论才能与威望，定国不在可望之下。可望嫉贤妒能，对李定国百般压制。特别是定国取得桂林大捷，更使可望眼红。定国本来就厌恶他的为人，此后，便不受其约束。可望定计约定国到沅州会面，企图在酒宴上把他除掉。消息走漏，定国不赴会，不由长叹：“本欲共图恢复，今忌刻如此，安能成功！”率部走广西，可望不胜恼怒。他探知定国驻兵柳州，特派冯双礼率三万兵袭击他。定国烧粮草而走，回师击败追兵。《小腆纪年附考》；参见《明季南略》，卷14，“孙可望与李定国构隙本末”。

自投入永历政权，孙可望依恃自己的军事力量，操纵朝政，把永历置于傀儡地位。他甚至授意党羽，逼永历“禅位”给他。此谋不成，他陷害忠良，为所欲为，自设内阁，自铸大印。至顺治十一年（永历八年）三月，又酿成一场血淋淋的惨剧。永历受孙逼迫，日夜忧惧，密传旨，令李定国统兵入卫。消息泄露，孙可望怒极，与其党羽马吉翔、庞天寿等密谋，以永历的名义，下达旨意，把参与其事的以大学士吴贞毓为首的18人全部判为死刑。处决之日，吴贞毓18人面不改色，各赋诗一首，以###志。翰林院检讨蒋乾昌诗云：“奸臣祸国从来惨，志士成仁自古愁；十载辛勤为报国，孤臣百折思忧时。……”

大学士吴贞毓诗云：“……击奸未遂身先死，一片丹心不肯休！”

他们赋完诗，向各官员拱手说：“我们去了！中兴大事就交付各位了。但各位都要忠于朝廷，切不可附庞天寿、马吉翔卖国，我们虽死犹生！”说完，引颈受刑。江元春：《安龙纪事》，1982年版，上海书店版。观者无不垂泪泣涕。

永历小朝廷已到山穷水尽的地步，尚不能和衷共济，共度艰难以图存，却又导演出这一幕悲剧，实在可恨可叹！孙可望等为首的野心家，不顾大局，还在内部争夺权利，那些文臣们推波助澜，结党营私，谈何中兴！这样一个腐败的政权，又岂能长久存在？即使勉强支撑下去，于人民又有何益处？

顺治十三年三月，李定国奉永历密诏，突袭安隆府，击败孙部，带走永历，迁至云南，以昆明为“滇都”。永历以护驾功封李定国为晋王、刘文秀为蜀王，其他有功人员都得到封赏。

孙可望不甘心，于次年即顺治十四年（永历十一年，1657年）八月，率全部兵马，据称15万，开赴云南，欲与李定国决一死战。他的大将刘文秀、马惟兴与白文选等已与李定国约为内应，临战时，大杀回马枪，“反攻内击”，外有李定国之攻击，孙大败而逃，到三水时，随从人员只剩200多人，至贵州时，“可望左右皆叛”，随从骑兵才十余人！刘文秀、白文选率兵急追。可望感到山穷水尽，无路可走，只有投清一条路。据偏沅巡抚袁廓宇奏报：当孙可望被李定国击败时，已派遣他的部将程万里等人前去中路镇臣王平军前投诚，并“请兵复仇”。而孙可望便投奔清军，行至沙子岭时，被南明总兵杨武袭击，差点被擒捉。清兵闻讯，前去增援，将追兵击败，孙可望才逃脱厄运，乘机携带妻子逃入清军营中。这次战斗，又招降南明总兵、都督22人，太仆寺卿官员1人，副将、参将、游击等将官100余人、内官22人、兵丁家口500余人、马500余匹。《清世祖实录》，卷113，7页。十一月五日，孙可望与妻子及随行人虽属官百余员与兵数千人至保庆（湖南邵阳）投降，《贰臣传》甲中，“洪承畴传”；参见戴笠：《行在阳秋》。受到当地清朝将吏的优礼相待。然后，把他们护送到长沙，总督洪承畴接受了他们的投降。以上参见《爝火录》，卷27、《小腆纪年附考》，卷18、《明季南略》，卷14、《明清史料》丙编第2本，176页。十二月初六日，洪将此事及“安插事宜”向朝廷作了报告。孙可望为表示他降清的诚意，即于十二月十日在长沙剃发，并将他携带的“秦王之宝”镀金银印一颗上交。随可望降清的妻小与部从都剃发。洪按清朝规矩，发给他们帽袍带靴，改换服装。十九日，洪承畴向朝廷报告说：“伪王（指可望）自云贵慕义来归，凡伪官员兵丁人等皆系全发，今顶感皇上鸿恩，一遵照本朝功令，足见归顺真诚。”正巧，湖南巡抚周季琬来长沙巡视，会见了孙可望，向他“宣布朝廷德意”，孙与部属“益为感奋”，他亲自写了奏疏，向世祖表达他的感激之情。洪承畴观察孙可望降清之诚，便约同湖广总督李荫祖、湖广巡抚张长庚、偏沅巡抚袁廓宇、湖南巡按周季琬等联合署名，把孙可望降后的情况，向世祖作了报告。《明清史料》丙编第2本，177页。