合州属重庆地区，永历朝重庆杜子香派出轻舟已至合州江口哨探。此处嘉陵江面宽阔，水势汹涌。三桂与李国翰跨马涉江而过。杜子香闻讯，弃重庆，分水陆奔逃。吴军经铜梁（今仍名）、璧山（今仍名）、来凤（即来凤驿，介璧山与江津之间）、白市（今仍名），直趋重庆。沿路庐舍残破，尸体骷骨随处可见，惟山花自放，听得杜宇声声哀鸣。三桂记室马玉随口吟道：“空山惟有啼鹃泪，剩屋曾无乳燕巢。”显然，这一带已屡经战乱，呈现极度荒凉的景象。

在三路大军出征不久，三月七日，世祖向吴三桂、罗托、李国翰、赵布泰、济席哈等将帅发出新的指示，除了重申前已颁发的方略，再次强调：“今念贵州等处民苗杂处，当先加意抚绥，安辑民人，尔等率领大军经过府州县，及土司蛮峒等处地方，当严行约束官兵，凡良民、苗蛮财物，及一草一木，勿得擅取，惟务宣布仁恩，使彼乐于归附。倘官民人等不遵纪律，仍行抢掠者，即加处治，以示惩戒。尔等所领汉兵，一并严行禁饬，其未辟地方，须多发告示，遍行晓谕。”世祖一再告诫他们“当恪遵奉行，勿致抗害地方，以副朕除暴安民至意”《清世祖实录》，卷115，14~15页。。事实上，清兵所到之处，纪律并不好，凡遇到猛烈抵抗，一经将其击败，便加意报复，征云贵过程，实则是血腥镇压！四月初三日，吴军至重庆。这时，在四川与湖南交界处，李自成的余部仍在“连兵分守”。在四川与湖南交界的房县、竹山、归州（秭归）、巴东、大昌（四川大昌）、大宁（四川巫溪）诸县镇，有塔天保、郝摇旗、李来亨、袁宗第、党守素、贺珍；在施州卫，有王光兴；在长寿（今仍名）、万县（今仍名），有刘体纯、谭诣、谭弘、谭文、向希饶；在达东，有杨束胤、徐邦定等。三桂都署之不理，直指贵州。《爝火录》，卷28，921页。参见《明季南略》，卷15，476页。他任命永宁总兵严自明全镇兵马留守重庆。新设重、夔（州）总兵程廷俊联防守御，再调陕西炮具，以加强防御能力。清朝官方档案极简略地报道了吴三桂与李国翰的捷报：“官兵败贼于合州，斩杀甚多，遂进取重庆。伪都督杜子香率众逃窜，全城克复。”《清世祖实录》，卷116，5~6页。

十三日，兵至黄葛江，搭浮桥而过。按公历，已到五六月之交，天气开始燥热，加之潮气，人如置蒸笼之中，吴军长途行军，不胜疲惫，体力消耗过大，被这炎热熏蒸，无不感到“心迷目眩”。至綦江时，受风雨之阻，更是苦不堪言，马玉题诗为证：

六月王师出，

三巴啸聚潜。

澜观千里曲，

云暗万山尖。

兵气军中肃，

江声枕上嫌。

帐房帷幕薄，

风雨莫相兼。《明季南略》，卷15，476页。

吴军渡过綦江，经四川与贵州交界的东溪驿（四川东溪）、安稳寨（四川境内，东溪南），进入贵州省境，历松坎（今仍名）、新站场（今仍名）、夜郎诸城邑，其中三坡、红关、石壶关一带，山峰丛峙，直入云天，悬崖断壁，下临万丈深渊。将士爬山越岭，节节涉险。

清兵三路进攻的消息传到云南，“上下震恐”。李定国顾虑孙可望熟悉险隘，而各处守将都是孙可望的部下，为防止他们叛变，都将他们撤换，派上自己的人。他特派他的部将刘正国与杨武据守三坡、红关一带，专防三桂一路军，派马进忠防守贵州。刘正国与杨武前来三坡、红关诸隘，据险设伏兵和大象以待。三桂已得孙可望所献贵州、云南地图，已探明“险隘要害，行军设伏”之处，他都按图行事。《爝火录》（下）卷28，921页。四月二十五日，三桂行至三坡一带，早有准备，预防南明袭击。刘正国的伏兵一经被识破，即成惊弓之鸟，没作像样的抵抗，就经水西（黔西）逃奔云南去了。

三桂继续进兵，至桐梓（今仍名）。驻守此城及以南的四渡站诸隘口的明将郭李爱、刘董才、王明池、朱守全、王刘苍、总兵王友臣等，率五千官兵及家属，还有大象，向三桂投降。王友臣是永历政权兴宁伯王兴的儿子。王兴被李定国调到云南去了，他与部下的家口都留在绥阳。当三桂兵至桐梓时，其子友臣决计投降，先派中军朱尚文前来联络降清，在得到三桂的允许后，即率部投降。《清世祖实录》，卷120，7页。过了四渡站，贵州北部重镇遵义已呈现眼前。守军不守，举城投降。该城有储备粮三万余石，为吴军提供了给养。