云南是三桂直接控制下的努力范围，省城昆明是他的“栖息”之地，他的心腹和党羽分布各要津，他一声令下，全省与昆明同声听命。朝廷命官、地方官吏大多投降应叛，像云南提督张国柱、永北总兵官杜辉、鹤庆总兵柯泽、布政使崔之瑛、提学道国昌等等一大批汉官汉将都响应了三桂的叛清号令，接受三桂的职务。《逆臣传·吴三桂传》，卷1，14页；《逆臣传·张国柱传》，卷2，2~3页。只有少数官吏，如按察使李兴元、云南知府高显辰、同知刘昆抗拒不从。三桂本意，并不想杀死他们。责令胡国柱把他们押送到“审事堂”。刘昆斥责说：“要死就死，有何事可审！”国柱笑着说：“需等待命令。”说着，很客气地给他们座位坐下。李兴元慷慨激昂，骂不绝口，痛斥三桂：“你内为国戚，外封亲王，受恩最重，为什么要背叛朝廷？我为丈夫，义可杀，不可辱，惟有一死报朝廷！”《清史稿·李兴元传》，卷253，9734页。三桂的刑曹官杨彦光上前劝道：“您不必如此，且等刘先生（指刘茂遐）一言。”另一刑曹官傅奇栋接着说：“您与旗员不同，您是明朝世家，今日正要恢复明朝，您应该效力。”

刘昆驳斥说：“你说的完全错误。顺治元年，吴三桂等辈迎王师入关，至十八年，又于缅甸擒永历。前明之亡，是谁干的？在明朝，亡明朝；事清朝，叛清朝，是两朝乱贼，天地不容！我恨力不能杀你们，还想污辱我这七尺之躯吗！”

刘昆等三人至死不屈，审问他们的人非常痛恨，又无可奈何，只得转告三桂，下令查抄刘昆的公署衙门，除了图书外，只有两件衣服、米二石、钱三千文，马一匹，夫役二人，余无他物。三桂转恨为钦佩，怒责左右人：“你们平日总说他贪，今‘贪’如此！几乎被你们误了事。”对胡国柱说：“刘某清廉能干，我行大事，不可无此人。你们替我劝降他。”半夜，三桂派人来到审事堂，转达了他的愿望。刘昆怒斥来使，来使说：“如不从，将有杀身之祸。”刘昆怒目圆睁，厉声斥责，操起铁索向来使掷去。来使不得已，急忙回去复命。三桂不禁发怒：“难道真倔强如此吗？”指示国柱说：“要给他特殊的苦头，再降他！”十一月二十七日，给刘昆上了刑具，押送到三市街，与高显辰一起，各杖四十，然后把高显辰发往永昌卫、刘昆发往云南西部边远的腾冲卫充军。这两地多烟，让他们备尝苦头，将李兴元投入监狱《庭闻录》，卷5，1~2页。，不久，他服毒自杀身死《逆臣传·吴三桂传》，卷1，14页。又，《清史稿·李兴元传》，卷253则载：兴元被三桂孙子世璠刺杀于狱中。。

三桂毫不费力地消除了“亲情”派的微不足道的反抗，云南迅速成了他的一统天下。他公开打出了独立的旗号，立即准备出师战斗。他迅速着手组织他的军队，重新建制，部署兵力，选将命官，使之适应即将开始而又不可避免的军事斗争。

按照三桂的意图，设金吾前后左右四将军，为各军的首领，其次设左右两翼将军，以下设左右两掖将军、铁骑前后左右将军、骁骑前后左右将军；命名奋威、仁威、亲威、建威、龙威、绥远、怀远、广武、勇略等将军。其下便是各路总管，设征朔、讨朔、覆朔、灭朔、殄朔、破朔、剿朔、靖朔八大将军。各级将领均以“将军”称之，在“将军”之前冠以各种响亮、富有征战意味的名号。所设“征朔”八大将军，都加一“朔”字，是对起自东北的满人的蔑称，前冠以征、灭、殄、覆、破、剿、讨、靖八个字，都是彻底消灭清朝的意思。从这些新起的名号，都可窥见三桂誓与清朝血战到底、“汉贼不两立”的决心。

三桂按此名号分封他的将领：封郭壮图为留守云南路总管，料理核查云南府属印信，催征银两，保证军饷的供给。以胡国柱为金吾左将军，夏国相为金吾右将军，吴国贵为金吾前将军，吴应期为金吾后将军；马宝为铁骑总管将军；以上见《平吴录》，7页。王屏藩、卫朴为骠骑前后将军；陶继志、张足法为骠骑左右将军；王会、高启隆为骁骑左右将军；线维明、田进学为铁骑前后将军；范齐韩、廖进中为铁骑左右将军。《庭闻录》，卷5，2页。按，三桂所设职官与“将军”，各书略有差异，今参酌各书记之。

任命各部职官：以方光琛为吏曹、来度为户曹、钱点为礼曹、韩大任为兵曹、冯苏为刑曹、吕忝子为土曹。以郭昌为云南巡抚。三桂所设“六曹”，亦即清廷的“六部”。显然，三桂开始仿照清制来建设他的新政权。他采取的一系列组织措施，就把他所掌握的军政力量都组织到一个政权之内，形成了上下相维的比较严密的整体。

康熙十二年十二月初一日，三桂自云南发兵北伐，向清朝展开了战略进攻。军队所使用的战旗皆用白色，步骑兵头戴用白毡做的帽子，表示为永历挂孝，不忘明朝旧恩。《逆臣传·吴三桂传》，卷1，14页。三桂派吴国贵、夏国相率步骑为前驱，兵锋直指贵州。他自率马宝等诸将随后进发。在此之前，三桂已派王屏藩率部独取四川、陕西。三桂很信任他，说：“王屏藩前去取四川，如同我去。”马宝请求自任两广方面的军事，率部取两广。三桂说：“两广只须一辩士口舌可下，不烦派兵，我已派人前去游说。”《平滇始末》，3页。