章泰、蔡毓荣、桑额等所率湖广大军与赖塔所率广西大军各自冲破吴军的阻击，终于实现了战略大会师，这是清军的一个重大胜利。两军自交水分路齐进，于二月十九日进至昆明郊区四十里外，在归化寺附近立营。寺西北金马山，正北鹦鹉山，寺左右为石虎岗，城北山，都成了清兵的壁垒，军容之盛，令人望之不寒而栗。《庭闻录》，卷5，《八旗通志·章泰传》，卷138，3655页。

二十一日，郭壮图遣发将军胡国柄、刘起龙、黄明率马步军万余人出城三十里迎战，驱大象五只上阵。章泰军排于左，赖塔军排于右，从早晨至中午，大战不已。吴军又被击败，清军追至昆明城下，阵斩胡国柄、刘起龙等将官九员，俘获吴军六百余人。《平定三逆方略》，卷57，4~5页；《八旗通志·章泰传》，卷138，3656页；《八旗通志·赖塔传》，卷152，3871页。。两军一齐推进至昆明城下。世璠毫无降意，坚闭城门，等待在四川的马宝、夏国相、胡国柱等应援。赖塔与章泰虑及世璠坚守，清军攻城必有伤亡，便决定掘壕围城。选择近城的南坝、萨石街、走马街、双塔寺、得胜桥、重关等处，“扼吭立营”，连营数十里。章泰还广布檄文和圣祖旨意，派遣官员招降吴将士。不久，大理府的“定远大将军”、“东平公”张国柱、姚安府“亲军车骑后将军”刘汉章、临安吴军总兵徐衷明、李玉彬、范应泰等，以及永昌等各镇吴将纷纷投诚。《八旗通志·章泰传》，卷138，3656页。接着，吴将韩天福率官兵以武定府降清。还有从四川逃回的“亲军铁骑左将军”杨洪德、将军赵玉、杨开运、高启隆、刘魁等一大批将官各率所部官员士卒相继至清营投降。《平定三逆方略》，卷57，12页。

圣祖得知在川的吴将马宝等将回军云南援救，迅速发出指示，严令将军佛尼勒、赵良栋等各统官军“速行蹑击”，使之不得至云南，就地全歼，如不遵此令，有失军机，将以贻误军情重处。《平定三逆方略》，卷57，5~6页。

果然，马宝部已撤军，胡国柱也弃叙州，企图奔云南。驻永宁的吴将宋国辅感到势孤难支，向清军乞降。清军于三月十五日进永宁城。《平定三逆方略》，卷57，7页。

至四月，四川叛军基本被击败，谭洪刚病死，余众已瓦解，不足为虑。圣祖及时下令，调将军噶尔汉同总督哈占、将军赵良栋率部“速进云南”。《平定三逆方略》，卷58，2页。赵良栋接到命令，亲统绿旗兵自雅州起行，哈占也于五月十一日进兵。《清圣祖实录》，卷96，8页。

五月间，被三桂封国公的马宝、将军巴养元等从遵义奔回云南，携妻子驻楚雄。大约在此时，圣祖向马宝发出招降的谕旨，只要“悔罪归诚，将尔从前抗拒之罪俱行赦免，仍论功叙录……”圣祖招抚马宝的谕旨，为一残件。见《明清史料》丁编第10本，983页。此件写于何时？下缺，不得而知。从行文内有“乃行败遁，今复窃踞一隅”语，可知约当马宝窜居楚雄或稍前之时，似无疑问。但马宝没有接受。章泰遣都统希福统兵进击，追至乌木山，马宝全军覆没，仅以身免，逃到姚安山中，收集溃卒还不到百人。他无处可逃，会同巴养元于七月五日至姚安府希福军缴印投降。《清圣祖实录》，卷96，24页。与马宝、巴养元一起投降的还有将军赵国祚、郑旺、李继业、总兵郎应基等。马宝到姚安府这天，他身穿“幅巾深衣”，坐在八人抬的轿上，招摇过市，对人说：“我不出，必使很多人受连累，我不惜一死，是为了救一方百姓。”气色慷慨悲壮，俨然勇士一般。他从姚安被送到楚雄。清提督桑格出城迎接，表示恭敬之意，马宝很高兴。过了几天，有一次桑格同他夜饮，喝了一阵酒，他忽然心有所动，停下杯，不禁老泪纵横，涕泪沾须。他大概自知难逃一死，心中悲伤吧！不久，他又被送到云南。这时，圣祖下达了对马宝的处理决定。谕旨说：“逆贼马宝，所在抗拒大兵，今无地可遁，力穷势迫，始来投诚。殊属可恶！所犯情罪重大，断不可宥。大将军贝子章泰等，其执马宝，拨官兵严解来京。”命令将马宝与巴养元押送京师。九月末，经议政王大臣会议，圣祖批准，在北京将马宝处以凌迟酷刑。受刑时，他不发一声，至疼痛难忍时，才“哼哼”几声。最后，刀至洞胸，才大叫一声而死。头被割下示众。《逆臣传·马宝传》，卷1，37页；参见《庭闻录》，卷5；《清圣祖实录》，卷97，20页。

吴氏集团中另一个重要人物胡国柱及属将王叙等，从姚安逃散后，遁入鹤庆(属云南，今仍名)、丽江(属云南，今仍名)一带山中。赵良栋、哈占奉旨搜拿。都统希福、提督桑额率兵追捕。《清圣祖实录》，卷96，25页；卷97，6页。

吴三桂的女婿夏国相及其部众，被清军打散，他带少数随从奔入广南(广西境内)，躲避清军的追剿。《清圣祖实录》，卷98，16页。大将军章泰、赖塔檄令土官侬朋与防守临安总兵官李国梁率兵追击。康熙二十年十一月初，直抵西板桥，将夏国相及其随从将官包围，堵住逃路。夏国相见无路可逃，决定放下武器投降。他带领将军王永清、黄福、李攀龙、杨松魁，率属下官兵至清营，各缴帅印、官印投诚。章泰、赖塔接受投降，经议定，将李攀龙等斩于军前。夏国相“为三桂婿，乃贼渠著名者，宜送京师正法”《清圣祖实录》，卷98，16~17页。。