字畹九,号怀疚(怀久)。祖籍安徽歙县,清初因避兵变迁来上海。弱冠入邑庠,光绪二十三年(1897年)南洋公学师范院开办,即弃科举而学师范,潜心研习教育理论。毕业后立志振兴女学,光绪二十八年扩充小南门花园弄家塾,创办务本女塾,任经理。这是上海第一所由国人自办的女子学校。他认为“女子为国民之母,欲陶冶健全国民,根本须提倡女权”,故“取塾名为务本”。吴馨厘订章程,着重灌输爱国自立思想,培养学生从事家政之能力。年内学生即由7人增至40余人,逾年学生激增数倍,甚至有自外省慕名来学者。女塾初设寻常、高等两科,后又增设吸收14岁以上女生的特科。后改特科为师范科,分设甲乙两级,并设中学。尔后又在乔家浜创设幼稚园,作为师范科实习之用,这是国人在上海所办的第二所幼儿园。光绪三十二年吴馨筹划银元8万余元,购得黄家阙旧营地11亩,兴建校舍,包括教室、办公室、宿舍等俱备。该校民国17年归市立,改名为上海市立务本女子中学校,以后几经迁改,今为上海市第二中学。

    宣统二年(1910年)吴馨被选为上海县视学兼办学所总董。辛亥革命后被推为县民政长,后改称知事。期间,对县建设擘划多所建树。他还带头捐巨资在西门外大吉路、方斜路、大林路交接处创建公共体育场(今沪南体育场)。这是上海最早由国人自办的公共体育场。