。命内大臣爱星阿为定西将军，率禁旅南征。”七月，吴三桂疏请将所部(含永明降兵)分置十营，每营一千二百人，以永明降将为总兵：马宝、李如碧、高起隆、刘之，复、塔新策将忠勇五营，王会、刘僻、马惟兴、杨威、吴子圣将义勇五营。朝廷照准。题授赵廷臣为云南巡抚。十月，又疏请设置援剿四镇，以马宁、沈应时、王辅臣、杨武为总兵。“各统万人”。以方献廷参赞机务，胡国柱为大纛章京。“其余子侄亲故，俱带孔雀翎子。”⑩

是年，吴三桂“题定云南盐课岁额银一十四万六千一百零九两三钱六分”；“请准土司世袭，悉给印札”；“奏设元江府流官” 。使云南政、军、民等各项事宜趋于一统。清顺治十八年正月初六，有缅王莽达喇乞援。二十四日，吴三桂疏日： “缅人以送永历为题，丐求救援。臣反复算计，缅求不应，固为不可；应之以实，尤为不可。惟有用术而已。” 遂令大理、永昌防边诸将“就近出边，大张旗鼓，号作先锋，虚张声势，称臣统兵继至。所谓应之以术也。”④ “後檄缅甸，令执由榔(永历帝)以献。”@令副都统何进忠及总兵沈应时、马宁率师“出腾越，道陇川，至猛卯。会瘴发，引还。”七月十九El，缅方“尽杀永历从臣”42人⑥。八月二十四日，吴三桂与爱星阿分率满、汉军兵自昆明出发征缅。十月二十八日，吴三桂率军“出边，至腾越、宋赛，遣人谕缅以出边之故。令献出永历，即撤兵。”十一月十二日，吴三桂军至缅甸木邦。十八El至锡波江。江桥已为永历朝白文选所毁，白退至茶山。李定国退到景线，以避清军锋芒。吴遣部将马宁等追击白文选于猛养(距锡波江八百余里)，白迫于形势，偕部众一万一千七百四十九人，马三千二百六十匹及象十三只，降清⑧