四月下旬，朝廷的批复下达到云南：“仁皇帝（圣祖）命恩免献俘”，“著将永历正法”。《狩缅纪事》，20页。朝廷完全同意三桂的意见，永历不必解往北京，可以在昆明处决。朝廷已授权三桂处决，怎样处决，由三桂与诸将议定。处决的方式种种，如斩首、磔死、毒死、勒死、自缢等等。爱星阿询问三桂以何种方式处置，三桂回答得很干脆：“骈首！”（指其头为多余无用之物，意即斩首）爱星阿以为不可，说：“永历尝为中国之君，今若斩首，未免太惨，仍当赐以自尽，始为得体。”三桂还想辩，他只是“奉旨”杀头，非个人专断独行。安南将军卓罗厉声说道：“一死而已，他也曾当过皇帝，应当全其首领，何必用斩！”《庭闻录》，卷3，参见《狩缅纪事》，20页。

斩首是对犯有死罪的人通常施用的刑法，死无全尸，身首异处，实为受刑人和家属所忌。对某些重要的特殊人物若处以死刑，可由皇帝格外施恩，例改为自缢，或饮毒酒等法处死，全其尸首，免受刀斧之苦，这也算是一种莫大的恩典。爱星阿、卓罗等满将出于对一个弱者的怜悯之心，念永历曾是皇帝，欲成全他保全尸，也属难得。三桂此时的心情，大抵是害怕满人看出他对故主永历的眷念之情，故不假思索，张口道出斩首处决。当两位有身份的满将坚持不斩首，他也就顺水推舟，表示同意。

康熙元年（1662年）四月二十五日处死永历的时间，各书记载不一。一说四月二十五日（《庭闻录》、《狩缅纪事》、《皇明末造录》，卷下、《爝火录》、《求野录》等）；一说四月十五日（《小腆纪传》、《小腆纪年附考》、《南疆逸史》）；一说为四月八日，（《也是录》）。还有的只书月而不记日期的（《清史稿·吴三桂传》）；也有的不知或不书永历“崩日崩所”的（《永历纪年》、《明末滇南纪略》），等等。考三桂于顺治十八年十二月十日离缅甸，即给朝廷上奏报捷，至次年（康熙元年）二月二十六日朝廷接到这份奏报，双方尚未讨论决定对永历的处置。至三月十三日，三桂率大军回到昆明，这才进一步议决对永历的处置，加紧请示朝廷，往返总得一个月以上的时间。故知四月二十五日说法较近实际。再者，记述永历死的时间，多系当时亲身经历的人，有的虽未目击，亦采可靠传闻而记。故四月二十五日说较之他人更有所据。，上午十时左右，三桂亲自部署和执行对永历的处决。他派纛章京吴国贵率亲兵《狩缅纪事》，20页。《庭闻录》，卷3，记执行死刑者为杨珅、夏国相。，前往永历囚禁之所，将永历和他的儿子，还有皇室王维恭之子抬出门首小庙中，吴国贵命人出示弓弦，准备用刑。永历知死期已到，既没有求饶，也没有抗争。他的儿子——太子，才12岁，大骂吴三桂：“黠贼！我朝何负于你？我父子何负于你？乃至此耶！”《行在阳秋》，卷下。吴国贵等不由分说，用弓弦把永历父子和王维恭之子逐个勒死。《庭闻录》、《求野录》等书记载：吴三桂命杨珅、夏国相向永历“进帛”，赐其自尽。而《狩缅纪事》、《小腆纪年附考》、《清史稿·吴三桂传》诸书皆载以弓弦勒死，今从之。永历时年38岁。永历父子死地，原称篦子坡。后因此地逼死永历，人们又改称“逼死坡”。勒死永历三人后，三桂命昆明县知县聂联甲亲运薪木至城北门外，将他们的尸体烧化，然后尸灰四扬，彻底消尸灭迹。剩余部分就地埋葬。二十八日，三桂遣人押解永历的母亲太后、妻子皇后与宫人李贵芳赴北京。至中途，皆自杀。她们不属重要人物。既然自杀而死，朝廷也不以为然，未予追究。《南疆逸史》，“永历帝纪略”，卷3，29页。关于永历后与母是否解往北京，各书记载互异。如《行在阳秋》：“太后王氏不食崩”，是说王氏在遣送北京前已死。《小腆纪年附考》载：永历被处死后，其母与妻均解往北京，中途，两宫自杀。征之《狩缅纪事》，亦载永历母、妻确实被解往北京。但未记是否自杀。《清史稿·吴三桂传》亦采取解北京、中途自杀的说法。

永历带着他终生的遗恨见他的祖宗去了。对于他的死，时人和史家都表示了很大的同情。永历被勒死时，“滇人如丧妣，罢市哀恸。各街市民假称丁艰丧服，半皆缟素”《狩缅纪事》，20页。。各史书都记载，当时，“风霾突地，屋瓦俱飞，霹雳三震，大雨倾注，空中有黑气如龙，蜿蜒而逝”《庭闻录》，卷3。。有的写道：“雷电交作，空中有二龙蜿蜒……军民无不悲悼。”《小腆纪年附考》。有的写道：这一天，“大昏黑，风霾并作，人影不见”《行在阳秋》。。又有的写道：“天地昏黄，士民相走，哭于道者不绝。”《求野录》。还有的写道：永历“蒙难之日，暴风雷雨，昼晦，士卒皆出涕”《南疆逸史》。。