元帝至正五年(1345)，吴当以父吴文的官阶门荫授职万亿四库照磨，尚未上任，就有朝臣推荐他改任国子助教。吴当教授学生，讲解的内容大大超过了一般学者，同时他又严格要求学生反复练习，国子监的学生们都喜欢跟他学习。吴当在任国子助教时，正赶上朝廷下令修撰辽、金、宋三国的国史，吴当亦被征调参加了三史的编纂工作，三史修成后，吴当被升任为翰林修撰。此后数十年间，他的仕途一帆顷：至正七年(1347)国子博士、八年监丞、十年司业、十一年翰林待制、十二年礼部员外郎、十三年监察御史、国子司业、十四年礼部郎中、十五年翰林直学士。

这时，南方反元的农民起义军已持续了五年的时间，元朝统治岌岌可危，因此有大臣推荐吴当，认为他世居江西，了解江西的民情，而且吴当的才能又完全可以担任政务官。于是元顺帝下诏授予吴当江西肃政廉访使，同江西行省参政：尔赤、兵部尚书黄昭共同招降搜捕江西诸郡县的起义农民。同时，朝廷还授权他们可根据情况便宜行事，给予吴当等极大的行动自主权。吴当到任后认为，元朝官军不足以镇压农民起义军，为此他招募了一批民兵，率领他们由浙江进入福建，再由福建转入江西，因为此时湖北、安徽、江苏等地都已被农民起义军占领，故吴当只能绕道福建转入江西。

吴当到了江西建昌(治所今江西南城县)地界，依赖其家祖孙三代的信誉和威望，招降了新城(今属衡阳)的农民起义军孙塔部，并利用孙塔部农民起义军消灭了另一支农民起义军李三部，打通了进入江西腹地的道路。在此情况下吴当下令三路元军攻打南丰县(江西今县)，南丰农民起义军首领郑天瑞败走，另一名义军首领郑原兵败自杀，南丰城为吴当军占领。至正十六年(1356)吴当调集所部检校章迪的军队与兵部尚书黄昭的军队夹攻抚州，又乘胜收复了崇仁、宜黄二县。由此，建昌、抚州二郡基本上为元军重新控制。元朝廷派往江西总兵抚州、建昌军事的参知政事朵歹，率元官军与农民起义军对峙多年，不仅没有取得什么战功，反而不断丢城失地，连吃败仗。而吴当刚人江西就屡屡奏捷，本来就看不起南人的这位蒙古贵族朵歹吴当的功劳大生嫉恨。竞置濒临危亡的元政府于不顾，向吴当大泄私愤，他在吴当是南人，南人不宜掌兵权上大做文章，散步流言蜚语，造谣诬陷吴当、黄昭与农民起义军勾通。元顺帝不明真相，又从根本上不信任南人，于是就下诏解除了吴当、黄昭的兵权，任命吴当为抚州路总管，黄昭为临江路总管，负责供应亿平章火你赤军的军需。火你赤无故诛杀了吴当的属从官范谆和章迪，吴当的部属将士愤慨不平，欲讨回公道，渐成烈火之势，吴当赶紧劝谕大家说："上边的命令是不可违抗的"，让大家忍气吞声顺从火你赤算了，不料此时火你赤又上疏朝廷，诬陷吴当、黄昭，说他们二人"难任牧民"，不久就有朝廷的圣旨下来，罢免了吴当和黄昭的总管之职，将二人贬为庶民。至正十八年(1359)，火你赤军由瑞州(今江西高安县)回到龙兴，吴当、黄昭同时随军，他们二人惧怕有杀身之祸，不敢去见火你赤。正在为难之际，情况发生了转机，原来吴当、黄昭二人的立功状，是自广东由海路送往京城大都的，因路途遥远，交通不便，很久没有送到。而朵歹、火你赤的公文却由陆路先送到了朝廷，所以朝廷先是下令责备吴当、黄昭，后又将二人贬官免职，等到朝廷见到了吴当、黄昭二人的立功状后，才知道是朵歹、火你赤有意诬陷，于是朝廷下诏，拜吴当为中奉大夫、江西行省参知政事，黄昭为湖广行省参知政事。朝廷的任命还没有送到二人手上，陈友谅领导的农民起义军就已经攻陷了江西诸郡。火你赤的元军弃城不顾，望风而逃。吴当戴上黄帽子，穿上道士的服装，闭门不出，每天以写书为事。陈有谅派使臣征召吴当，吴当卧床不起，绝食不从，表示要以死效忠元朝。陈有谅的使臣无奈，只得让人连人带床抬到船上，强行把吴当送到了江州(今江西九江市)。吴当在江州被农民军拘留了一年，仍然不愿为农民军出力，终被释放。此后，吴当隐居在庐陵(今江西吉安市)、吉水(江西公县)之间的谷坪山中，著书立说。至正二十年，吴当因病重不治而亡，享年六十五岁。

吴当著有《周礼綦言》、《学言藁》。不过，吴当最重要的贡献，是他将其祖父吴澄的著述整理成书，使其流传于世，吴当整理吴澄的著述流传至今的有《吴文正公集》一百卷和《草庐精语》等。

吴澄家族与元朝政权相始终，是绵延一百多年的名门望族，吴澄在哲学上的贡献，更使其家族百世流芳。

吴澄家族的后裔史载阙如。