朝廷与三桂互相猜疑，也是难免之事。朝廷虑三桂势大，与它分庭抗礼，威胁皇权；三桂一心世守云南，疑朝廷不履行诺言，惟恐撤其藩地。自云南安定后，彼此猜忌日益加深，但双方都很谨慎，尽量消除对方对自己的怀疑。从朝廷方面说，鉴于历代教训，它不会贸然行动，挑起纷争，激化矛盾，这不符合以圣祖为首的统治集团的愿望。从三桂方面说，他也不愿意跟朝廷决裂，而决裂就意味着战争，这同样不符合三桂的根本利益。双方都想避免矛盾加深，也各自做出一定努力，企图缓和气氛。所以，双方的猜疑也时强时弱。但是，三桂以及尚可喜、耿精忠三藩的“独立王国”与清朝中央日益加强的专制体制之间有着无法克服的矛盾。从满汉关系来看，在广大汉人特别是在士大夫阶层，对满族贵族的统治还不是心甘情愿的，民族矛盾在一定程度上存在着。清朝统治者自知是一个少数民族统治有数千年文化积累的广大汉人，时时存有临渊履冰之虑，尤其是三个汉人异姓王占地如此广大，兵力如此厚实，资财如此雄厚，清朝统治者无论如何都不能高枕无忧，它已把三藩问题看成是一个隐患，因而高度警惕，密切注视他们的举动。它对“三王”种种优待，意在笼络，采取不断加恩，不断晋爵，乃至联姻，都是为了稳住他们，一旦时机成熟，它还是要撤藩，以求一劳永逸地从根本上消除隐患。这就是说，从主观上看，朝廷也不愿三藩永久地存在下去。因此，三桂等三藩跟朝廷的矛盾是不能消除的，双方的破裂，仅是时间问题！