清兵压境，永历忧心忡忡，而他的母亲又病了，永历心情更是凄惨。他把幸存的都督同知邓凯召入，语气凄凉地说：“太后病了，不知她的骸骨能否归还故里？”又说，“白文选未封亲王，马宝未封郡王，是我负了他们的忠心。滇、黔百姓，我的军队在那里，真苦了他们多年，现在又不知情况如何！”《爝火录》，卷31，955页。参见《行在阳秋》，卷下，302~303页。到这个时候，永历还不知马宝、白文选已先后降清，心中犹惦记着他们的功劳，因为未能及时给予晋封，心里还感到内疚呢！看到他已处险境，尚有此爱怜部下之心，作为一个人君，诚难能可贵了。

十二月初二日，日已西落，夜幕悄悄降临，忽有两三名缅甸官员来到永历的住所，对他说：“晋王李定国兵已到，现在送你去他那里。”还没说完，缅官随从人员上前，连同坐椅，把永历抬了起来就往外走。太后和后妃等人都大放悲声，哭声震荡着寂静的晚空。太后马氏以下，皇后王氏、太子朱慈亘、公主、宫女十四人、太监七人，被害文武诸臣妻妾子女百余人，不约而同地随永历之后，缓缓而行。行有二百余步，有三乘轿子迎来，让永历、太后和皇后乘上，其余男女老少也未及收拾东西，跟随轿子步行。行约五里，至河岸，早有几只船等候，永历一行登上船。于是，船鱼贯而行。天已完全黑了下来，永历不辨东西，谁也不知道去往何处。不一会儿，船已近岸，因为水浅，船只好停近岸的地方。这时有一人，黑暗中涉水至永历船前，背上永历就走，永历问他的姓名，此人说：“臣是平西王前锋高得捷（又写作大节）。”永历平静地说：“平西王吴三桂吧！现在已到这里吗？”见对方没有回答，永历默默无语……

约二更，到达一营地。此刻，永历才知道已入三桂兵营。

原来，缅甸与三桂约定，为避免发生意外，他们把永历一行骗至三桂营。事先，三桂先派高得捷、官国泰、盛有功、徐伯率兵百人前去，暗中监视；接着，又派出二百人，接应前一批，以防出差错。当永历一行被骗出走，高得捷等都在暗中密切注视。这一切，都进行得相当顺利，没费一兵一卒，神不知鬼不觉，就把永历及其家属一个不漏地全部擒获到手！以上参见《庭闻录》，卷3，《行在阳秋》，卷下，《小腆纪年附考》，卷20。南明最后一个政权永历朝廷至此灭亡，明朝的历史亦宣告结束。

当夜，永历入三桂营，南面端坐达旦。三桂标下官员见到他，跪拜如礼。不一会儿，三桂入，行长揖礼，不跪拜。永历问：来人是谁？三桂口噤，不能回答。永历再问，三桂不觉膝屈而跪。永历坚持问来人姓名。问之再四，三桂无法，只好说出自己姓名。永伍当即严厉斥责，最后叹了一口气：“今亦已矣！朕本北人，欲还见十二陵而死，尔能任之乎？”三桂回答说：“能。”永历挥手，让他出去。三桂却伏在地上起不来，左右人上前扶他起来，搀着他走出了永历的住所。这时，只见他面如死灰，汗流浃背，自此再也不见永历了。《小腆纪传·永历下》，卷6，81页。

三日，将永历一行携至旧晚坡。初四日，邓凯跪拜永历面前，说：“今日事至此，皇上当行一烈，使老臣得其死所。”他的意思是让永历自尽，他做臣子的也跟着他死。永历却说：“你说得很对。但有太后在，而洪某（承畴）、吴某（三桂）世受我家恩，未必毒及我母子。”《行在阳秋》，卷下，303页。

永历一行受到三桂的良好待遇。永历下属，不管大小官员、男女，都给马乘用。给永历进餐，都用金碗，他和母亲、妻子都给鲜服铺盖，内宫宫女及妻妾都各给一套衣服。

十二月十日，三桂下令离缅甸班师。三桂班师日期，各书多载十二月九日，而《庭闻录》，卷3、《清圣祖实录》，卷6载，三桂报捷书记为十二月十日，今从之。次年，康熙元年（1662年）三月十三日，吴三桂携永历并大军回到昆明。三桂把永历安置在世恩坊原明崇信伯李本高宅内［明］刘茞：《狩缅纪事》，20页，浙江古籍出版社，1986年版。，派兵严守，每天进餐，奉送衣物，生活用品更倍于前。