吴氏入闽较集中的主要有六个时期：即战国夫差亡国之后、西晋“永嘉之乱”、唐末黄巢起义、北宋“靖康之难”、元代中原板荡、明初经济复苏。　
　　吴氏最早入闽始于吴王夫差亡国之后，周元王三年(公元前473年)吴国亡于越，吴氏子孙被迫流亡。他们“东渡扶桑，南下百越(闽、粤一带)，北上齐鲁，流放皖浙，隐姓埋名”。如当时季札后裔季连携眷离开吴地辗转入闽定居于闽东北之柘荣山区，易姓为季连氏，他们牢记血缘，规定“季吴不婚”，世代相守。　
　　西汉后期吴姓在闽已聚族6000多户、人口3万众，成为闽地的泱泱大族。　
　　南朝梁至德三年(585年)，丰州刺史章大宝谋反，吴惠觉(讳达，东晋吴隐之九世孙，祖籍汉阳)平反有功，授丰州刺史，后择居清源山朋山(旧称幈山)岭后。　
　　唐总章二年(669年)，河南光州固始人陈政奉诏任岭南行军总管事，率部入闽，镇抚漳州，随行有校尉吴贵、队正吴弼。　
　　唐开元十二年(724年)，河南光州固始人吴图元(泰伯的六十三世孙)，以治书御史奉命都统节制，经略闽疆，先住福州古桥头，后迁居尤溪。五代末(960年)，吴图元的八世孙吴悦光肇基大田蓬莱口祠。元至元三年(1337年)，吴图元的十七世孙吴二十移居漳平溪南。　
　　唐朝中后期，相继发生“安史之乱”、朋党之争、藩镇割据、黄巢起义，造成田园荒芜，饿殍载道的破败局面，中原吴氏纷纷南迁到福建和五岭山脉一带，最典型的当数河南固始吴氏。　
　　唐大历时(766～779年)，翰林学士、起居舍人吴通玄，海州(今江苏连云港)人，因诽谤大学士陆贽，被贬为泉州司马，举家南迁入闽，其后裔便是宋朝福建浦城望族吴侍问家族。　
　　唐元和年间(806～820年)，武德大夫、招讨使吴文质由浙江庆元入闽，居福安重金。　
　　唐咸通年间(860～873年)，原籍江苏扬州泰兴县，后迁河南固始的吴俦入闽，定居宁德兰田。　
　　唐咸通末期(870～873年)，银青光禄大夫、进士、河南固始人吴卓因任福建长汀县令而入闽，其父吴穟、兄吴稀、吴穗、弟吴获皆入闽暂居福州。黄巢起义后，吴卓次子吴融与大伯吴旷、堂兄吴玲、吴佩入闽投奔吴卓避难。唐僖宗中和四年(884年)，吴佩弟吴珣闻汀州土人作乱，率固始家丁、僮仆千余人入闽救父兄难，遂居汀州。王审知受封为闽王后，吴卓不甘附属，弃官为民，迁居南平。　
　　唐中和元年(881年)，黄巢攻陷长安，天下大乱，历官大司徒、户部尚书的吴仁禄(泰伯八十五世孙)因“耻乱朝爵命”，不愿为官而告老还乡(河南光州固始县)。后因唐光启元年(885年)王绪攻占光州，由于混战，殃及百姓，吴仁禄为避祸以近古稀之年率家眷毅然迁入福建惠安，初居岭头(今南关外)，三年后定居大吴村。其后裔兴旺发达，宋代曾有“九世十三进士”之称，成为“名宦乡贤裔，忠臣孝子家”的闽南望族。　
　　唐中和四年(884年)，唐工部屯田员外郎、平章政事兼观察使吴祭(字孝先，号道成)携眷30余人自河南光州固始入闽，先居侯官(今福州一带)，后又迁莆田县北隅灵岩山，再徙居黄石之沈埔。随其入闽的有胞兄弟瑞、良、斌，从兄弟荫、发(有的谱载为兴、发)，后分居福州、莆田、泉州、漳州、汀州等地，后裔称“开闽六祖”。　
　　唐光启元年(885年)，又有一批河南固始吴氏族人随“三王”兄弟入闽。吴十一郎(名尚智)入闽后先寄迹于福州南台，次徙兴化塘下。后裔移居晋江二十四都龟湖象畔嘉埭卜居开宗。　
　　唐末隐居南安的著名诗人韩偓，在《秋郊闲望有感》一诗中有“枫叶微红近有霜，碧云秋色满吴乡”诗句，在《南安寓居》中有“天近函关屯紫气，水通吴甸浸晴霞”诗句，可见唐末时晋江、南安一带已有地名“吴乡”及田地叫“吴甸”。　
　　后唐同光元年(923年)，吴伯琏迁居宁化石壁，成为福建客家最早的始祖。　
　　北宋初，统兵大使吴仁部举家从浙江庆元举水迁入福建周白岩岭兜，成为周宁狮城南源吴氏始祖。　
　　宋进士、吏部侍郎吴宥，原籍江西南丰，北宋天圣五年(1027年)因火焚居宅迁徙，辗转肇基永定太平里平寨村，成为闽西客家始祖之一。　
　　元末，安溪墩坂及南安仑苍吴氏先祖吴薪，字宗蓬，江西崇仁县人，入闽为龙岩令，后改判潮州，卒于任上。其妻潘氏偕子吴钊、吴钏等至漳州西门外下坡社定居。后裔又徙居漳州南靖。明洪武十四年(1381年)，吴薪裔孙吴启衷，字钧父，从南靖迁入泉州府南安县廿七都古苍乡(今仑苍镇)，为苍山吴氏始祖。　
　　宋元以后，还有其他吴氏宗派入闽，著名的有泉州城厢“东关西台”吴氏、晋江钱头(钱塘)吴氏等。