100多年来，这座名祠几经沧桑世变。民国初，地方不靖，沦为兵营。抗战胜利后，泉州吴氏宗族的名士贤达呼吁在宗祠建立文化教育机构，以避免兵燹之毁。当时黄龙族裔和磁灶吴裔积极响应，组成“泉州延陵吴氏家族联谊会”，借以培养人材，保护文物。后当局在吴氏大宗祠设立“双忠讲武国民学校”，该校解放后并入泉州第二中心小学，吴氏大宗祠又成为市总工会设立的工人俱乐部。百源泉州工人文化宫建成后，俱乐部迁出，又成为泉州高甲剧团团址。1966年文化大革命时成为红卫兵总部，又先后被海滨食品厂、皮革厂占用。1980年，由南音乐团使用。近年由海内外吴氏族裔出资重修。