综合各方面记载，这次战斗酷烈空前，伤亡最大。未出战前，明伏兵被枪炮与箭击死在沟的有1/3，激战死在战场上的也有1/3，这就是说，伏兵6 000已失去2/3。《庭闻录》，卷3。将领窦民望、王玺等战死。

清军方面，损失也相当惨重。三桂部属，自都统下，固山额真沙里布、祖泽润等18名将官及辅国公干图、扎喀纳等战死，凡已上山的清军无一生还，损失精锐近万人。《小腆纪年附考》，卷19，24页；参见《清世祖实录》，卷132，2页。清官方实录载三桂的报捷书中，对清军的损失只字不提。《清世祖实录》，卷125，28页。

李定国设伏，重创清军，有诗赞道：

凛凛孤忠志独坚，

手持一木欲撑天。

磨盘战地人犹识，

磷火常用日色鲜。刘彬：《续残明遗事漫记》，转引自郭影秋：《李定国纪年》。

吴三桂以重大的代价破伏取胜，如果没有人预先告密，其结果将使他遭到厄运。然而，一个偶然的因素，使他逃脱死亡，侥幸取胜，岂不是一次幸运！

但是，朝廷却把磨盘山战役以“败绩”论处。顺治十七年（1660年）六月，议出征诸王与诸大臣罪：多尼罚银五千两。多罗平郡王罗可铎罚银四千两、多罗贝勒杜兰罚银两千两、都统济席哈革去一拜他喇布勒哈番并所加级、副都统傅喀、莽吉图、克里格各革去一拖沙喇哈番。所罚银两，一部分给被诬“战败”而受一百鞭之罚的前锋护军等人，其余交户部收存。征南将军赵布泰罪行更重，他以庇护其侄穆成格，反诬别将战败、两军对阵而不在阵前决战等罪判成死刑，世祖予以赦免，革去一切职务为民。穆成格则处以革参领职、鞭一百、籍没家产的处罚。实际上，清兵陷入埋伏，损失重大，三桂负有主要责任。在审理此案中，以三桂“供答明悉免议”，没给任何处分。显见从廷臣到世祖都对三桂给予了特殊保护，不触及他的丝毫利益。此例又说明朝廷对他优待、宠幸无与伦比！这不是三桂的又一次幸运吗！《清世祖实录》，卷137，12~14页；卷141，13页。

三桂与赵布泰等乘胜进军，占领腾越，又往西追击120里，一直追过了南甸（今梁河），至孟村，已到了中缅边界，还是不见永历君臣的踪影！《八旗通志初集》，“信郡王多尼传”，卷135，3622页。

原来，当李定国大战磨盘山时，即二十一日夜，永历与随从离腾越继续南行，经南甸，又行两日，还不知磨盘山之败，李定国等下落不明。二十四日，正行至路上，准备安营炊饮，总兵杨武赶到，向永历报告：定国已远逃。事情是这样的：李定国在磨盘山败后，与永历失去了联系，曾打听永历的去向。有知情人说：永历已西行，将到茶山与缅甸之间。定国考虑了一下，说：“君臣皆死无益也。姑他往，以图再举。”当即决定奔孟艮。

永历与随从知定国已逃往他处，又被吴兵紧追，不敢停留，连夜赶路。人心更加涣散，各营兵士不少逃散。昏夜中，迷路于山谷，群臣妻子不相顾，乱兵乘机劫掠，火光烛天，惊扰奔窜。等到天亮，才发现还在原地，而永历的贵人、宫女已失去多半。永历看到将吏士兵纷纷离叛，已无路可走，决意投向缅甸，暂时安身。二十八日，永历赶到中缅边境的铜壁关，护从将领孙崇雅叛变，大肆劫掠永历的辎重而去。在将要出关进入缅甸时，护从大将靳统武也放弃了对永历的保护，率其部属出走。永历无法约束他们，任其去留、离叛，率余众进入缅甸。《爝火录》，卷29，931页；参见《三藩纪事本末》，卷4，70页。

三桂追击永历，已到了边界尽头，鉴于磨盘山的教训，不敢穷追。二月三十日，吴三桂与诸将帅自云南西部中缅边界经由永昌、大理、姚安等地胜利班师。

在三桂返回昆明途中，溃散在云南的永历旧部纷纷投降。三月十一日，行经姚安时，永历东阁大学主张佐辰、户部尚书龚彝、兵部尚书孙顺、侍郎万年策、都察院钱邦芑等一批官员159人，先后降清。《庭闻录》，卷3；参见《爝火录》，卷29，933~934页。同时，他选用了部分降官任职，命王在极为金仓守道、卢桂生为大理府知府、倪巽生为姚安知府、米聪为顺宁知府。

二十三日，三桂与各将帅及其所部回到昆明，从而结束了这次为时一年的军事行动，以南明的彻底失败而告终。

云南是南明永历政权的根据地，苦心经营了十余年，实力较为雄厚，对三桂的征剿做了比较顽强的抵抗。这个政权同已灭亡的弘光、隆武政权一样腐败，内部的不断党争和相互倾轧，严重地削弱了自身的力量，而在三桂等强兵猛将的进攻面前，总是惊慌失措，没有作拼死的抵抗，加之指挥失误，招致军事上一败涂地。在短短的两个多月时间里，竟把云南全盘丢掉，最后连安身之地也化为乌有，被迫投到缅甸避难。