清军从五月进入洞庭湖，至九月初，已达三月余，小战屡次，吴军未受大挫，也不敢倾巢出战，而清军仍没有把城紧紧围住。问题是，清将领临战怯懦，不敢迎战。九月初，一队吴军乘船仅二十余只，赴湘阴取粮米和火药，所经清副都统德业立和提督周卜世的防区，有船一百三十只，竟不敢攻击，任其出入！圣祖得报，将二人革职留任，效力赎罪。将军鄂内总统军师，身为主将，却用“庸懦之徒”，致误大事，待事平之日，“从重议处”。《清圣祖实录》，卷77，12页。

十月二十二日，吴水师将军巴养元、姜义等人率船二百五十艘，进攻陆石口，被清军击败；二十九日，清军进击岳州，破吴军万余。吴军出击目的，是打通道路，取得粮食支援。九月初吴军取粮成功，据降人说，取到的粮食也仅能支持到十一月。《平定三逆方略》，卷78，8页。在圣祖的严督下，清水陆加紧对岳州的围困。十一月初旬，湖水干涸，清军移泊大小布袋口，继续以水陆围困，绝岳州粮饷。湖广总督预先购买了数千根木头，打桩做牌，拦截上流，防吴水军出入。中国第一历史档案馆：《三藩档案》案字1682号。岳州城内粮食来源已绝。十一月初，岳州吴军水师倾巢出动，意在疏通粮道，进攻柳林嘴，激战不已。另有一支五千吴军从陆上进攻，从高家庙渡口进攻陆石口营，清军奋力阻击。《清圣祖实录》，卷78，8页。清军在湖上“频频出战”，炮多损坏。“安远靖寇大将军”贝勒察尼要求增发江南子母等炮一千。在高家庙、君山陆地设营，应调荆州水师营总兵张忠及其标下兵赴岳。圣祖一概应允。洞庭湖每年至冬季水量减少，干涸，部分湖段露出陆地，不能行船。清军以水陆相接，湖水干涸，兵营彼此隔绝，兵力又感不足。察尼请求增兵。议政王不同意，而圣祖为攻取岳州，仍然同意。指示将岳乐增援永兴的兵每佐领出二名可撤到岳州，长沙方面战事稍缓，可发每佐领兵二三人增岳州，江西总督董卫国标下官兵可选调二千五百人，就近由铜鼓经武昌，赴岳州，立营于要地，都听察尼指挥。《清圣祖实录》，卷78，10页。董卫国表示，他愿率标兵五千，再调江西各营兵数千援岳。圣祖嘉许。《清圣祖实录》，卷78，20页。此次续调兵计一万八千人。《清圣祖实录》，卷79，4页、7页。看来，圣祖决心不惜一切代价，把各处兵力倾注于岳州一地，以求全胜！至此，清兵集结岳州已达十万左右。

康熙十七年十二月中，三桂遣援兵救岳，“势甚猖獗”，见清军水陆封锁严密，“不能飞渡”，于是败回，“而岳逆在城饥馑日甚”。中国第一历史档案馆：《三藩档案》案字1682号。据随军的官员宜昌阿报告，清军已截获吴应期与各处往来的文书。内容都是呼叫救兵、运送粮饷。说明岳州城粮食已断，从岳州“相继归诚”的吴将士也证实了绝粮的悲惨境况。《清圣祖实录》，卷78，20页。吴军将士继续潜逃投清，至年底，岳州城内吴军游击刘鹏等文武官员七十五人接受招抚，投奔了清营。《清圣祖实录》，卷79，3页。

吴应期所属将士大量叛逃，他的军事力量正在迅速地土崩瓦解。他感到再也支撑不下去了，也不能束手就擒，惟一的办法，只有逃跑。康熙十八年正月十八日，天还没亮，已约降的叛军官兵及家口数千有余，分乘乌船十余只，小船三十余只，在前去接引的清将引导下，开到高脚庙一带登岸，事先清兵已在岸上站队迎接。同一天归降的，还有吴军总兵官王度冲、将军陈珀等，各率舟师来降。到晚上时，只见城内四处起火，“贼众沸腾”。原来吴应期于下午四五时率余部约有数万人出城，丢弃岳州，向东南方向逃遁。清军急忙追逐二百余里，因没携带炊具而还军。次日，即十九日晨，蔡毓荣、桑格等率清军浩浩荡荡开进岳州城。

岳州这座坚城，在吴军坚守下，历时五年，终被清军收复。圣祖在报捷奏章上批道：招降伪将，“恢复岳州府城知道了，兵部知道”以上见中国第一历史档案馆：《三藩档案》案字1682号、1679号，参见《清圣祖实录》，卷79，7~8页。。虽说件喜事，圣祖并不那么高兴。因为他数年来一直关注此城的收复，而他的将领们迟迟不进兵，致使这个胜利来得太迟了。他也明白，投入这么多兵力、没有攻下城，而是叛军主动撤离，竟让吴应期携众逃跑了，不过是得了座叛军“所弃之空城”罢了。为此，圣祖大为恼火，斥责贝勒察尼失计，《清圣祖实录》，卷79，16页。圣祖说的“失计”，是指察尼这些将领不懂军事，让吴应期率数万人在眼皮底下安然逃跑了！这支有生力量没有被歼灭，势必加强其他战略据点的防御，将给清军的下步行动造成很大困难。话虽是这么说，毕竟得到了一个战略要地。正如他曾指出的，长沙与岳州恰似两足，若断其一足，吴三桂就不能自立。从这个意义上说，岳州之得，对全局的影响是重大的。所以，圣祖从心里还是感到安慰。他“特赋长歌，以舒其怀”：