京城内杨起隆与近畿辅地区蔡禄父子的两次谋叛事件，深深地震动了清朝统治集团，时时有一种危机感袭来，使它无法安枕。而这一切，都是吴三桂带来的灾难性后果，已经危及到它的生存。圣祖和大臣们对三桂的痛恨有增无减。这种切腑之恨很快就转到了他的儿子吴应熊身上。杨起隆等人的活动，却使圣祖和他的阁臣们警觉起来，十分害怕再次发生这类事件。由此又想到了吴应熊留在京城，终究是个隐患，倘若他与其父暗通消息，危险会更大。

此时，吴应熊已被拘禁。然而，鉴于杨起隆一伙敢在京城内起事，使朝廷很快意识到，应熊的存在，对它来说，是一个巨大的祸害。于是，便对他动了杀机，必欲除之而后安！三月九日，兵部尚书王熙上奏疏，“请诛逆子”，其奏文大略如下：

逆贼吴三桂负恩反叛，肆虐滇黔，毒流蜀楚，散布伪札，煽惑人心，今大兵已抵荆南，刻期进剿，元凶授首在指日间。独其逆子吴应熊，素凭势位，党羽众多，擅利散财，蓄养亡命，依附之辈，实繁有徒。今既被羁守，凡彼匪类，蔓引瓜连，但得一日偷生，岂肯甘心受死！即如种种流言，讹传不止，奸谋百出，未易固防。大寇在外，大恶在内，不早为果断，贻害非轻。为今之计，惟速将应熊正法，传旨湖南、四川诸处，老贼闻之，必且魂迷意乱，气阻神昏；群贼闻之，内失所援，自然解体；即兵士、百姓闻之，公义所激，勇气倍增。至应熊亲随人等，系累之中，益成死党，闻发刑部者不下五六百人。人众则难防，时久则易玩。速敕法司，讯别情罪，重者立决，次者分给各旗，消除内变之根源，扫荡逆贼之隐祸，洵今日第一要著也。《庭闻录》，卷5，5~6页。

吴应熊是圣祖的姑父，为皇室外戚的直系亲属。王熙请杀应熊，实为国家安全计，否则，谁有胆量敢索要皇帝至亲人的命！他提出奏请，绝不是他一人的主张，可以说，代表了朝廷大臣们的普遍要求。圣祖明白，吴应熊问题的严重性质，他深体王熙等的奏请，忠诚可嘉，一心为国家，此中并无任何私人成见。所以，他一点也不怪罪他们。但要他下令处死自己的姑父，却不是件容易的事。且不说如何对得住列祖列宗，就是对自己的还年轻的姑母如何交代？处死应熊，让姑母守寡一辈子，让她承受巨大的痛苦，他这个当皇帝的亲侄儿，于心何忍！但应熊事关国家根本利害，又不能等闲视之。他在矛盾的心情中没有做出决定，他要反复考虑，才能从感情的羁绊中解脱出来。但群臣的一再奏请，迫使他加快做出最后的裁决。继王熙之后，对朝政具有最高议决权的议政王大臣会议完全支持他的意见，累次要求速将吴应熊正法。圣祖无法再拖延下去，他在要大清江山还是要吴应熊二者之间做出了最后的选择，同意将应熊处死。圣祖为此特下一道谕旨，说：“吴三桂以枭獍之资，怀狙诈之计，阴图不轨，自启衅端，藉请搬移，则行叛逆，煽乱奸宄，荼毒生灵，极恶穷凶，神人共愤！”圣祖的愤恨之情，溢于言表。接着，他又说下去：“朕思乱臣贼子，孽由自作，刑章具在，众论佥同，朕亦不得而典贷之也。”他本想照廷议，将吴应熊及其诸子吴世霖等人都凌迟处死，但又想到吴应熊久在京师入侍，不忍心加以残酷刑法，予以宽大处理，只将应熊与长子世霖绞死，其余诸幼子免死，没入官，其他有关重要人犯，分别正法。还有一些有牵连的，只要能宽大的，圣祖都尽量予以宽大不究。《清圣祖实录》，卷47，6~7页。在圣祖思想深处，不能不虑及应熊毕竟是他的姑父，处死他们父子，他的心情不会是平静的，他的姑母更不会无动于衷。但他仍为国家根本利益计，只能大义灭亲，承受感情的痛苦了。他这样做了，还要向全国公布，作为一个封建皇帝，也是可贵的。