中国国民党主席马英九2014年12月3日下午在国民党中常会上宣布辞去党主席职务。国民党中常会随后依据党章,通过由现任第一顺位副主席吴敦义担任代理主席,

在马英九辞党主席的时候，说服吴敦义出任代主席，但吴坚拒参选党主席，新北市市长当选人朱立伦则宣布参选党主席，并再度重申，他将专心推动新北市政务，做满任期，不会参与2016年的台湾地区领导人“大选”。 吴敦义虽坚拒参选党主席，但并未拒绝参选2016年的“大选”。朱立伦不参选台湾地区领导人的宣示扫除了吴敦义参选的重要障碍，吴似已成为国民党台湾地区领导人候选人的不二人选。其实，颇多党内外人士对吴的政治能力颇多肯定，多希望他积极参选。

2015年1月13日是蒋经国逝世28周年纪念日，上午8点10分，吴敦义首次以“国民党代理党主席”身分，抵达大溪头寮陵寝，率领党务主管向蒋经国表达追思怀念。8点30分，马英九抵达，马吴等人立刻献花鞠躬默哀追思。

吴先送马英九离开，相隔20分钟，以代理党主席身分，率领副主席包括曾永权、兼任代理秘书长的“立法副院长”洪秀柱、荣誉副主席蒋孝严及组发、文传、行管会等一级主管及中常委鞠躬献花。

国民党主席补选2015年1月17日上午8时到下午4时投票，吴敦义上午9时在台北市党部主委锺则良的陪同下，前往台北市河堤国小投票。吴敦义面对媒体询问，会否续任副主席时表示，“不会”，因为所有副主席在新主席接任的同时，都自然解任。

国民党19日上午9时30分在中央党部中山厅举行新任党主席就职典礼，朱立伦从代理党主席吴敦义手中接过印信，正式成为国民党新一任党主席。吴敦义结束了47天的中国国民党代理主席职位。

在其从政生涯中，吴敦义从基层开始，先后出任民代、地方县市首长、国民党秘书长与副主席、台“行政院长”及台湾地区副领导人，历经磨练，具有广泛的地方与台“中央”的“执政”经验。担任“行政院长”时，吴展现魄力及对岛内外问题的深刻暸解，积极推动政务及改革，作出了重要的贡献。吴敦义为台湾作出更进一步的贡献实是吴敦义应有的抉择。