议政王大臣不敢怠慢，很快议定：派满洲与蒙古八旗每佐领前锋各一名，护军各七名，骁骑各十名、汉军每佐领出骁骑各五名，领兵官员视兵数酌量派出。他们拿出此方案请示，圣祖挥笔批准。《清圣祖实录》，卷44，12~13页。此次为清朝平叛用兵之始，直到平叛结束，几乎不提用兵的具体数字，只说从某旗某佐领下抽调若干名组成若干军。因此，我们也难准确知道每次用兵之数。圣祖接到蔡毓荣的报告后，在军事上又采取了一系列措施：

（一）调兵遣将，分守战略要地。圣祖考虑到广西与贵州邻境，不得不预先设防，立授驻防广西的已故定南王孔有德的女婿孙延龄为“抚蛮将军”、线国安为都统，责成他们“统兵固守”；

（二）命西安将军瓦尔喀进兵四川。圣祖指示说：“四川与滇省接壤，今吴三桂已反，你可率副都统一员、全部骑兵，选拔将领，星夜赴四川。凡自云南入川的险隘之地，都必须坚守。大兵不日即进剿云南，等我师临境，贼势渐分，如有可乘之机，你即与提督相机进讨。至于西安等处，朕当刻期遣发禁旅，前去驻防。”《清圣祖实录》，卷44，14页。巴蜀乃是滇黔门户。圣祖料定吴三桂必有窥伺四川之心，趁他尚未挥军进川之际，速派兵扼守险要，进可取云南，退可以守，实为万全之策。在征调瓦尔喀进川的命令发出后，紧接着，又命都统赫叶为“安西将军”，率兵同瓦尔喀等由汉中入川，以护军统领胡礼布为副将军，率署前锋统领穆占、副都统颜布随同出征。《清圣祖实录》，卷44，20页。

（三）圣祖视荆州为最重要的战略要地，前已派硕岱率精锐防守，犹感不足，再派多罗顺承郡王勒尔锦为“宁南靖寇大将军”，总统一大批满洲八旗和部分汉将开赴荆州。圣祖特给兵士颁赏，原定凡出征兵士每人白银十两外，此次再增加十两；委署章京的护军校、骁骑校以下，护军、拨什库、甲兵、弓匠以上，各赏银二十两，铁匠等夫役人员也各给银十两。《清圣祖实录》，卷44，16页。圣祖用重赏来鼓励他们勇赴前线。

（四）以山东兖州地近江南（江苏、安徽）、江西、湖广；山西太原地近陕西、四川，均属东西孔道，为适中之地，分别集结部队，“秣马以待”，随时调遣或应援各邻近地区。这一新的部署，缩短和节省军队从北京南下的时间，将士免受长途奔波，鞍马劳顿之苦。圣祖特命副都统马哈达领兵驻兖州、扩尔坤领兵驻太原。《清圣祖实录》，卷44，17页。

（五）为适应平叛的需要，命直隶各省巡抚仍管兵务，各设左右两营，归巡抚直接统辖。《清圣祖实录》，卷44，17~18页。

在采取军事措施、布置兵力的同时，圣祖又连续采取如下政治措施：

（一）下令停撤平南王、靖南王两藩。圣祖各给两王一道手诏，给靖南王的手诏内云：“朕闻云南作乱，靖南王相应固守地方，不必搬家。平南王亦如之。”立即召还前往广东、福建办理撤藩的钦差大臣梁清标、陈一炳回京。《清圣祖实录》，卷44，14页；参见《爝火录》附记1卷，965页。

（二）原三桂属下文武官员，以及现仍在直隶各省，无论是在职的、闲住的，虽有父子兄弟现在云南的，“概不株连治罪，自今以后，各宜安心守职。无怀疑虑”。《清圣祖实录》，卷44，16页。

（三）为防止内外沟通，圣祖听信议政王大臣会议的意见，将三桂子吴应熊“暂行拘禁”，待“事平”再作处置。《清圣祖实录》，卷44，17页。廷臣们怀疑应熊及属下官员对三桂谋反可能知情。所以采取防范措施，也是必要的。

（四）向各重要军镇通报吴三桂反叛，指授方略，多方安抚和鼓励他们守御地方。圣祖非常重视陕西省情，因为该省距京师甚近，又控驭西北边疆，它的存在对京师的安全至关重要。因此圣祖特给陕西总督哈占、提督张勇、王辅臣发去紧急谕旨：要他们注意发现三桂散布的“伪札、伪书”，晓谕官兵、百姓，检举揭发，向上报告。他称赞他们是朝廷攫任的“股肱之臣”，捍御边疆，绥辑军民，惟他们是赖。圣祖此举，实为思想政治动员之一策，极力笼络他们实心任事，为朝廷效力。《清圣祖实录》，卷44，19页。圣祖的这一对策，在以后的平叛中日益显示出重大作用。

（五）具有重要意义的一项政治措施，是在十二月二十六日采取的，即正式下诏削除吴三桂的王爵，向云贵文武官员、军民人等发布通告。全文如下：