阿济格、吴三桂离米脂，南下绥德，直趋延安。李自成侄儿李锦率部坚决抵御，与清军相持不下。正在这时，高一功率部撤到延安，同李锦汇合，坚守延安。清军采取分道进逼，农民军无法支撑。坚守了20天后，被迫突围而走。延安为清军占领。由于在榆林、延安受阻，也是阿济格延缓进军的一个客观原因。

多尔衮斥责阿济格“逗留”缓进，对吴三桂却无损伤。因为阿济格是主帅，掌握一切战守之权。多尔衮也明白，他任命自己的长兄为帅，那些随征的汉官将自然听命于主帅。所以，朝廷只能批评阿济格，而不能涉及吴三桂等人。

尽管阿济格所部误了进军时间，毕竟给西安的农民军造成了腹背之患，由于该路的清军日益临近，李自成感受到了两路夹击的沉重压力，在西安已无法立足，他被迫决定撤离西安。这就给多铎部迅速占领西安创造了条件。

到二月间，多尔衮才接到阿济格发来的战报，据称：自入边，“八战皆捷”，攻下陕西州县4城、投降的38城，共获白银千两，马3 290匹、460余只骆驼。《清世祖实录》，卷14，14页。

攻下西安后，清朝统治集团欢呼“大业已成”，即令多铎迅速整装，照原定计划，向江南进军，对南明弘光政权展开总攻击。征剿农民军残部的任务交由阿济格完成，指令他“务期剿除，以赎从前逗留之咎”《清世祖实录》，卷14，8页。。

阿济格自知已犯军律，奉诏后，不敢怠慢，会同吴三桂等，尾随李自成，紧紧追赶。三月追入河南，李自成拔营南下，奔向湖北，抵襄阳，进驻武昌。《绥寇纪略》，卷9，45~46页。此城本为新封不久的明将宁南侯左良玉的藩地，李自成来攻取时，他恰好率领本部人马离城，顺江东下，赴南京“清君侧”，###福王的心腹大臣马士英。这场乱子是由辨识真伪太子引起来的。当自成入北京时，确实把太子俘获，后带往山海关，及至被吴、清联军击败后，太子的下落就无人知道了。一年后，这位大明的最后一个太子突然出现在浙江金华，很快被弘光政权得知，护送至南京。经明朝老臣和太监辨识，有说是真太子，有说是假冒。福王惟恐是真太子，害怕夺了他的皇位，也支持假冒的说法。而持“真太子”说的大臣就不敢再坚持了。福王下令严刑拷问，必使这个青年人承认假冒，以便斩草除根。消息很快传到各镇将耳中，议论纷纷。宁南侯左良玉确信此人系真太子，上疏请求“保全太子，以安臣民之心”《爝火录》，卷9，420~422页。。福王批答，予以驳斥。左良玉不服，心中不平，而马士英又裁他的兵饷，进而激怒了他。他的部属都气愤不过，极力鼓动左良玉兴师问罪。于是，左良玉发布讨马士英的檄文，并率本部人马赴南京“清君侧”。武昌成了一座空城，自成毫不费事地进占了全城，改称“瑞符县”，驻留长达五十余天。

阿济格、吴三桂等随后尾追到武昌，把城包围起来。自成命刘宗敏、田见秀指挥五千步骑兵出战，结果又被清军击败了！在强大的清军的进逼之下，大顺军无心作战，大量逃亡，不少人投降了清朝。自成眼看武昌守不住，被迫弃城，继续向东撤退。四月初，清军与吴三桂部分水陆两路尾追至兴国州（湖北阳新县）附近的富池口，与大顺军遭遇，乘其不备，再次给予重创。大顺军沿江奔向江西九江。同月下旬，进至距九江四十里的地方，安营扎寨。清军随后追到，双方展开大战。清军攻破大顺军老营，李自成部众被彻底击垮，全军覆灭，他的大批将领或被歼或被俘，还有的投降了清军。和硕英亲王阿济格、吴三桂把自西安至九江追剿农民军的情况作了如下奏报：

流贼李自成亲率西安府马步贼兵十三万，并湖广襄阳、承天（湖北钟祥）、荆州、德安（安陆）四府所属各州县原设守御贼兵七万，共计二十万，声言欲取南京，水陆竝（并）进。我兵亦分水陆两路蹑其后，追及于邓州、承天、德安、武昌、富池口（湖北阳新县富水附近）、桑家口、九江等七处，降者抚之，拒者诛之，穷追至贼老营，大败贼兵八次，兵尽力穷，窜于九公山……

阿济格在这份奏报中，具体地开列了在九江一战中所获得的战果：“俘自成两叔伪赵侯、伪襄南侯并自成妻妾两口；获金印一颗，又获伪汝侯刘宗闵（敏）并一妻两媳、自成养子伪义侯姜耐、伪齐侯顾英妻、伪总兵（原明降将）左光先并一妻三子，及术士伪军师宋矮子（即宋献策）。”清军追剿李自成总计，“凡十有三战，获驼三十一、马嬴六千四百五十、船三千一百八艘；又有故明宁南侯左良玉子（左）梦庚。总督袁继咸、守道李犹龙、巡按黄澍率总兵十二员、马步兵十万并家口，泊舟于九江之东流县界扬子江中，俱投降，共带大小船艘四万。合计河南属城十二、湖广属城三十九、江西属城六、南京属城六，共六十三城，已尽设官抚定矣。”以上见《清世祖实录》，卷18，4~5页。