第一阶段，从康熙十二年（1673年）十一月三桂起兵，到十四年（1675年）底，三桂发动战略进攻，清朝战略退却；

第二阶段，从康熙十五年（1676年），到十六年（1677年）底，双方进入战略相持，展开了互有胜负的拉锯战，而清在局部地区如甘肃、陕西、江西、浙江等处逐渐转入战略性进攻；

第三阶段，从康熙十七年（1678年）到二十年（1681年）十二月，清军战略反攻，吴军全面退却，直至被彻底消灭。战争的全过程，显示了它的内在规律性，颇有节奏地向前发展着，变化着。

在战争的第一阶段的二年中，吴三桂乘清军无备，突然发动武装政变，并以迅猛的攻势，连续夺取了云南、贵州、广东、湖南、四川及江西部分地区，并把这些省份和地区置于周王政权的控制之下。吴军前锋直抵长江南岸。三桂“散布伪札，煽惑人心，各省兵民，相率背叛”《清圣祖实录》，卷99，10页。。福建耿蕃夺取了福建及江西、浙江大部分地区；王辅臣叛于陕西，除了个别地区，陕西与甘肃绝大部分都陷入叛军之手。康熙十四年三月二十五日，从长城脚下又传来了警报：蒙古察哈尔部布尔尼也乘三桂叛变，“兴兵造反”。布尔尼为林丹汗后裔，太宗时被剿灭，扶植其子额哲为亲王，嫁一公主，为清朝额驸。布尔尼为公主所生，与朝廷是血肉至亲。布尔尼煽动蒙古各部造反，只有奈曼王扎木山响应，其参加叛变的，仅有二旗。四月六日，圣祖命将出师，以多罗信郡王鄂扎为“抚远大将军”，以大学士都统图海为副将军，护军统领哈克山、副都统吴丹、洪世禄同为军务参赞，率满洲八旗兵和调取蒙古诸部兵马讨布尔尼。《清圣祖实录》，卷53，22页；卷54，3~4页。

北疆出了事，西部也不安宁。西藏受到吴三桂的煽惑与收买，不时地挑起军事摩擦。它在政治上同情吴三桂，对清朝怀有动摇，若即若离。《清圣祖实录》，卷54，16页。从全国情况看，除了关外的辽东地区以及山东、河南等少数地区还较稳定，再也找不到一块安静的土地！叛乱所及，波连十余省，“贼势益猖獗”《逆臣传·吴三桂传》，卷1，8页。。战事仅一年，圣祖不禁惊呼：“逆贼得据大江（长江）之南！”《清圣祖实录》，卷51，7~8页。战事还在向北发展，直抵长城内外。所谓“东、南、西、北，在在鼎沸”赵翼：《皇朝武功纪盛》，卷1，“平定三逆述略”。。就是战争第一阶段的生动概括！

在王辅臣叛于宁羌州后，带动陕甘两省纷纷叛离清朝，圣祖深感局势的严重性，一时性急，打算御驾亲征。他对几位大学士说：“朕欲亲至荆州，相机调遣，速灭贼渠吴三桂。若吴三桂既灭，则所在贼党，不攻自息，生民得安。”他要求他们跟议政王大臣密议，大臣们当然不会赞同圣祖出征。因为此事关系重大，圣祖离京，京师为根本重地，倘生意外，谁也负不了这个责任！至祖接受了劝告，暂停亲征。圣祖的这个举动，足以说明当时局势的严重程度。

因战争而引起的混乱，有一发而不可收拾之势。清朝所处的国际形势，也潜伏着危险。康熙十三年七月，两广总督金光祖密报：“交趾（越南）知孙延龄叛逆，乘机蠢动，陈兵边界，其情叵测，请加防御。”圣祖不得不增兵，“防守险隘”《清圣祖实录》，卷48，23页。。交趾陈兵边界，其意图不外是，担心中国内战蔓延到该国，以事先封锁边界，防止窜入。但鉴于它与中国的关系，欲乘中国内乱侵入，获取中国领土，这个可能性也是比较大的。它毕竟力量不足，只能小心谨慎从事。

还有朝鲜李氏王朝，它原与明朝的关系密切，在受到清朝两次武力入侵而被迫称臣，内心一直不屈服。吴三桂发动叛乱后。它密切注视中国政情变化。一些大臣和知识分子（儒生）甚至上疏国王，要求乘时起兵复仇。儒生罗硕佐、赵显期等于康熙十三年（李氏显宗十五年）五月，相继上疏，大意是，吴三桂“既据南方，蒙古亦不亲附，天下事变，近在目前，乘此机会，练兵峙粮，大可以复仇雪耻，小可以安国保民”《朝鲜李朝实录中的中国史料》下编，卷2，3988页。。七月，有一“布衣臣”叫尹，他进一长篇密疏，痛陈以往所受国耻，要求乘三桂起兵，朝鲜可与之配合行动，内称：“我国精兵劲矢，闻于天下，大炮飞丸，足以方行；得选卒万队，北首燕山，规恢进取，以拊其背，而扼其吭；开海洋一路，约郑人（台湾郑经）并势，以挠其腹里；以传檄燕、蓟、辽河以北野春诸部，日域诸岛，青齐（山东）、淮浙（安徽、浙江）等处，以通于西蜀（四川），使同仇疾，兴共奋起……我顾不难横据医闾（辽宁锦州北之山），薄逐幽沈，而为天下请兵矣！……”《朝鲜李朝实录中的中国史料》下编，卷2，3992页。这篇奏疏，表达了朝鲜统治集团与知识界对清朝的愤激的情绪。说起来容易，做起来未必顺利。国王持慎重态度，未予批答，要视形势而定。看得出来，南边的交趾，东北的朝鲜都对清朝抱有敌意。只是因为清朝很快转败为胜，形势见好，这些抱有敌意的国家才没敢采取行动。

交趾、朝鲜等国蠢蠢欲动，深刻地表明，吴三桂叛乱所产生的政治与军事震动已远远超出中国境内，而在交趾、朝鲜等国发生了强大的政治影响，如发展下去，有可能使这些国家与三桂联合，将清朝置于空前孤立的地位。当然，形势的变化，最终没有出现这个结果。这对清朝来说，的确是一次幸运！