1996年12月6日在举办37周年会庆上，副会长德芳宗长在演词中提出成立“马来西亚吴氏宗亲总会”建议。

1996年12月7日各地宗亲会联席会议上，通过成立一个九人小组，筹备成立“马来西亚吴氏宗亲总会”其成员有运海、德芳、清渊（美里）、乃贵（槟城）、天赐（麻坡）、保安、利传、俊华、顺源等人，由保安负责起草总会章程。

  1997年10月12日在本会礼堂，召开第二次各地宗亲会代表联席会议，正式成立“马来西亚吴氏宗亲总会筹备委员会”成员如下：
主席：运海（吉隆坡）
秘书：永发（吉隆坡）
财政：天赐（麻坡）
理事：膺光（古晋） 观耀（槟·威省） 乃贵（槟城）
1998年4月9日马来西亚吴氏宗亲总会获准注册。
1998年4月11日在古晋市晋城酒店（Kuching Hotel）会议厅，召开第一届第一次会员大会，宣布吴总（马来西亚吴氏宗亲总会）正式成立。

1998年10月2-4日，本会代表运海、保安、永发、伯城、玉霞及令夫婿苏庆连先生随“吴总”代表团出席菲律宾让德吴氏宗亲总会庆祝成立90周年会庆。

1998年12月6日吴总第一届第四次理事会会议，通过。
（1）采用菲律宾吴总会歌作为总会及各地属会会歌。
（2）采用中国广东省兴宁县吴氏宗亲会会微为全马各地属会的统一会徽。

2000年12月3日由吴总主办马来西亚吴氏公会青年团协办“全国吴氏子女绘画创作比赛”成功举行，并已圆满结束。

总会长：吴茂兴

现任理事会
顾问 : 拿督吴乃贵
总会长 : 吴茂兴     副 吴世才 吴海辉
署理总会长 : 吴天赐
总秘书 : 吴武衷     副 吴侨民
总财长 : 吴梓平     副 吴先才
理事 : 吴全福 吴乾波 吴芳融 吴德海 吴明建 吴清渊 
    吴国甘 吴玉霞 吴友朋 吴端智
稽查 : 吴岳祖 吴新光