在图海的统率下，清兵冒着寒冷，四路并进。王屏藩拥众数万于兴安、汉中等地，实力相当雄厚，吴之茂据守松藩(今仍名)地区。十月下旬，王进宝部克武关，二十七日追剿叛军，直抵汉中。王屏藩引兵从青石关撤往广元。清兵收复汉中府。《平定三逆方略》，卷48，3页。赵良栋部恢复徽州，败叛军于巴都山，收取略阳。圣祖催令湖广提督徐治都率舟师溯江而上，直取重庆，又增派总督杨茂勋与徐会师，协力进剿。不久，图海报告，清军收复兴安，吴军总兵王永世率众献城降。

平定兴安、汉中后，圣祖马上发出命令，诸路兵马进川作战，特授提督赵良栋为“勇略将军”，以重事权。

康熙十九年一月初，赵良栋率一万一千人，直逼成都，而王进宝已于去年十二月分兵三路，进逼保宁。两将军一路势如破竹，进展迅速。良栋部于八日至绵竹，叛军“劲武将军”汪文元迎降。十一日，至成都郊区，叛军巡抚张文德率文武官员二百余人迎降，清兵入城。王进宝一路遇到了叛军的顽强抵抗。王屏藩、吴之茂、陈君极等人都坐镇保宁。王进宝部进至保宁城二十里地方，占据孔道安营。正月十三日，王屏藩出动二万余人向清军进攻。进宝分兵迎战，大败叛军，追至锦屏山，破叛军营垒四座。叛军退至宝桥，清兵再次发起攻击，夺桥斩关，一拥而入城。王屏藩和他的将军陈君极走投无路，自缢身死。其余如吴之茂等三人及总兵郭天春等十七名将官被活捉。圣祖命将王屏藩、陈君极的头割下，并同被俘的吴之茂、韩晋卿、张起龙等首要人物解送北京。《平定三逆方略》，卷50，6页。

三月，这一行囚犯押解至京，圣祖马上作了处理：将吴之茂、韩晋卿立即凌迟处死，割下首级，与王屏藩、陈君极的首级一起悬挂城门示众。张起龙原为三桂旗下属员，圣祖赦免一死，命他赴云贵招抚，以赎其死罪。《平定三逆方略》，卷51，6页。

再说四川的战事。继克保宁之后，王进宝部于同年正月十八日抵顺庆(南充)，叛军知府彭天寿携众出降。于是，蓬州、广安州、合州、西充、岳池、营山、渠县、邻水、仪陇、遂宁、蓬溪诸州县相继而定。《平定三逆方略》，卷50，10页。

提督徐治都部也取得了重大进展。康熙十九年二月一日，恢复夔州，守将刘之卫、总兵瞿洪升等出降。十三日，据守云阳的谭洪以及“左将军”谭天秘到徐治都军门投降。《平定三逆方略》，卷50，11页。十六日，另一部清军至重庆，没经战斗，守城文武将吏出城迎降，达州、东乡、太平、新宁、南江、安岳等州县随之而降清。叛军将领杨来嘉、彭时亨等各派人至清营缴印投诚。《平定三逆方略》，卷51，1页。

四川号称天险，山峻谷深，道路阻断，进兵不易，出兵亦难。因此，圣祖将四川叛军暂置不理，先突破陕西与江西、福建两翼，然后倾全力突击湖南，待湖南全境将要恢复，就命将率师入川。趁此清兵大胜，吴军败亡的有利形势，一举收复兴安、汉中，再深入川中，除个别地方遇到抵抗，所到即降。当王屏藩等被迫自杀、吴之茂等被捉，四川一省全入清军掌握之中。清朝重新占有四川，给八旗兵进云贵又提供了一大方便条件。于是，清兵从西南包抄云贵。