面对抗清武装斗争的进一步发展，吴三桂率部向他们展开了进攻。他会同李国翰、汉羌镇总兵张天福、兴安镇标游击盛嘉宝各统马步兵北上，于顺治六年三月十三日抵达咸阳。陕西巡抚黄尔性与吏部侍郎哈哈木也来到咸阳，共同商定三路进兵：一由黄龙山（陕西黄龙），一由同官县，一由澄城（陕西澄城），三路会兵于洛川与鄜州，然后共取延安。《明清史料》丙编第8本，723页。

当吴三桂进抵宜君时，听说王永强已南下，便回师跟踪，于二十二日疾驰至富平，又得到王永强已在蒲城东北驻营的消息，立即挥师“连夜统兵”奔蒲城。王永强已拔营西行。三桂下令追击，于二十三日赶至流曲镇以北，恰与王永强及其部众遭遇。三桂挥师进击，力挫农民军《明清史料》丙编第8本，724页。，王永强被击杀《明清史料》丙编第9本，805页。。

三月末，吴三桂的战报送到北京。他在战况的奏疏中写道：“大兵入秦（陕西），克复宜君、同官二县”，击败王永强，歼灭7 000余人，另获驼马450余匹。《清世祖实录》，卷43，11页。

四月，陕西巡抚黄尔性奏报：三桂部攻克蒲县（山西蒲县），斩杀王永强所设官吏，大量部众向清军投降。《清世祖实录》，卷43，12页。

这些捷报接踵而至，最高当权者多尔衮自然感到满意。引起他们注意的是，在这些战斗中，三桂总是身先士卒，率领他们冲锋陷阵，虽说他也快40岁的人了，他的勇气和敢战精神仍不减当年。从山海关战役至这次入陕，六七年中，他屡经战阵，却很少打过败仗。朝廷给予了莫大的鼓励，称赞三桂等“忠勇智略，与将士同心击贼，擒获叛将，大获全胜，深可嘉悦”。多尔衮特别嘱咐三桂，今后遇有战斗，只须“发纵指示，不必身先士卒”《清世祖实录》，卷43，12～13页。。要他发号施令，不要亲临战阵，也不必与士卒一样冲杀。多尔衮代表朝廷发出的这一指示，只要三桂明白，朝廷对他是多么关心和爱护！

五月，据陕西巡抚黄尔性奏报的最新战况，三桂与李国翰挥师向延安进攻。王永强部得到消息，自知不敌，放弃了延安，撤离而去。吴兵没经什么战斗就重新占领了延安。《清世祖实录》，卷44，13页。

在恢复延安后，三桂统兵迅速攻取了延绥镇城，击败农民军余部，斩首4 600余级。陕西巡抚黄尔性请求速派地方官员到任，治理地方。《清世祖实录》，卷43，12～13页。

收到恢复延绥镇的捷报仅仅几天，已是八月初，三桂又送上新的战报：他与李国翰又率部自西安北上，在蒲城（陕西蒲城）与南下的榆林叛军相遇，杀伤相当。至中午，三桂率铁骑数百，冒矢石冲锋陷阵，榆林兵败退。克蒲城后，乘胜继续北上追击，连克宜君（陕西宜君）、安塞（陕西安塞南）、清涧（陕西清涧）诸镇，歼灭数千人《清世祖实录》，卷45，8页；参见《庭闻录》，卷2。，兵锋直指榆林。

到了这年冬，在其他一些地区，陕西与四川交界处，两省的农民军欲会合，逼向陕西。当地驻守清兵迎战，把他们击败。《清世祖实录》，卷46，19页。在陕西西南部，邻近河南的龙驹寨（今丹凤），已被农民军占领，商雒道（指商州、雒南地区）清兵破其地，阵斩其首领雷登高。《清世祖实录》，卷46，28页。但大规模的战斗是在陕西北部、长城脚下的榆林地区展开的。由刘登楼、任一贵、谢汝德等率领，集中了大批农民军，坚守榆林。三桂率部直逼城下，猛攻数日，农民军支撑不住，溃奔榆林西协定边一带。三桂配合作战，发兵追剿，几次遭遇战都把农民军击败。他们中的一个将领叫齐进才，将首领谢汝德杀死，向清军投降；清一个将官马永爵，射死了另一个首领任一贵。三桂所属的总兵官刘芳名俘获主要首领刘登楼，当即处死。《清世祖实录》，卷46，29页。三桂占领榆林，将城中大姓尤姓、杜姓几乎全部屠杀。在清理农民军遗留的文件中，发现当地一些士大夫与姜瓖的往来书信，便按文件提供的姓名，又屠杀数十家。《庭闻录》，卷2。

三桂自榆林地区分兵渡过黄河，直奔陕西最北部。与山西交界的两处重要城镇，一是保德、一是府谷，这两座城正好坐落在黄河南北两岸，遥相对应。三桂部与李国翰部包围了两城，边围边攻。三桂发布招抚令，黄河东岸附近的农民军都向清军投降。何保营的“伪总兵”张凤翼被杀，在保德北部，山西境内的偏关，其守关者是叛清的万炼，由于内部发生变乱，走投无路，自焚而死。《清世祖实录》，卷46，29页。

这就是三桂到陕西一年多的战况，大都载入官方实录档案。但这些记载都极简略，远不如满洲将领出征与战斗情况记录的详细，也不如对孔、耿、尚战况记录的完整。而凡关于吴三桂战况的报道，多记为陕西总督、巡抚的奏报。只有个别地方采用三桂的报告。这很可能是官方修顺治实录时，不愿对一个已叛清的逆臣三桂的战功作更多更详细地反映。即使这些零碎的、很不完备的记录，也使我们看到，顺治六年，对于三桂来说，是他入陕最为紧张、充满艰险的一年。三桂自入陕，转战各地，南北驰逐无宁日，参加并指挥了大小无数次战斗，又给农民军余部和其他抗清势力以重创，基本肃清了各种抗清势力在陕西的活动。在山西那边，多尔衮曾两度亲征大同叛军，招降不成，便以武力解决，原明朝大同总兵降清的姜瓖授首，大同投降。《清世祖实录》，卷46，2页。陕西的回族起义也被“平西大将军”吞齐所率清军给镇压下去了。（蒋氏）《东华录》，卷6，101页，中华书局，1980年版。其他各处农民军余部各自为战，互不联系，因此分散了自己的力量，经不住清军集中兵力的攻击，结果都失败了。