此次用兵云贵，虽说三路进军，三桂亲自指挥的一路军却发挥了重要作用，尤其向云南推进时，三桂一路领先，承受了主要战场的作战任务，同李定国的精锐展开激战，冲锋陷阵，独得头功。朝廷给赏，自然不在话下。但朝廷首先考虑的是，如何巩固对云贵的占领，加强对这两省的管理。所以，云贵一经克捷，立即选任大吏任职。

顺治十六年正月，世祖指示吏部：“云贵地方初辟，节制弹压，亟需总督重臣。贵州巡抚赵廷臣，久历疆，堪胜此任，著升云贵总督，其贵州巡抚员缺，著以山西按察使卞三元升补。应加职衔，尔部酌议具奏。”《清世祖实录》，卷128，4页。

世祖亲自点了名，吏部只能“遵旨”照办。过了几天，吏部回奏：赵廷臣原系都察院右佥都御史职衔，现应升兵部右侍郎兼都察院右副都御史，总督云贵等处地方军务兼理粮饷。卞三元应升都察院右副都御史，巡抚贵州，兼理湖北、川东等处地方，提督军务。吏部完全是照皇帝的旨意拟的决定，当即得到世祖批准。《清世祖实录》，卷123，12页。

二月间，提升广西浔州府同知曹士奇为贵州布政史司参议，分守贵宁道；提升分巡苍梧道佥事李本晟为云南按察使司副使，管按察使事。《清世祖实录》，卷123，21页。

新的任命，很快轮到了吴三桂。此事是由经略洪承畴提出来的。在吴三桂三路大军夺取云南已成定局时，他亲自从贵阳赴昆明，察看形势，立即向朝廷请示：云南山川险峻，幅员辽阔，非内地可比。请命议政王贝勒大臣密议：三路大兵作何分留驻守？贵州中路汉兵、广西汉兵，作何分布安设？在另份奏疏中，又说：云南同贵州相比，“尤为险远，土司种类甚多，治之非易”，所以，元朝用亲王坐镇，明朝以黔国公沐英世守。他要求议政王贝勒大臣“为久长计，苗（吴）兵驻镇，俾边疆永赖辑宁”《贰臣传·洪承畴传》。。兵部讨论了此事，议决：应留拨大帅官兵镇守云南。事关重大，请世祖作出裁决。世祖命议政王大臣会议讨论。他们提出，平西王吴三桂、平南王尚可喜、已故靖南王耿仲明之子联继茂三藩，应移一王驻镇云南。在云贵收复后，汉中已属内地，兼有四川阻隔，不必派藩王驻防。应移一王分镇粤东（广东）、一王分镇蜀中（四川）。三位藩王驻何地，“恭候上裁”。

议政王大臣会议没有明确提出三王各应驻何地，但倾向性意见已属明显。尚可喜与耿继茂已驻广东，家口随带。以两王能力而论，显然尚氏为高。广东地处南疆，临海，与郑氏势力相近，必有一能力强的藩王驻守，无须考虑，应推尚可喜镇守广东为宜。三桂与耿继茂，无论从能力、资望，两者都不能相提并论。洪承畴和廷臣都强调云南地方辽阔，情况复杂，而且永历还在边界外，李定国尚隐蔽在云南山林之中，仍是一大隐患。显然，镇守云南，非三桂莫属。三桂南征云贵时，已将家口随军搬迁，这预示着他不再回汉中。至于四川，有云贵为保障，已属内地，朝廷不以为扰，由耿继茂镇守也成自然之事。

顺治十六年三月二十三日，这天恰好是三桂率师回到昆明，而世祖在北京作出决定：命三桂驻镇云南、尚可喜驻镇广东、耿继茂镇守四川。《清世祖实录》，卷124，14~15页。关于继茂的驻镇地又有几次改变。到十二月，改命移镇广西。《清世祖实录》，卷130，16页。次年（顺治十七年）七月，世祖突然下令：耿继茂“停赴广西，率领全标官兵并家口，移驻福建”。《清世祖实录》，卷138，14页。吴、尚、耿三藩驻镇地就这样确定下来。